seq1 = pF1KE2587.tfa, 1968 bp
seq2 = pF1KE2587/gi568815590f_91149652.tfa (gi568815590f:91149652_91494039), 344388 bp

>pF1KE2587 1968
>gi568815590f:91149652_91494039 (Chr8)

1-193  (100001-100193)   100% ->
194-304  (139485-139595)   100% ->
305-477  (145880-146052)   100% ->
478-642  (168565-168729)   100% ->
643-795  (184644-184796)   100% ->
796-878  (188499-188581)   100% ->
879-1026  (190753-190900)   100% ->
1027-1140  (193702-193815)   100% ->
1141-1218  (202159-202236)   100% ->
1219-1314  (203250-203345)   100% ->
1315-1421  (212702-212808)   100% ->
1422-1488  (213821-213887)   100% ->
1489-1626  (216929-217066)   100% ->
1627-1675  (220134-220182)   100% ->
1676-1776  (239687-239787)   100% ->
1777-1831  (244146-244200)   100% ->
1832-1935  (244285-244388)   100% ->
1936-1968  (245411-245443)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGGAGCAAAGAGGAAAAAGAAAAGCATGCTTTGGAGCAAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGGAGCAAAGAGGAAAAAGAAAAGCATGCTTTGGAGCAAGATGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCCCCCAGTGTGAAGACATTATACAGTGGTGTAGAAGGCGACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACCCCCCAGTGTGAAGACATTATACAGTGGTGTAGAAGGCGACTGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGGATTGGGCACCACATTACAATCTGAAAGAAAACTTGCTTCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTTGGATTGGGCACCACATTACAATCTGAAAGAAAACTTGCTTCCAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGTGTCTGGGATAATGTTGGCAGTTCAACAGGTGACCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100151 ACTGTGTCTGGGATAATGTTGGCAGTTCAACAGGTGACCCAAGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   GATTGGCCTTTGCTGTTCTCTCATCTGTGCACCCAGTGTTTGGTTTAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139483 AGGATTGGCCTTTGCTGTTCTCTCATCTGTGCACCCAGTGTTTGGTTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGGGTCTCTGTTTCCTGCCATAATTTATGCCATATTTGGAATGGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139533 ATGGGTCTCTGTTTCCTGCCATAATTTATGCCATATTTGGAATGGGACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGTTGCCACAG         GCACCTTTGCCTTGACATCCTTAATATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 139583 CATGTTGCCACAGGTA...CAGGCACCTTTGCCTTGACATCCTTAATATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCCAACGCCGTGGAACGGATTGTCCCTCAGAACATGCAGAATCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145908 AGCCAACGCCGTGGAACGGATTGTCCCTCAGAACATGCAGAATCTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACAGAGTAACACAAGCGTGCTGGGCTTATCCGACTTTGAAATGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145958 CACAGAGTAACACAAGCGTGCTGGGCTTATCCGACTTTGAAATGCAAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCACGTTGCTGCAGCAGTTTCCTTCTTGGGAGGTGTGATTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 146008 ATCCACGTTGCTGCAGCAGTTTCCTTCTTGGGAGGTGTGATTCAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478     GTGGCCATGTTTGTGCTGCAACTGGGCAGTGCCACATTTGTGGTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146058 .TAGGTGGCCATGTTTGTGCTGCAACTGGGCAGTGCCACATTTGTGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGAGCCTGTGATCAGCGCAATGACAACTGGGGCTGCCACCCATGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168611 CAGAGCCTGTGATCAGCGCAATGACAACTGGGGCTGCCACCCATGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTTCACAAGTCAAATATCTCTTGGGAATGAAAATGCCATATATATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168661 ACTTCACAAGTCAAATATCTCTTGGGAATGAAAATGCCATATATATCCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCACTTGGATTCTTTTAT         ATTTATGCATATGTTTTTGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 168711 ACCACTTGGATTCTTTTATGTG...TAGATTTATGCATATGTTTTTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATCAAGTCTGTGCGACTGGAAGCATTGCTTTTATCCTTGCTGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184666 ACATCAAGTCTGTGCGACTGGAAGCATTGCTTTTATCCTTGCTGAGCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGTCCTTGTTCTTGTTAAAGAGCTGAATGAACAGTTTAAAAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184716 GTGGTCCTTGTTCTTGTTAAAGAGCTGAATGAACAGTTTAAAAGGAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAAAGTTGTTCTTCCTGTAGATTTAGTTTTG         ATTATTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 184766 TAAAGTTGTTCTTCCTGTAGATTTAGTTTTGGTA...CAGATTATTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATCATTTGCTTGTTATTGCACCAATATGGAAAACACATATGGATTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188509 CATCATTTGCTTGTTATTGCACCAATATGGAAAACACATATGGATTAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTAGTTGGTCATATTCCACAAGG         AATTCCCTCACCTAGAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 188559 GTAGTTGGTCATATTCCACAAGGGTA...CAGAATTCCCTCACCTAGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCCCCCGATGAACATCCTCTCTGCGGTGATCACTGAAGCTTTCGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190771 TCCCCCGATGAACATCCTCTCTGCGGTGATCACTGAAGCTTTCGGAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACTTGTAGGCTATGTGGCCTCACTGGCTCTTGCTCAAGGATCTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190821 CACTTGTAGGCTATGTGGCCTCACTGGCTCTTGCTCAAGGATCTGCCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAATTCAAATATTCAATTGATGACAACCAG         GAATTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 190871 AAATTCAAATATTCAATTGATGACAACCAGGTG...CAGGAATTTTTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCATGGCCTCAGCAATATAGTTTCTTCATTTTTCTTCTGCATACCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193713 CCATGGCCTCAGCAATATAGTTTCTTCATTTTTCTTCTGCATACCAAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGCTGCCATGGGAAGGACGGCTGGCCTGTACAGCACAGGAGCGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193763 CTGCTGCCATGGGAAGGACGGCTGGCCTGTACAGCACAGGAGCGAAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAG         GTGGCTTGTCTAATATCTTGCATTTTCGTCCTTATAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193813 CAGGTA...CAGGTGGCTTGTCTAATATCTTGCATTTTCGTCCTTATAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATCTATGCAATAGGACCTTTGCTTTACTGGCTGCCCATG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 202197 CATCTATGCAATAGGACCTTTGCTTTACTGGCTGCCCATGGTA...TAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGTCCTTGCAAGCATTATTGTTGTGGGACTGAAGGGAATGCTAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203251 GTGTCCTTGCAAGCATTATTGTTGTGGGACTGAAGGGAATGCTAATACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTCCGAGATTTAAAAAAATATTGGAATGTGGATAAAATCGATTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 203301 TTCCGAGATTTAAAAAAATATTGGAATGTGGATAAAATCGATTGGGTA..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315     GGAATATGGGTCAGTACATATGTATTTACAATATGCTTTGCTGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203351 .CAGGGAATATGGGTCAGTACATATGTATTTACAATATGCTTTGCTGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGTGGGACTGCTGTTTGGTGTTGTTTGTACCATAGCTATAGTGATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212748 ATGTGGGACTGCTGTTTGGTGTTGTTTGTACCATAGCTATAGTGATAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CGCTTCCCAAG         AGCAATGACTGTAAGTATAAAAAATATGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 212798 CGCTTCCCAAGGTA...CAGAGCAATGACTGTAAGTATAAAAAATATGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGAAATGGAATTTAAAGTGAAGACAGAAATGGACAGT         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 213851 AGAAATGGAATTTAAAGTGAAGACAGAAATGGACAGTGTA...AAGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CCCTGCAGCAGGTGAAAATTATCTCAATAAACAACCCGCTTGTTTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216933 CCCTGCAGCAGGTGAAAATTATCTCAATAAACAACCCGCTTGTTTTCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AATGCAAAAAAATTTTATACTGATTTAATGAACATGATCCAAAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216983 AATGCAAAAAAATTTTATACTGATTTAATGAACATGATCCAAAAGGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGCCTGTAATCAGCCACTTGATGATATCAGCAAG         TGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 217033 TGCCTGTAATCAGCCACTTGATGATATCAGCAAGGTA...TAGTGTGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AAAACACATTGCTTAATTCCCTATCCAATGGCAACTGCAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 220141 AAAACACATTGCTTAATTCCCTATCCAATGGCAACTGCAATGGTG...CA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1676  AAGAAGCTTCACAGTCCTGCCCTAATGAGAAGTGTTATTTAATCCTGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239686 GAAGAAGCTTCACAGTCCTGCCCTAATGAGAAGTGTTATTTAATCCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTGCAGTGGATTTACCTTTTTTGACTATTCTGGAGTCTCCATGCTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239736 TTGCAGTGGATTTACCTTTTTTGACTATTCTGGAGTCTCCATGCTTGTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AG         GTTTACATGGACTGTAAAGGCAGGAGTGTGGATGTATTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239786 AGGTA...CAGGTTTACATGGACTGTAAAGGCAGGAGTGTGGATGTATTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 TTAGCCCATTGTACAG         CTTCCTTGATAAAAGCAATGACGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 244185 TTAGCCCATTGTACAGGTA...AAGCTTCCTTGATAAAAGCAATGACGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TTATGGAAACCTAGACTCAGAGAAACCAATTTTTTTTGAATCGGTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244310 TTATGGAAACCTAGACTCAGAGAAACCAATTTTTTTTGAATCGGTATCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CTGCAATAAGTCATATCCATTCAAATAAG         AATTTGAGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 244360 CTGCAATAAGTCATATCCATTCAAATAAGGTG...CAGAATTTGAGCAAA

   2100     .    :    .    :
   1948 CTCAGTGACCACAGTGAAGTC
        |||||||||||||||||||||
 245423 CTCAGTGACCACAGTGAAGTC