seq1 = pF1KE2581.tfa, 3057 bp
seq2 = pF1KE2581/gi568815593f_154612926.tfa (gi568815593f:154612926_154914093), 301168 bp

>pF1KE2581 3057
>gi568815593f:154612926_154914093 (Chr5)

1-205  (100001-100205)   100% ->
206-267  (177400-177461)   100% ->
268-333  (177720-177785)   100% ->
334-508  (179697-179871)   100% ->
509-637  (180670-180798)   100% ->
638-838  (180875-181075)   100% ->
839-1001  (181175-181337)   100% ->
1002-1146  (182250-182394)   100% ->
1147-1315  (186666-186834)   100% ->
1316-1485  (186948-187117)   100% ->
1486-1878  (189082-189474)   99% ->
1879-2002  (190365-190488)   100% ->
2003-2208  (190615-190820)   100% ->
2209-2315  (191276-191382)   100% ->
2316-2467  (192956-193107)   100% ->
2468-2612  (195534-195678)   100% ->
2613-2722  (198322-198431)   100% ->
2723-2850  (198588-198715)   100% ->
2851-3057  (200962-201168)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTTGGAGGGTGCTTTTGTCAAAGAGGCCTCCTTTCCCTCACCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTTGGAGGGTGCTTTTGTCAAAGAGGCCTCCTTTCCCTCACCCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGATTTCCAAGAGGCTCCCATACCTAGCTGCCCTGGCAGACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGATTTCCAAGAGGCTCCCATACCTAGCTGCCCTGGCAGACTCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAGGAAAAACAGCGTGGCCTTGGCAGCTGCCCCGAGGAAGGAGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAGGAAAAACAGCGTGGCCTTGGCAGCTGCCCCGAGGAAGGAGCCCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTGACAGGGAGAAGCCATTGCCATTCCCTGTCCTGGCCCCCTTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTGACAGGGAGAAGCCATTGCCATTCCCTGTCCTGGCCCCCTTCAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCTG         AACACTCTGCTCCAGCCAAGGTGGTGAGGGCAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCTGGTG...CAGAACACTCTGCTCCAGCCAAGGTGGTGAGGGCAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCCTAAACAGCGCAAAGGCAGCAAG         GTTGGTGACTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 177436 TTCCTAAACAGCGCAAAGGCAGCAAGGTA...CAGGTTGGTGACTTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGCAATCAATTGGCCCACACCTGGAGAGATAGCCCACAAGAGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177735 GATGCAATCAATTGGCCCACACCTGGAGAGATAGCCCACAAGAGTGTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         CCACAGTCCCACAAGCCTCAGCCTACCCGTAAACTGCCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177785 GGTG...TAGCCACAGTCCCACAAGCCTCAGCCTACCCGTAAACTGCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAGAAGGACATGAAGGAACAGGAGAAAGGAGAAGGGAGTGATAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179737 CCAAGAAGGACATGAAGGAACAGGAGAAAGGAGAAGGGAGTGATAGTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAGTCCAAAAACCAAATCAGATGAATCAGGGGAGGAAAAGAATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179787 GAGAGTCCAAAAACCAAATCAGATGAATCAGGGGAGGAAAAGAATGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGGATTGCCAGCGAGGCGGGCAGAAGAAGAAAG         GAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 179837 TGAGGATTGCCAGCGAGGCGGGCAGAAGAAGAAAGGTG...CAGGAAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACACAAGTGGGTTCCATTACAAATAGACATGAAGCCTGAAGTGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180676 AACACAAGTGGGTTCCATTACAAATAGACATGAAGCCTGAAGTGCCCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAAACTGGCTTCACGCCCCACTCGCCCACCGGAGCCTAGACACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180726 GAGAAACTGGCTTCACGCCCCACTCGCCCACCGGAGCCTAGACACATACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCCAATCGCGGAGAGATCAAAG         GGTCTGAGTCTGCCACCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 180776 TGCCAATCGCGGAGAGATCAAAGGTA...TAGGGTCTGAGTCTGCCACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGTGCCCGTGGCCCCCCCCACCCCAGCCTGGCAACCAGAGATCAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180893 ACGTGCCCGTGGCCCCCCCCACCCCAGCCTGGCAACCAGAGATCAAACCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCCTGCCTGGCACGACCAGGATGAGACATCGAGTGTGAAGAGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180943 GAGCCTGCCTGGCACGACCAGGATGAGACATCGAGTGTGAAGAGTGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCTGGTGGGGCGCGGGCTTCCTTCCGTGGCCGTGGACGGGGGCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180993 GGCTGGTGGGGCGCGGGCTTCCTTCCGTGGCCGTGGACGGGGGCGTGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGGCCGGGGACGCGGCCGGGGTGGCACTCGAA         CCCATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 181043 GCGGCCGGGGACGCGGCCGGGGTGGCACTCGAAGTA...TAGCCCATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTACCAGTTTGGCTACCGAAAGTTTGATGGTGTGGAGGGGCCTCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181183 GACTACCAGTTTGGCTACCGAAAGTTTGATGGTGTGGAGGGGCCTCGTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCAAGTACATGAACAACATCACCTACTACTTTGACAATGTCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181233 GCCCAAGTACATGAACAACATCACCTACTACTTTGACAATGTCAGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGAGCTTTACAGTGTGGATCAGGAACTGCTCAAAGACTACATCAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181283 CCGAGCTTTACAGTGTGGATCAGGAACTGCTCAAAGACTACATCAAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGAT         TGAATACTACTTCAGCGTGGACAATTTAGAGCGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181333 CAGATGTG...TAGTGAATACTACTTCAGCGTGGACAATTTAGAGCGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTTCTTCCTGCGAAGGAAAATGGATGCTGATGGTTTCCTACCCATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182286 CTTCTTCCTGCGAAGGAAAATGGATGCTGATGGTTTCCTACCCATCACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTATTGCTTCCTTCCACCGAGTGCAGGCCCTTACCACTGACATTTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182336 TTATTGCTTCCTTCCACCGAGTGCAGGCCCTTACCACTGACATTTCACTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATCTTTGCG         GCCCTAAAGGACAGCAAGGTGGTGGAGATCGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 182386 ATCTTTGCGGTA...CAGGCCCTAAAGGACAGCAAGGTGGTGGAGATCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGATGAGAAAGTTCGTAGGAGGGAGGAACCAGAAAAGTGGCCTCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186698 TGATGAGAAAGTTCGTAGGAGGGAGGAACCAGAAAAGTGGCCTCTTCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAATAGTGGATTATTCACAGACTGATTTCTCCCAGCTTCTCAACTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186748 CAATAGTGGATTATTCACAGACTGATTTCTCCCAGCTTCTCAACTGCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAATTTGTTCCCCGTCAGCACTACCAAAAGGAGACAG         AGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 186798 GAATTTGTTCCCCGTCAGCACTACCAAAAGGAGACAGGTA...TAGAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCACCTGGCTCTCCTCGTGCAGTCACCCCAGTGCCAACCAAAACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186952 GGCACCTGGCTCTCCTCGTGCAGTCACCCCAGTGCCAACCAAAACAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGTCAGCAACCTAAAGACACTACCCAAGGGCCTGTCTGCCAGCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187002 AGGTCAGCAACCTAAAGACACTACCCAAGGGCCTGTCTGCCAGCCTGCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GACCTGGATTCTGAGAACTGGATTGAAGTGAAGAAGAGGCCTCGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187052 GACCTGGATTCTGAGAACTGGATTGAAGTGAAGAAGAGGCCTCGGCCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCCAGCACGGCCCAAG         AAGTCAGAGGAGTCCAGATTTTCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 187102 CCCAGCACGGCCCAAGGTG...TAGAAGTCAGAGGAGTCCAGATTTTCCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACCTGACCTCCCTGCCTCAGCAGCTGCCTTCCCAGCAGCTGATGTCCAAG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189107 ACCTGACCTCTCTGCCTCAGCAGCTGCCTTCCCAGCAGCTGATGTCCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATCAGGATGAGCAAGAGGAACTGGATTTTCTGTTTGACGAGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189157 GATCAGGATGAGCAAGAGGAACTGGATTTTCTGTTTGACGAGGAGATGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GCAGATGGATGGGCGGAAGAACACCTTCACTGCCTGGTCTGATGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189207 GCAGATGGATGGGCGGAAGAACACCTTCACTGCCTGGTCTGATGAGGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTGACTATGAGATTGATGACAGGGATGTCAACAAGATCCTCATTGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189257 CTGACTATGAGATTGATGACAGGGATGTCAACAAGATCCTCATTGTCACC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CAGACACCACATTACATGCGCCGGCACCCAGGGGGGGACCGCACAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189307 CAGACACCACATTACATGCGCCGGCACCCAGGGGGGGACCGCACAGGCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCACACCTCGCGTGCCAAGATGAGCGCCGAACTGGCCAAGGTCATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189357 CCACACCTCGCGTGCCAAGATGAGCGCCGAACTGGCCAAGGTCATTAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ATGGCCTCTTCTACTATGAGCAGGACCTGTGGGCTGAAAAGTTTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189407 ATGGCCTCTTCTACTATGAGCAGGACCTGTGGGCTGAAAAGTTTGAACCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAGTATTCCCAGATCAAG         CAAGAAGTCGAGAACTTCAAAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 189457 GAGTATTCCCAGATCAAGGTG...CAGCAAGAAGTCGAGAACTTCAAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GGTCAATATGATCAGCCGGGAGCAGTTTGACACACTGACCCCTGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190388 GGTCAATATGATCAGCCGGGAGCAGTTTGACACACTGACCCCTGAGCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CTGTGGATCCCAACCAGGAAGTTCCTCCTGGGCCACCTCGGTTCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190438 CTGTGGATCCCAACCAGGAAGTTCCTCCTGGGCCACCTCGGTTCCAGCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 G         TTCCTACGGATGCCCTGGCCAACAAGTTGTTTGGTGCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190488 GGTG...CAGTTCCTACGGATGCCCTGGCCAACAAGTTGTTTGGTGCTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGAGCCCTCCACCATCGCCCGCTCTCTACCAACCACTGTCCCAGAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190655 TGAGCCCTCCACCATCGCCCGCTCTCTACCAACCACTGTCCCAGAGTCAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CAAACTACCGCAACACCAGGACCCCTCGCACTCCCCGGACACCACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190705 CAAACTACCGCAACACCAGGACCCCTCGCACTCCCCGGACACCACAGCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AAAGACTCAAGCCAGACATCACGGTTTTACCCAGTGGTGAAAGAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190755 AAAGACTCAAGCCAGACATCACGGTTTTACCCAGTGGTGAAAGAAGGACG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GACACTGGATGCCAAG         ATGCCTCGAAAAAGAAAGACAAGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 190805 GACACTGGATGCCAAGGTG...CAGATGCCTCGAAAAAGAAAGACAAGAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 ACAGTTCAAACCCACCCTTGGAGAGCCATGTGGGCTGGGTGATGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191301 ACAGTTCAAACCCACCCTTGGAGAGCCATGTGGGCTGGGTGATGGATTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CGTGAGCACAGGCCCCGTACTGCTTCCATCAG         CTCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 191351 CGTGAGCACAGGCCCCGTACTGCTTCCATCAGGTA...TAGCTCCAGCCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CTCAGAAGGGACGCCTACAGTTGGCAGCTATGGCTGTACCCCTCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192965 CTCAGAAGGGACGCCTACAGTTGGCAGCTATGGCTGTACCCCTCAGTCAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 TGCCCAAGTTCCAGCATCCTTCCCATGAACTGCTCAAGGAAAATGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193015 TGCCCAAGTTCCAGCATCCTTCCCATGAACTGCTCAAGGAAAATGGCTTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 ACACAACACGTCTACCATAAGTATCGTAGGCGCTGCCTTAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 193065 ACACAACACGTCTACCATAAGTATCGTAGGCGCTGCCTTAATGGTA...C

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2468   AGCGGAAACGCTTGGGCATTGGCCAGTCTCAGGAGATGAACACACTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195532 AGAGCGGAAACGCTTGGGCATTGGCCAGTCTCAGGAGATGAACACACTCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TCCGCTTCTGGTCCTTCTTCCTCCGAGATCACTTCAACAAAAAGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195582 TCCGCTTCTGGTCCTTCTTCCTCCGAGATCACTTCAACAAAAAGATGTAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GAGGAGTTCAAGCAGCTGGCTCTGGAGGACGCCAAAGAAGGCTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 195632 GAGGAGTTCAAGCAGCTGGCTCTGGAGGACGCCAAAGAAGGCTACAGGTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2613       ATATGGTTTGGAGTGCCTTTTTCGATACTACAGTTATGGCCTGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195682 ...CAGATATGGTTTGGAGTGCCTTTTTCGATACTACAGTTATGGCCTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 AAAAGAAGTTCCGGCTGGACATATTCAAGGATTTTCAGGAGGAAACGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198366 AAAAGAAGTTCCGGCTGGACATATTCAAGGATTTTCAGGAGGAAACGGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AAGGACTATGAAGCTG         GCCAACTGTATGGGCTGGAGAAGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 198416 AAGGACTATGAAGCTGGTA...CAGGCCAACTGTATGGGCTGGAGAAGTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 CTGGGCCTTCTTGAAATATTCCAAAGCCAAAAATTTGGACATTGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198613 CTGGGCCTTCTTGAAATATTCCAAAGCCAAAAATTTGGACATTGACCCCA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 AACTGCAAGAATACCTCGGCAAATTCCGACGTCTTGAAGACTTCCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198663 AACTGCAAGAATACCTCGGCAAATTCCGACGTCTTGAAGACTTCCGAGTA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2848 GAT         CCCCCCATGGGTGAGGAGGGCAACCACAAGCGACACTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198713 GATGTA...CAGCCCCCCATGGGTGAGGAGGGCAACCACAAGCGACACTC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 AGTGGTAGCAGGAGGTGGCGGCGGTGAGGGCAGGAAGCGGTGCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201000 AGTGGTAGCAGGAGGTGGCGGCGGTGAGGGCAGGAAGCGGTGCCCCTCCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 AGTCTTCCAGCAGGCCTGCTGCCATGATCAGCCAACCCCCTACACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201050 AGTCTTCCAGCAGGCCTGCTGCCATGATCAGCCAACCCCCTACACCACCC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2989 ACCGGCCAGCCTGTCCGGGAAGATGCCAAATGGACAAGCCAGCACTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201100 ACCGGCCAGCCTGTCCGGGAAGATGCCAAATGGACAAGCCAGCACTCGAA

   3200     .    :    .
   3039 CACACAGACTTTGGGAAAG
        |||||||||||||||||||
 201150 CACACAGACTTTGGGAAAG