seq1 = pF1KE2558.tfa, 2370 bp
seq2 = pF1KE2558/gi568815597f_156760935.tfa (gi568815597f:156760935_156981639), 220705 bp

>pF1KE2558 2370
>gi568815597f:156760935_156981639 (Chr1)

1-212  (100001-100212)   99% ->
213-287  (103420-103494)   100% ->
288-359  (103794-103865)   100% ->
360-428  (105976-106044)   100% ->
429-574  (107170-107315)   100% ->
575-717  (107571-107713)   100% ->
718-850  (110689-110821)   100% ->
851-1177  (112699-113025)   100% ->
1178-1233  (113637-113692)   100% ->
1234-1336  (113972-114074)   100% ->
1337-1483  (114586-114732)   100% ->
1484-1614  (115146-115276)   100% ->
1615-1787  (115466-115638)   100% ->
1788-2028  (118188-118428)   99% ->
2029-2187  (119065-119223)   100% ->
2188-2370  (120523-120705)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGAGGCGGACGGCGCGGGCAGCTTGGCTGGCACAGCTGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGAGGCGGACGGCGCGGGCAGCTTGGCTGGCACAGCTGGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCCGGGCAGCCTGCTGGCTTGGCTGATACTGGCATCTGCGGGCGCCG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCCGGGCAGCCTGCTGGCTTGGCTGATACTGGCATCTGCGGGCGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCCTGCCCCGATGCCTGCTGCCCCCACGGCTCCTCGGGACTGCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCCTGCCCCGATGCCTGCTGCCCCCACGGCTCCTCGGGACTGCGATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCGGGATGGGGCCCTGGATAGCCTCCACCACCTGCCCGGCGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCGGGATGGGGCCCTGGATAGCCTCCACCACCTGCCCGGCGCAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGACTGAGCT         CTACATCGAGAACCAGCAGCATCTGCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGACTGAGCTGTG...CAGCTACATCGAGAACCAGCAGCATCTGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTGGAGCTCCGTGATCTGAGGGGCCTGGGGGAGCTGAGAAACCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103449 ATCTGGAGCTCCGTGATCTGAGGGGCCTGGGGGAGCTGAGAAACCTGTG.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288      CACCATCGTGAAGAGTGGTCTCCGTTTCGTGGCGCCAGATGCCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103499 ..CAGCACCATCGTGAAGAGTGGTCTCCGTTTCGTGGCGCCAGATGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATTTCACTCCTCGGCTCAGTCGCCT         GAATCTCTCCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103839 CCATTTCACTCCTCGGCTCAGTCGCCTGTG...CAGGAATCTCTCCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGCTCTGGAGTCTCTCTCCTGGAAAACTGTGCAGGGCCTCTCCTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105990 ACGCTCTGGAGTCTCTCTCCTGGAAAACTGTGCAGGGCCTCTCCTTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACT         GGTCCTGTCGGGGAACCCTCTGCACTGTTCTTGTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106040 GAACTGTG...CAGGGTCCTGTCGGGGAACCCTCTGCACTGTTCTTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGCGCTGGCTACAGCGCTGGGAGGAGGAGGGACTGGGCGGAGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107206 CCTGCGCTGGCTACAGCGCTGGGAGGAGGAGGGACTGGGCGGAGTGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACAGAAGCTGCAGTGTCATGGGCAAGGGCCCCTGGCCCACATGCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107256 AACAGAAGCTGCAGTGTCATGGGCAAGGGCCCCTGGCCCACATGCCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCAGCTGTG         GTGTGCCCACGCTGAAGGTCCAGGTGCCCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107306 GCCAGCTGTGGTA...CAGGTGTGCCCACGCTGAAGGTCCAGGTGCCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCCTCGGTGGATGTGGGGGACGACGTGCTGCTGCGGTGCCAGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107602 TGCCTCGGTGGATGTGGGGGACGACGTGCTGCTGCGGTGCCAGGTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCGGGGCCTGGAGCAGGCCGGCTGGATCCTCACAGAGCTGGAGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107652 GGCGGGGCCTGGAGCAGGCCGGCTGGATCCTCACAGAGCTGGAGCAGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCACGGTGATG         AAATCTGGGGGTCTGCCATCCCTGGGGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107702 GCCACGGTGATGGTG...TAGAAATCTGGGGGTCTGCCATCCCTGGGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCCTGGCCAATGTCACCAGTGACCTCAACAGGAAGAACGTGACGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110718 GACCCTGGCCAATGTCACCAGTGACCTCAACAGGAAGAACGTGACGTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGCAGAGAACGATGTGGGCCGGGCAGAGGTCTCTGTTCAGGTCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110768 GGGCAGAGAACGATGTGGGCCGGGCAGAGGTCTCTGTTCAGGTCAACGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCT         TCCCGGCCAGTGTGCAGCTGCACACGGCGGTGGAGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110818 TCCTGTG...CAGTCCCGGCCAGTGTGCAGCTGCACACGGCGGTGGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCACCACTGGTGCATCCCCTTCTCTGTGGATGGGCAGCCGGCACCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112736 GCACCACTGGTGCATCCCCTTCTCTGTGGATGGGCAGCCGGCACCGTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCGCTGGCTCTTCAATGGCTCCGTGCTCAATGAGACCAGCTTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112786 TGCGCTGGCTCTTCAATGGCTCCGTGCTCAATGAGACCAGCTTCATCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTGAGTTCCTGGAGCCGGCAGCCAATGAGACCGTGCGGCACGGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112836 ACTGAGTTCCTGGAGCCGGCAGCCAATGAGACCGTGCGGCACGGGTGTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCGCCTCAACCAGCCCACCCACGTCAACAACGGCAACTACACGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112886 GCGCCTCAACCAGCCCACCCACGTCAACAACGGCAACTACACGCTGCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGCCAACCCCTTCGGCCAGGCCTCCGCCTCCATCATGGCTGCCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112936 CTGCCAACCCCTTCGGCCAGGCCTCCGCCTCCATCATGGCTGCCTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACAACCCTTTCGAGTTCAACCCCGAGGACCCCATCCCTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112986 GACAACCCTTTCGAGTTCAACCCCGAGGACCCCATCCCTGGTG...CAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACTAACAGCACATCTGGAGACCCGGTGGAGAAGAAGGACGAAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113638 CACTAACAGCACATCTGGAGACCCGGTGGAGAAGAAGGACGAAACACCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTGGG         GTCTCGGTGGCTGTGGGCCTGGCCGTCTTTGCCTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113688 TTGGGGTG...CAGGTCTCGGTGGCTGTGGGCCTGGCCGTCTTTGCCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCTTCCTTTCTACGCTGCTCCTTGTGCTCAACAAATGTGGACGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114008 CTCTTCCTTTCTACGCTGCTCCTTGTGCTCAACAAATGTGGACGGAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAAGTTTGGGATCAACC         GCCCGGCTGTGCTGGCTCCAGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114058 CAAGTTTGGGATCAACCGTG...TAGGCCCGGCTGTGCTGGCTCCAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGGGCTGGCCATGTCCCTGCATTTCATGACATTGGGTGGCAGCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114610 ATGGGCTGGCCATGTCCCTGCATTTCATGACATTGGGTGGCAGCTCCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCCCCCACCGAGGGCAAAGGCTCTGGGCTCCAAGGCCACATCATCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114660 TCCCCCACCGAGGGCAAAGGCTCTGGGCTCCAAGGCCACATCATCGAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCCACAATACTTCAGTGATGCCT         GTGTTCACCACATCAAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114710 CCCACAATACTTCAGTGATGCCTGTG...CAGGTGTTCACCACATCAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCCGGGACATCGTGCTCAAGTGGGAGCTGGGGGAGGGCGCCTTTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115164 GCCGGGACATCGTGCTCAAGTGGGAGCTGGGGGAGGGCGCCTTTGGGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTCTTCCTTGCTGAGTGCCACAACCTCCTGCCTGAGCAGGACAAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115214 GTCTTCCTTGCTGAGTGCCACAACCTCCTGCCTGAGCAGGACAAGATGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGTGGCTGTCAAG         GCACTGAAGGAGGCGTCCGAGAGTGCTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115264 GGTGGCTGTCAAGGTG...CAGGCACTGAAGGAGGCGTCCGAGAGTGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GGCAGGACTTCCAGCGTGAGGCTGAGCTGCTCACCATGCTGCAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115494 GGCAGGACTTCCAGCGTGAGGCTGAGCTGCTCACCATGCTGCAGCACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CACATCGTGCGCTTCTTCGGCGTCTGCACCGAGGGCCGCCCCCTGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115544 CACATCGTGCGCTTCTTCGGCGTCTGCACCGAGGGCCGCCCCCTGCTCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGTCTTTGAGTATATGCGGCACGGGGACCTCAACCGCTTCCTCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115594 GGTCTTTGAGTATATGCGGCACGGGGACCTCAACCGCTTCCTCCGGTA..

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788     ATCCCATGGACCTGATGCCAAGCTGCTGGCTGGTGGGGAGGATGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115644 .CAGATCCCATGGACCTGATGCCAAGCTGCTGGCTGGTGGGGAGGATGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GCTCCAGGCCCCCTGGGTCTGGGGCAGCTGCTGGCTGTGGCTAGCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 118234 GCTCCAGGCCCCCTGGGTCTGGGGCAGCTGCTGGCCGTGGCTAGCCAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CGCTGCGGGGATGGTGTACCTGGCGGGTCTGCATTTTGTGCACCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118284 CGCTGCGGGGATGGTGTACCTGGCGGGTCTGCATTTTGTGCACCGGGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TGGCCACACGCAACTGTCTAGTGGGCCAGGGACTGGTGGTCAAGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118334 TGGCCACACGCAACTGTCTAGTGGGCCAGGGACTGGTGGTCAAGATTGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GATTTTGGCATGAGCAGGGATATCTACAGCACCGACTATTACCGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118384 GATTTTGGCATGAGCAGGGATATCTACAGCACCGACTATTACCGTGTA..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029     GTGGGAGGCCGCACCATGCTGCCCATTCGCTGGATGCCGCCCGAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118434 .CAGGTGGGAGGCCGCACCATGCTGCCCATTCGCTGGATGCCGCCCGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GCATCCTGTACCGTAAGTTCACCACCGAGAGCGACGTGTGGAGCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119111 GCATCCTGTACCGTAAGTTCACCACCGAGAGCGACGTGTGGAGCTTCGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GTGGTGCTCTGGGAGATCTTCACCTACGGCAAGCAGCCCTGGTACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119161 GTGGTGCTCTGGGAGATCTTCACCTACGGCAAGCAGCCCTGGTACCAGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CTCCAACACGGAG         GCAATCGACTGCATCACGCAGGGACGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119211 CTCCAACACGGAGGTC...CAGGCAATCGACTGCATCACGCAGGGACGTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AGTTGGAGCGGCCACGTGCCTGCCCACCAGAGGTCTACGCCATCATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120551 AGTTGGAGCGGCCACGTGCCTGCCCACCAGAGGTCTACGCCATCATGCGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GGCTGCTGGCAGCGGGAGCCCCAGCAACGCCACAGCATCAAGGATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120601 GGCTGCTGGCAGCGGGAGCCCCAGCAACGCCACAGCATCAAGGATGTGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CGCCCGGCTGCAAGCCCTGGCCCAGGCACCTCCTGTCTACCTGGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120651 CGCCCGGCTGCAAGCCCTGGCCCAGGCACCTCCTGTCTACCTGGATGTCC

   2500     .
   2366 TGGGC
        |||||
 120701 TGGGC