seq1 = pF1KE2548.tfa, 2820 bp
seq2 = pF1KE2548/gi568815595r_14046041.tfa (gi568815595r:14046041_14278568), 232528 bp

>pF1KE2548 2820
>gi568815595r:14046041_14278568 (Chr3)

(complement)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-299  (105507-105702)   100% ->
300-412  (108019-108131)   100% ->
413-536  (110189-110312)   100% ->
537-621  (111316-111400)   100% ->
622-779  (112984-113141)   100% ->
780-900  (113636-113756)   100% ->
901-990  (118739-118828)   100% ->
991-1872  (119677-120558)   100% ->
1873-2033  (122074-122234)   99% ->
2034-2115  (126153-126234)   98% ->
2116-2250  (129621-129755)   100% ->
2251-2420  (129838-130007)   100% ->
2421-2514  (130568-130661)   100% ->
2515-2604  (131190-131279)   100% ->
2605-2820  (132410-132625)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCGGAAACGCGCGGCCGGCGGGGAGCCGCGGGGACGCGAACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCGGAAACGCGCGGCCGGCGGGGAGCCGCGGGGACGCGAACTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCAGAAATCCAAGGCCAAGAGCAAGGCCCGGCGTGAGGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCAGAAATCCAAGGCCAAGAGCAAGGCCCGGCGTGAGGAGGAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGG         ATGCCTTTGAAGATGAGAAACCCCCAAAGAAGAGCCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGTG...TAGATGCCTTTGAAGATGAGAAACCCCCAAAGAAGAGCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTCCAAAGTTTCACAAGGAAAGAGGAAAAGAGGCTGCAGTCATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105545 CTCTCCAAAGTTTCACAAGGAAAGAGGAAAAGAGGCTGCAGTCATCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGTTCAGCAGATGGTCCAGCAAAAAAGAAAGTGGCCAAGGTGACTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105595 GGGTTCAGCAGATGGTCCAGCAAAAAAGAAAGTGGCCAAGGTGACTGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATCTGAAAACCTCAAGGTTATAAAGGATGAAGCCCTCAGCGATGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105645 AATCTGAAAACCTCAAGGTTATAAAGGATGAAGCCCTCAGCGATGGGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACCTCAG         GGACTTTCCAAGTGACCTCAAGAAGGCACACCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105695 GACCTCAGGTG...CAGGGACTTTCCAAGTGACCTCAAGAAGGCACACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGAAGAGAGGGGCTACCATGAATGAAGACAGCAATGAAGAAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108052 TCTGAAGAGAGGGGCTACCATGAATGAAGACAGCAATGAAGAAGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGTGAAAATGATTGGGAAGAGGTTGAAG         AACTTAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108102 AAAGTGAAAATGATTGGGAAGAGGTTGAAGGTG...TAGAACTTAGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGTGCTGGGTGACGTGAGAGAAAGTACAGCCTTCTCTCGATCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110200 CCTGTGCTGGGTGACGTGAGAGAAAGTACAGCCTTCTCTCGATCTCTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTGTGAAGCCAGTGGAGATAGAGATTGAAACGCCAGAGCAGGCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110250 GCCTGTGAAGCCAGTGGAGATAGAGATTGAAACGCCAGAGCAGGCGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAGAGAAAGAAG         TGAAAAGATAAAACTGGAGTTTGAGACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110300 CAAGAGAAAGAAGGTA...CAGTGAAAAGATAAAACTGGAGTTTGAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TATCTTCGGAGGGCGATGAAACGTTTCAATAAAGGGGTCCATGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111344 TATCTTCGGAGGGCGATGAAACGTTTCAATAAAGGGGTCCATGAGGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACACAAG         GTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111394 ACACAAGGTA...CAGGTTCACCTTCTCTGCCTGCTAGCAAATGGCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATCGAAATAACATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113018 ATCGAAATAACATCTGCAGCCAGCCAGATCTGCATGCTATTGGCCTGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCGAGATGTGGACACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113068 ATCATCCCAGCCCGCTTTACCAGAGTGCTGCCTCGAGATGTGGACACCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTG         GTTCATTGGAACATTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 113118 CTACCTCTCAAACCTGGTGAAGTGGTA...CAGGTTCATTGGAACATTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTTAATGCAGAACTTTCAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113653 CAGTTAATGCAGAACTTTCAGCCAGTGAACAAGATAACCTGCAGACTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAGGAATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113703 TTGGAAAGGAGATTTGCTATTTACTCTGCTCGAGATGATGAGGAATTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAT         ATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113753 CCATGTA...TAGATATTCTTACTGATTCTCCGGGCTCTGCAGCTCTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCCAATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118776 CCCGGCTGGTATTGTCTCTACAGCCAATTCCTCTGAAGTCAGCAACAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAG         GGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118826 AAGGTG...AAGGGAAAGAAACCTTCCAAGGAAAGATTGACTGCGGATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGAGGCTCCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119715 AGGAGGCTCCTCAGAAACTTCCAGCCAAGTTCTAGAAAACCACACCAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAAACCTTTGCTAAGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119765 CAAAGACCAGCAAAGGAACCAAACAAGAGGAAACCTTTGCTAAGGGCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119815 TGCAGGCCAAGTGCCAAAGGGAAGAGGAACAAGGGAGGCAGAAAGAAACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAGCAAGCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119865 GAGCAAGCCCTCCTCCAGCGAGGAAGATGAGGGCCCAGGAGACAAGCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCCGGGAGCGGCGGGTGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119915 AGAAGGCAACCCAGCGACGTCCGCATGGCCGGGAGCGGCGGGTGGCCTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119965 AGGGTGTCTTATAAAGAGGAGAGTGGGAGTGATGAGGCTGGCAGCGGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGATTTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120015 TGATTTTGAGCTCTCCAGTGGAGAAGCCTCTGATCCCTCTGATGAGGATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAAAGCCCCCGCTCCTCAGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120065 CCGAACCTGGCCCTCCAAAGCAGAGGAAAGCCCCCGCTCCTCAGAGGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120115 AAGGCTGGGTCCAAGAGTGCCTCCAGGACCCATCGTGGGAGCCATCGTAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120165 GGACCCAAGCTTGCCAGCGGCATCCTCAAGCTCTTCAAGCAGTAAAAGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAGAAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120215 GCAAGAAAATGTGCAGCGATGGTGAGAAGGCAGAAAAAAGAAGCATAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120265 GGTATAGACCAGTGGCTAGAGGTGTTCTGTGAGCAGGAGGAAAAGTGGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120315 ATGTGTAGACTGTGTGCACGGTGTGGTGGGCCAGCCTCTGACCTGTTACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGTACGCCACCAAGCCCATGACCTATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120365 AGTACGCCACCAAGCCCATGACCTATGTGGTGGGCATTGACAGTGACGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120415 TGGGTCCGAGATGTCACACAGAGGTACGACCCAGTCTGGATGACAGTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120465 CCGCAAGTGCCGGGTTGATGCTGAGTGGTGGGCCGAGACCTTGAGACCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 ACCAGAGCCCATTTATGGACAGGGAGAAGAAAGAAGACTTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120515 ACCAGAGCCCATTTATGGACAGGGAGAAGAAAGAAGACTTGGAGGTA...

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1873    TTTCAGGCAAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTT
        >>>|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122071 CAGTTTCAGGCTAAACACATGGACCAGCCTTTGCCCACTGCCATTGGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 ATATAAGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122121 ATATAAGAACCACCCTCTGTATGCCCTGAAGCGGCATCTCCTGAAATATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 AGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATCCTTGGGTATTGTCGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122171 AGGCCATCTATCCCGAGACAGCTGCCATCCTTGGGTATTGTCGTGGAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GCGGTCTACTCCAG         GGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122221 GCGGTCTACTCCAGGTG...CAGGGATTGTGTGCACACTCTGCATTCCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 AGACACGTGGCTGAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126180 GGACACGTGGCTGAAGAAAGCAAGAGTGGTGAGGCTTGGAGAAGTACCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 ACAAG         ATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGAAAGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126230 ACAAGGTA...CAGATGGTGAAAGGCTTTTCTAACCGTGCTCGGAAAGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 CGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129657 CGACTTGCTGAGCCCCAGCTGCGGGAAGAAAATGACCTGGGCCTGTTTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CTACTGGCAGACAGAGGAGTATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129707 CTACTGGCAGACAGAGGAGTATCAGCCCCCAGTGGCCGTGGACGGGAAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251         GTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129757 TA...CAGGTGCCCCGGAACGAGTTTGGGAATGTGTACCTCTTCCTGCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 AGCATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129880 AGCATGATGCCTATTGGCTGTGTCCAGCTGAACCTGCCCAATCTACACCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACTGTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129930 CGTGGCCCGCAAGCTGGACATCGACTGTGTCCAGGCCATCACTGGCTTTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 ATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGT         GACTGATGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129980 ATTTCCATGGCGGCTACTCCCATCCCGTGTG...CAGGACTGATGGATAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ATCGTCTGCGAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130581 ATCGTCTGCGAGGAATTCAAAGACGTGCTCCTGACTGCCTGGGAAAATGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAG         AAAAAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 130631 GCAGGCAGTCATTGAAAGGAAGGAGAAGGAGGTA...CAGAAAAAGGAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 AGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131200 AGCGGGCTCTAGGGAACTGGAAGTTGCTGGCCAAAGGTCTGCTCATCAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 GAGAGGCTGAAGCGTCGCTACGGGCCCAAG         AGTGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131250 GAGAGGCTGAAGCGTCGCTACGGGCCCAAGGTC...CAGAGTGAGGCAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 AGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132421 AGCTCCCCACACAGATGCAGGAGGTGGACTCTCTTCTGATGAAGAGGAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 GGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132471 GGACCAGCTCTCAAGCAGAAGCGGCCAGGATACTGGCTGCCTCCTGGCCT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 CAAAACCGAGAAGATGAAGAAAAGCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132521 CAAAACCGAGAAGATGAAGAAAAGCAGAAGCTGAAGGGTGGGCCCAAGAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 GACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 132571 GACCAAAAGGGAAAAGAAAGCAGCAGCTTCCCACCTGTTCCCATTTGAGC

   2950     .
   2816 AGCTG
        |||||
 132621 AGCTG