seq1 = pF1KE2543.tfa, 795 bp
seq2 = pF1KE2543/gi568815593r_38881825.tfa (gi568815593r:38881825_39174377), 292553 bp

>pF1KE2543 795
>gi568815593r:38881825_39174377 (Chr5)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-97  (100220-100267)   100% ->
98-195  (153242-153339)   100% ->
196-260  (170756-170820)   100% ->
261-392  (171712-171843)   100% ->
393-456  (177496-177559)   100% ->
457-583  (183303-183429)   100% ->
584-795  (192342-192553)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGATCGGCCGCGGCCGCTCTCTGAAGAACCTCCGAGTACGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCGGCGATCGGCCGCGGCCGCTCTCTGAAGAACCTCCGAGTACGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GGCGGAATGACAGCGGCGAGGAGAACGTCCCGCTGGATCTGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGGCGGAATGACAGCGGCGAGGAGAACGTCCCGCTGGATCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCGAG         AACCTTCTGATAACTTAAGAGAGATTCTCCAAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100262 CCCGAGGTA...TAGAACCTTCTGATAACTTAAGAGAGATTCTCCAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGGCCAGATTGCAGGGAGTATCAAATATGAGAAAGCTAGGCCATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153277 GTGGCCAGATTGCAGGGAGTATCAAATATGAGAAAGCTAGGCCATCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAACTTTACTAAG         CTTCTTTGTGATATTGGCCACAGTGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 153327 TAACTTTACTAAGGTA...CAGCTTCTTTGTGATATTGGCCACAGTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AAAAACTGGGCTTTCACTATGAGGATATCATAATTTG         TTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 170784 AAAAACTGGGCTTTCACTATGAGGATATCATAATTTGGTA...CAGTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CGGTTAGCTTTATTAAATGAAGCAAAAGAAGTGCGAGCAGCAGGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171716 CGGTTAGCTTTATTAAATGAAGCAAAAGAAGTGCGAGCAGCAGGGCTACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGCGCTTCGATATCTCATCCAAGACTCCAGTATTCTCCAGAAGGTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171766 AGCGCTTCGATATCTCATCCAAGACTCCAGTATTCTCCAGAAGGTGCTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AATTGAAAGTGGACTATTTAATAGCTAG         GTGCATTGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 171816 AATTGAAAGTGGACTATTTAATAGCTAGGTA...TAGGTGCATTGACATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAACAGAGCAACGAGGTAGAGAGGACACAAGCACTTCGATTAGTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177509 CAACAGAGCAACGAGGTAGAGAGGACACAAGCACTTCGATTAGTCAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 G         ATGATTACTGTGAATGCTTCCTTGTTTCCTAGTTCTGTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177559 GGTA...CAGATGATTACTGTGAATGCTTCCTTGTTTCCTAGTTCTGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCAACTCATTAATTGCAGTTGGAAATGATGGACTTCAAGAAAGAGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183343 CCAACTCATTAATTGCAGTTGGAAATGATGGACTTCAAGAAAGAGACAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGGTCCGAGCATGCATTGCCATTATCTGTGAACTAG         CACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 183393 ATGGTCCGAGCATGCATTGCCATTATCTGTGAACTAGGTC...TAGCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TCAGAATCCAGAGGTGGTGGCCCTTCGAGGTGGACTAAACACCATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192346 TCAGAATCCAGAGGTGGTGGCCCTTCGAGGTGGACTAAACACCATCTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAAATGTGATCGATTGCCAATTAAGTCGAATAAATGAGGCCCTAATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192396 AAAATGTGATCGATTGCCAATTAAGTCGAATAAATGAGGCCCTAATTACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACAATTTTGCACCTTCTTAATCATCCAAAGACTCGACAGTATGTGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192446 ACAATTTTGCACCTTCTTAATCATCCAAAGACTCGACAGTATGTGCGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGATGTAGAATTAGAGGTAGGAACTTTAATATTCTTTTCTAGTTTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192496 TGATGTAGAATTAGAGGTAGGAACTTTAATATTCTTTTCTAGTTTTAAAA

    850     .
    788 TATTATTA
        ||||||||
 192546 TATTATTA