seq1 = pF1KE2541.tfa, 969 bp
seq2 = pF1KE2541/gi568815580r_26756214.tfa (gi568815580r:26756214_26962597), 206384 bp

>pF1KE2541 969
>gi568815580r:26756214_26962597 (Chr18)

(complement)

1-32  (96909-96940)   100% ->
33-447  (100002-100416)   100% ->
448-612  (101303-101467)   100% ->
613-693  (101746-101826)   100% ->
694-969  (106109-106384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGACAGACCCACAGCAAGGCGGTGGGG         TAAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  96909 ATGAGTGACAGACCCACAGCAAGGCGGTGGGGGTA...CAGTAAGTGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTTTGTGTACCAGAGAGAACATCATGGTGGCTTTCAAAGGGGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 ACCTTTGTGTACCAGAGAGAACATCATGGTGGCTTTCAAAGGGGTCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAAGCTTTCTGGAAAGCAGTCACAGCGGAATTTCTGGCCATGCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 CTCAAGCTTTCTGGAAAGCAGTCACAGCGGAATTTCTGGCCATGCTTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTTCTCCTCAGCCTGGGATCCACCATCAACTGGGGTGGAACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 TTTGTTCTCCTCAGCCTGGGATCCACCATCAACTGGGGTGGAACAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTTTACCGGTCGACATGGTTCTCATCTCCCTTTGCTTTGGACTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 GCCTTTACCGGTCGACATGGTTCTCATCTCCCTTTGCTTTGGACTCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCAACCATGGTGCAGTGCTTTGGCCATATCAGCGGTGGCCACATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 TTGCAACCATGGTGCAGTGCTTTGGCCATATCAGCGGTGGCCACATCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGCAGTGACTGTGGCCATGGTGTGCACCAGGAAGATCAGCATCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 CCTGCAGTGACTGTGGCCATGGTGTGCACCAGGAAGATCAGCATCGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCTGTCTTCTACATCGCAGCCCAGTGCCTGGGGGCCATCATTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100311 GTCTGTCTTCTACATCGCAGCCCAGTGCCTGGGGGCCATCATTGGAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GAATCCTCTATCTGGTCACACCTCCCAGTGTGGTGGGAGGCCTGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 GAATCCTCTATCTGGTCACACCTCCCAGTGTGGTGGGAGGCCTGGGAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCATG         GTTCATGGAAATCTTACCGCTGGTCATGGTCTCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100411 ACCATGGTA...TAGGTTCATGGAAATCTTACCGCTGGTCATGGTCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTTGAGTTGATAATCACATTTCAATTGGTGTTTACTATCTTTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101338 GGTTGAGTTGATAATCACATTTCAATTGGTGTTTACTATCTTTGCCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGATTCCAAACGGACTGATGTCACTGGCTCAATAGCTTTAGCAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101388 GTGATTCCAAACGGACTGATGTCACTGGCTCAATAGCTTTAGCAATTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTTCTGTTGCAATTGGACATTTATTTGCA         ATCAATTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101438 TTTTCTGTTGCAATTGGACATTTATTTGCAGTA...TAGATCAATTATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGTGCCAGCATGAATCCCGCCCGATCCTTTGGACCTGCAGTTATCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101757 TGGTGCCAGCATGAATCCCGCCCGATCCTTTGGACCTGCAGTTATCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAAATTGGGAAAACCATTGG         ATATATTGGGTTGGGCCCATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101807 GAAATTGGGAAAACCATTGGGTA...TAGATATATTGGGTTGGGCCCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAGGAGCTGTCCTCGCTGGTGGCCTTTATGAGTATGTCTTCTGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106130 ATAGGAGCTGTCCTCGCTGGTGGCCTTTATGAGTATGTCTTCTGTCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTGAATTCAAACGTCGTTTTAAAGAAGCCTTCAGCAAAGCTGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106180 TGTTGAATTCAAACGTCGTTTTAAAGAAGCCTTCAGCAAAGCTGCCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAACAAAAGGAAGCTACATGGAGGTGGAGGACAACAGGAGTCAGGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106230 AAACAAAAGGAAGCTACATGGAGGTGGAGGACAACAGGAGTCAGGTAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACGGATGACCTGATTCTAAAACCTGGAGTGGTGCATGTGATTGACGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106280 ACGGATGACCTGATTCTAAAACCTGGAGTGGTGCATGTGATTGACGTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCGGGGAGAGGAGAAGAAGGGGAAAGACCAATCTGGAGAGGTATTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106330 CCGGGGAGAGGAGAAGAAGGGGAAAGACCAATCTGGAGAGGTATTGTCTT

   1000     .
    965 CAGTA
        |||||
 106380 CAGTA