seq1 = pF1KE2539.tfa, 2040 bp
seq2 = pF1KE2539/gi568815588r_121383698.tfa (gi568815588r:121383698_121693817), 310120 bp

>pF1KE2539 2040
>gi568815588r:121383698_121693817 (Chr10)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-187  (129239-129316)   100% ->
188-357  (142359-142528)   100% ->
358-481  (155103-155226)   99% ->
482-672  (173649-173839)   99% ->
673-820  (174989-175136)   100% ->
821-1023  (178499-178705)   98% ->
1024-1175  (189877-190028)   100% ->
1176-1297  (192871-192992)   100% ->
1298-1408  (195213-195323)   100% ->
1409-1599  (197096-197286)   100% ->
1600-1722  (205705-205827)   100% ->
1723-1793  (206394-206464)   100% ->
1794-1931  (208286-208423)   100% ->
1932-2040  (210015-210122)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAGCTGGGGTCGTTTCATCTGCCTGGTCGTGGTCACCATGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCAGCTGGGGTCGTTTCATCTGCCTGGTCGTGGTCACCATGGCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGTCCCTGGCCCGGCCCTCCTTCAGTTTAGTTGAGGATACCACATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGTCCCTGGCCCGGCCCTCCTTCAGTTTAGTTGAGGATACCACATTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCAGAAG         ATGCCATCTCATCCGGAGATGATGAGGATGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCAGAAGGTA...CAGATGCCATCTCATCCGGAGATGATGAGGATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCGATGGTGCGGAAGATTTTGTCAGTGAGAACAGTAACAACAAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 129271 ACCGATGGTGCGGAAGATTTTGTCAGTGAGAACAGTAACAACAAGAGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GAGCACCATACTGGACCAACACAGAAAAGATGGAAAAGCGGCTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129321 ..CAGGAGCACCATACTGGACCAACACAGAAAAGATGGAAAAGCGGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCTGTGCCTGCGGCCAACACTGTCAAGTTTCGCTGCCCAGCCGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142404 ATGCTGTGCCTGCGGCCAACACTGTCAAGTTTCGCTGCCCAGCCGGGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCCAATGCCAACCATGCGGTGGCTGAAAAACGGGAAGGAGTTTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142454 AACCCAATGCCAACCATGCGGTGGCTGAAAAACGGGAAGGAGTTTAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGCATCGCATTGGAGGCTACAAG         GTACGAAACCAGCACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142504 GGAGCATCGCATTGGAGGCTACAAGGTA...CAGGTACGAAACCAGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAGCCTCATTATGGAAAGTGTGGTCCCATCTGACAAGGGAAATTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155119 GGAGCCTCATTATGGAAAGTGTGGTCCCATCTGACAAGGGAAATTATACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGTGGTGGAGAATGAATACGGGTCCATCAATCACACGTACCACCTGGA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155169 TGTGTAGTGGAGAATGAATACGGGTCCATCAATCACACGTACCACCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTTGTGG         AGCGATCACCTCACCGGCCCATCCTCCAAGCCG
        ||||||||>>>...>>>||||||| |||||||||||||||||||||||||
 155219 TGTTGTGGGTG...CAGAGCGATCGCCTCACCGGCCCATCCTCCAAGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACTGCCGGCAAATGCCTCCACAGTGGTCGGAGGAGACGTAGAGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173682 GACTGCCGGCAAATGCCTCCACAGTGGTCGGAGGAGACGTAGAGTTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCAAGGTTTACAGTGATGCCCAGCCCCACATCCAGTGGATCAAGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173732 TGCAAGGTTTACAGTGATGCCCAGCCCCACATCCAGTGGATCAAGCACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAAAGAACGGCAGTAAATACGGGCCCGACGGGCTGCCCTACCTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173782 GGAAAAGAACGGCAGTAAATACGGGCCCGACGGGCTGCCCTACCTCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCTCAAG         CACTCGGGGATAAATAGTTCCAATGCAGAAGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 173832 TTCTCAAGGTG...TAGCACTCGGGGATAAATAGTTCCAATGCAGAAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGCTCTGTTCAATGTGACCGAGGCGGATGCTGGGGAATATATATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175022 CTGGCTCTGTTCAATGTGACCGAGGCGGATGCTGGGGAATATATATGTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCTCCAATTATATAGGGCAGGCCAACCAGTCTGCCTGGCTCACTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175072 GGTCTCCAATTATATAGGGCAGGCCAACCAGTCTGCCTGGCTCACTGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCCAAAACAGCAAG         CGCCTGGAAGAGAAAAGGAGATTACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 175122 TGCCAAAACAGCAAGGTA...TAGCGCCTGGAAGAGAAAAGGAGATTACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTTCCCCAGACTACCTGGAGATAGCCATTTACTGCATAGGGGTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178525 GCTTCCCCAGACTACCTGGAGATAGCCATTTACTGCATAGGGGTCTTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATCGCCTGTATGGTGGTAACAGTCATCCTGTGCCGAATGAAGAACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178575 AATCGCCTGTATGGTGGTAACAGTCATCCTGTGCCGAATGAAGAACACGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAAGAAGCCAGACTTCAGCAGCCAGCCGGCTGTGCACAAGCTGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178625 CCAAGAAGCCAGACTTCAGCAGCCAGCCGGCTGTGCACAAGCTGACCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGTATCCCCCTGCGGAGACAGGTAACA             GTTTCGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||---->>>...>>>||||||||||
 178675 CGTATCCCCCTGCGGAGACAGGTAACAGAAAGTA...CAGGTTTCGGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AGTCCAGCTCCTCCATGAACTCCAACACCCCGCTGGTGAGGATAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189887 AGTCCAGCTCCTCCATGAACTCCAACACCCCGCTGGTGAGGATAACAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CGCCTCTCTTCAACGGCAGACACCCCCATGCTGGCAGGGGTCTCCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189937 CGCCTCTCTTCAACGGCAGACACCCCCATGCTGGCAGGGGTCTCCGAGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGAACTTCCAGAGGACCCAAAATGGGAGTTTCCAAGAGATAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 189987 TGAACTTCCAGAGGACCCAAAATGGGAGTTTCCAAGAGATAAGTG...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176  GCTGACACTGGGCAAGCCCCTGGGAGAAGGTTGCTTTGGGCAAGTGGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192870 GGCTGACACTGGGCAAGCCCCTGGGAGAAGGTTGCTTTGGGCAAGTGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 ATGGCGGAAGCAGTGGGAATTGACAAAGACAAGCCCAAGGAGGCGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192920 ATGGCGGAAGCAGTGGGAATTGACAAAGACAAGCCCAAGGAGGCGGTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CGTGGCCGTGAAGATGTTGAAAG         ATGATGCCACAGAGAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 192970 CGTGGCCGTGAAGATGTTGAAAGGTG...TAGATGATGCCACAGAGAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 ACCTTTCTGATCTGGTGTCAGAGATGGAGATGATGAAGATGATTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195231 ACCTTTCTGATCTGGTGTCAGAGATGGAGATGATGAAGATGATTGGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CACAAGAATATCATAAATCTTCTTGGAGCCTGCACACAGGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 195281 CACAAGAATATCATAAATCTTCTTGGAGCCTGCACACAGGATGGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409   GGCCTCTCTATGTCATAGTTGAGTATGCCTCTAAAGGCAACCTCCGAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197094 AGGGCCTCTCTATGTCATAGTTGAGTATGCCTCTAAAGGCAACCTCCGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 AATACCTCCGAGCCCGGAGGCCACCCGGGATGGAGTACTCCTATGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197144 AATACCTCCGAGCCCGGAGGCCACCCGGGATGGAGTACTCCTATGACATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AACCGTGTTCCTGAGGAGCAGATGACCTTCAAGGACTTGGTGTCATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197194 AACCGTGTTCCTGAGGAGCAGATGACCTTCAAGGACTTGGTGTCATGCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CTACCAGCTGGCCAGAGGCATGGAGTACTTGGCTTCCCAAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 197244 CTACCAGCTGGCCAGAGGCATGGAGTACTTGGCTTCCCAAAAAGTG...C

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600   TGTATTCATCGAGATTTAGCAGCCAGAAATGTTTTGGTAACAGAAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205703 AGTGTATTCATCGAGATTTAGCAGCCAGAAATGTTTTGGTAACAGAAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AATGTGATGAAAATAGCAGACTTTGGACTCGCCAGAGATATCAACAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205753 AATGTGATGAAAATAGCAGACTTTGGACTCGCCAGAGATATCAACAATAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 AGACTATTACAAAAAGACCACCAAT         GGGCGGCTTCCAGTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 205803 AGACTATTACAAAAAGACCACCAATGTA...CAGGGGCGGCTTCCAGTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 AGTGGATGGCTCCAGAAGCCCTGTTTGATAGAGTATACACTCATCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206410 AGTGGATGGCTCCAGAAGCCCTGTTTGATAGAGTATACACTCATCAGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GATGT         CTGGTCCTTCGGGGTGTTAATGTGGGAGATCTTCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206460 GATGTGTG...CAGCTGGTCCTTCGGGGTGTTAATGTGGGAGATCTTCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 TTTAGGGGGCTCGCCCTACCCAGGGATTCCCGTGGAGGAACTTTTTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208322 TTTAGGGGGCTCGCCCTACCCAGGGATTCCCGTGGAGGAACTTTTTAAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 TGCTGAAGGAAGGACACAGAATGGATAAGCCAGCCAACTGCACCAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208372 TGCTGAAGGAAGGACACAGAATGGATAAGCCAGCCAACTGCACCAACGAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 CT         GTACATGATGATGAGGGACTGTTGGCATGCAGTGCCCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208422 CTGTA...CAGGTACATGATGATGAGGGACTGTTGGCATGCAGTGCCCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 CCAGAGACCAACGTTCAAGCAGTTGGTAGAAGACTTGGATCGAATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210054 CCAGAGACCAACGTTCAAGCAGTTGGTAGAAGACTTGGATCGAATTCTCA

   2150     .    :    .    :
   2021 CTCTCACAACCAATGAGATC
        ||||||||||||||||| |-
 210104 CTCTCACAACCAATGAGGT