seq1 = pF1KE2531.tfa, 2103 bp
seq2 = pF1KE2531/gi568815580f_32090071.tfa (gi568815580f:32090071_32317965), 227895 bp

>pF1KE2531 2103
>gi568815580f:32090071_32317965 (Chr18)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-82  (101752-101770)   100% ->
83-127  (102576-102620)   100% ->
128-171  (102704-102747)   100% ->
172-250  (105337-105415)   100% ->
251-368  (112823-112940)   100% ->
369-547  (114112-114290)   100% ->
548-766  (117182-117400)   100% ->
767-919  (118049-118201)   99% ->
920-1135  (120431-120646)   100% ->
1136-1579  (123046-123489)   100% ->
1580-1759  (125012-125191)   100% ->
1760-1886  (126921-127047)   100% ->
1887-2091  (127691-127895)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTATGGAATCTGTCTTGGTTTCTGTTCTTGGATGCTCTTCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTATGGAATCTGTCTTGGTTTCTGTTCTTGGATGCTCTTCTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTTCTGGCTTG         GCAACTCCAGAAAACTTTG         
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GATTTCTGGCTTGGTA...CAGGCAACTCCAGAAAACTTTGGTG...AAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATGTAGATGGCGGAATGGACCAGGACATATTTGATATCAATGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102576 ATGTAGATGGCGGAATGGACCAGGACATATTTGATATCAATGAAGGTT..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    128     GTTTGGGACTGGATCTTTTTGAGGGTGACATCAGACTTGATAGG  
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102626 .TAGGTTTGGGACTGGATCTTTTTGAGGGTGACATCAGACTTGATAGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    172        GCACAAATTAGAAATTCCATCATTGGAGAAAAGTATAGATGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102750 G...CAGGCACAAATTAGAAATTCCATCATTGGAGAAAAGTATAGATGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 CTCATACCATTCCATATGTTCTAGAAGATAGCTTGG         AAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105380 CTCATACCATTCCATATGTTCTAGAAGATAGCTTGGGTT...CAGAAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    256 AATGCTAAGGGAGTTATCCTCAATGCATTTGAACGTTATCGCCTTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112828 AATGCTAAGGGAGTTATCCTCAATGCATTTGAACGTTATCGCCTTAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 ATGTATTGACTTTAAGCCTTGGGCTGGAGAAACAAACTATATATCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112878 ATGTATTGACTTTAAGCCTTGGGCTGGAGAAACAAACTATATATCAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TCAAGGGCAGTGG         CTGCTGGTCTTCAGTAGGAAATAGGCGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112928 TCAAGGGCAGTGGGTA...AAGCTGCTGGTCTTCAGTAGGAAATAGGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GTTGGGAAGCAAGAACTTTCCATCGGGGCAAACTGTGACCGAATAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114140 GTTGGGAAGCAAGAACTTTCCATCGGGGCAAACTGTGACCGAATAGCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGTTCAACACGAGTTCCTCCACGCTCTGGGATTCTGGCATGAGCAGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114190 AGTTCAACACGAGTTCCTCCACGCTCTGGGATTCTGGCATGAGCAGTCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GTTCTGACCGGGATGACTATGTCAGGATAATGTGGGACAGAATTCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114240 GTTCTGACCGGGATGACTATGTCAGGATAATGTGGGACAGAATTCTGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 G         GCAGAGAGCACAATTTTAACACCTATAGTGACGATATATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114290 GGTA...TAGGCAGAGAGCACAATTTTAACACCTATAGTGACGATATATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGATTCCCTGAATGTTCCCTATGATTACACTTCAGTAATGCACTACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117222 AGATTCCCTGAATGTTCCCTATGATTACACTTCAGTAATGCACTACAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAACTGCATTCCAAAATGGAACAGAGCCGACAATTGTCACAAGAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117272 AAACTGCATTCCAAAATGGAACAGAGCCGACAATTGTCACAAGAATCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GACTTTGAGGATGTGATCGGCCAACGAATGGATTTCAGTGACTCTGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117322 GACTTTGAGGATGTGATCGGCCAACGAATGGATTTCAGTGACTCTGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTAAAGTTGAATCAACTGTATAACTGCT         CCTCTTCCTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117372 CCTAAAGTTGAATCAACTGTATAACTGCTGTA...TAGCCTCTTCCTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTTTTATGGACTCATGCAGTTTTGAACTGGAAAATGTGTGTGGCATGATC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118061 GTTTTATGGACTCGTGCAGTTTTGAACTGGAAAATGTGTGTGGCATGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAAGTTCAGGAGATAATGCTGACTGGCAACGGGTTTCACAGGTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118111 CAAAGTTCAGGAGATAATGCTGACTGGCAACGGGTTTCACAGGTTCCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGGGCCAGAGAGTGATCACTCCAACATGGGCCAGTGCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118161 GGGGCCAGAGAGTGATCACTCCAACATGGGCCAGTGCCAAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GTTCTGGTTTCTTCATGCATTTCGATAGCAGCTCTGTAAATGTGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120431 GTTCTGGTTTCTTCATGCATTTCGATAGCAGCTCTGTAAATGTGGGGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAGCAGTGCTGGAAAGTAGAACGCTGTACCCTAAAAGAGGATTTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120481 ACAGCAGTGCTGGAAAGTAGAACGCTGTACCCTAAAAGAGGATTTCAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTGCAATTTTACTTATATAACAGTGGCAGTGAAAGTGATCAACTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 CCTGCAATTTTACTTATATAACAGTGGCAGTGAAAGTGATCAACTGAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTATATCAGGGAGTATTCTGCAGACAATGTGGATGGCAATTTAACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 TCTATATCAGGGAGTATTCTGCAGACAATGTGGATGGCAATTTAACCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGGAAGAAATAAAAG         AAATACCCACTGGGAGCTGGCAACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120631 GTGGAAGAAATAAAAGGTA...CAGAAATACCCACTGGGAGCTGGCAACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTATCATGTAACATTGAAAGTGACCAAGAAGTTTAGAGTGGTGTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123071 TTATCATGTAACATTGAAAGTGACCAAGAAGTTTAGAGTGGTGTTTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 GACGCAAAGGCTCTGGTGCATCACTGGGTGGTCTGTCTATTGATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123121 GACGCAAAGGCTCTGGTGCATCACTGGGTGGTCTGTCTATTGATGACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AATCTTTCGGAAACACGGTGCCCTCATCATATCTGGCATATAAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123171 AATCTTTCGGAAACACGGTGCCCTCATCATATCTGGCATATAAGGAATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CACACAGTTCATTGGCAGCCCAAATGGAACTCTGTATAGCCCTCCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123221 CACACAGTTCATTGGCAGCCCAAATGGAACTCTGTATAGCCCTCCATTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTCTTCTAAAGGTTATGCCTTTCAGATTTACTTAAATCTAGCCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123271 ACTCTTCTAAAGGTTATGCCTTTCAGATTTACTTAAATCTAGCCCATGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACTAATGCAGGGATATATTTCCACTTGATCTCTGGAGCCAATGATGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123321 ACTAATGCAGGGATATATTTCCACTTGATCTCTGGAGCCAATGATGATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ATTACAGTGGCCATGTCCTTGGCAACAAGCCACAATGACACTTTTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123371 ATTACAGTGGCCATGTCCTTGGCAACAAGCCACAATGACACTTTTGGATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAAATCCTGACATTCGACAGCGTATGTCCAATCAGCGGAGTATAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123421 AAAATCCTGACATTCGACAGCGTATGTCCAATCAGCGGAGTATAACTACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GACCCATTTATGACCACCG         ATAATGGAAACTATTTCTGGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123471 GACCCATTTATGACCACCGGTT...CAGATAATGGAAACTATTTCTGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAGGCCTTCTAAAGTGGGAACAGTGGCTTTGTTCTCTAATGGAACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125034 CAGGCCTTCTAAAGTGGGAACAGTGGCTTTGTTCTCTAATGGAACTCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TTAGAAGAGGTGGGGGCTATGGAACCAGTGCCTTTATAACCCACGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125084 TTAGAAGAGGTGGGGGCTATGGAACCAGTGCCTTTATAACCCACGAAAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGAAAAGCAGAGATTTTATAAAAGGAGATGATGTTTATATCCTACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125134 CTGAAAAGCAGAGATTTTATAAAAGGAGATGATGTTTATATCCTACTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AGTGGAAG         ACATATCTCACCTCAACTCTACACAAATCCAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125184 AGTGGAAGGTA...TAGACATATCTCACCTCAACTCTACACAAATCCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TAACACCAGCCCCTAGTGTTCAAGACCTCTGCTCAAAAACCACCTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126954 TAACACCAGCCCCTAGTGTTCAAGACCTCTGCTCAAAAACCACCTGTAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AATGACGGTGTCTGCACTGTTCGAGATGGCAAAGCTGAGTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127004 AATGACGGTGTCTGCACTGTTCGAGATGGCAAAGCTGAGTGCAGGTA...

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1887    GTGCCAGTCAGGGGAAGACTGGTGGTACATGGGAGAAAGGTGTGAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127688 CAGGTGCCAGTCAGGGGAAGACTGGTGGTACATGGGAGAAAGGTGTGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AGAGAGGCTCCACCCGAGACACCATAGTCATTGCTGTTTCATCTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127738 AGAGAGGCTCCACCCGAGACACCATAGTCATTGCTGTTTCATCTACTGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GCTGTGTTTGCCTTGATGCTGATCATCACCCTTGTCAGTGTCTATTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127788 GCTGTGTTTGCCTTGATGCTGATCATCACCCTTGTCAGTGTCTATTGCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CAGGAAGAAATATCGTGAAAGGATGAGCTCAAATCGACCAAATTTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127838 CAGGAAGAAATATCGTGAAAGGATGAGCTCAAATCGACCAAATTTGACTC

   2200     .
   2084 CGCAAAAT
        ||||||||
 127888 CGCAAAAT