seq1 = pF1KE2528.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KE2528/gi568815593r_151722676.tfa (gi568815593r:151722676_152024549), 301874 bp

>pF1KE2528 1347
>gi568815593r:151722676_152024549 (Chr5)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-184  (132112-132239)   100% ->
185-252  (137762-137829)   100% ->
253-476  (164542-164765)   100% ->
477-559  (168167-168249)   100% ->
560-697  (169373-169510)   100% ->
698-912  (172946-173160)   100% ->
913-1059  (195483-195629)   100% ->
1060-1347  (201587-201874)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAGCTTCAATACTCTTCGACTCTACCTTTGGGAGACCATTGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAGCTTCAATACTCTTCGACTCTACCTTTGGGAGACCATTGTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAG         CCTTGCTGCTTCTAAGGAGGCTGAAGCTGCTCGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCAGGTA...TAGCCTTGCTGCTTCTAAGGAGGCTGAAGCTGCTCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGCACCCAAGCCTATGTCACCCTCGGATTTCCTGGATAAGCTAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132147 CCGCACCCAAGCCTATGTCACCCTCGGATTTCCTGGATAAGCTAATGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAACCTCCGGATATGATGCCAGGATCAGGCCCAATTTTAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 132197 AGAACCTCCGGATATGATGCCAGGATCAGGCCCAATTTTAAAGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   GTCCCCCAGTGAACGTGAGCTGCAACATTTTCATCAACAGCTTTGGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137760 AGGTCCCCCAGTGAACGTGAGCTGCAACATTTTCATCAACAGCTTTGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCATTGCTGAGACAACCATG         GACTATAGGGTCAACATCTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137810 CCATTGCTGAGACAACCATGGTG...TAGGACTATAGGGTCAACATCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCGGCAGCAATGGAACGACCCCCGCCTGGCCTATAATGAATACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164563 CTGCGGCAGCAATGGAACGACCCCCGCCTGGCCTATAATGAATACCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGACTCTCTGGACCTGGACCCATCCATGCTGGACTCCATCTGGAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164613 CGACTCTCTGGACCTGGACCCATCCATGCTGGACTCCATCTGGAAACCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGTTCTTTGCCAACGAGAAGGGGGCCCACTTCCATGAGATCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164663 ACCTGTTCTTTGCCAACGAGAAGGGGGCCCACTTCCATGAGATCACCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACAACAAATTGCTAAGGATCTCCCGGAATGGGAATGTCCTCTACAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164713 GACAACAAATTGCTAAGGATCTCCCGGAATGGGAATGTCCTCTACAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAG         AATCACCCTGACACTGGCCTGCCCCATGGACTTGAAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164763 CAGGTG...CAGAATCACCCTGACACTGGCCTGCCCCATGGACTTGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTCCCCATGGATGTCCAGACATGTATCATGCAACTGGAAAGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 168205 ATTTCCCCATGGATGTCCAGACATGTATCATGCAACTGGAAAGCTGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560     TTGGATATACGATGAATGACCTCATCTTTGAGTGGCAGGAACAGGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168255 .CAGTTGGATATACGATGAATGACCTCATCTTTGAGTGGCAGGAACAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCCGTGCAGGTAGCAGATGGACTAACTCTGCCCCAGTTTATCTTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169419 AGCCGTGCAGGTAGCAGATGGACTAACTCTGCCCCAGTTTATCTTGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAGAAGGACTTGAGATACTGCACCAAGCACTACAACACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 169469 AAGAGAAGGACTTGAGATACTGCACCAAGCACTACAACACAGGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  GTAAATTCACCTGCATTGAGGCCCGGTTCCACCTGGAGCGGCAGATGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172945 GGTAAATTCACCTGCATTGAGGCCCGGTTCCACCTGGAGCGGCAGATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTACTACCTGATTCAGATGTATATTCCCAGCCTGCTCATTGTCATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172995 TTACTACCTGATTCAGATGTATATTCCCAGCCTGCTCATTGTCATCCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CATGGATCTCCTTCTGGATCAACATGGATGCTGCACCTGCTCGTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173045 CATGGATCTCCTTCTGGATCAACATGGATGCTGCACCTGCTCGTGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTAGGCATCACCACTGTGCTCACCATGACCACCCAGAGCTCCGGCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173095 CTAGGCATCACCACTGTGCTCACCATGACCACCCAGAGCTCCGGCTCTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCATCTCTGCCCAAG         GTGTCCTATGTGAAAGCCATTGACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 173145 AGCATCTCTGCCCAAGGTA...TAGGTGTCCTATGTGAAAGCCATTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTGGATGGCAGTTTGCCTGCTCTTTGTGTTCTCAGCCCTATTAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195508 TTTGGATGGCAGTTTGCCTGCTCTTTGTGTTCTCAGCCCTATTAGAATAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGCCGTTAACTTTGTGTCTCGGCAACATAAGGAGCTGCTCCGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195558 GCTGCCGTTAACTTTGTGTCTCGGCAACATAAGGAGCTGCTCCGATTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGGAAGCGGAGACATCACAAG         GAGGATGAAGCTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 195608 GAGGAAGCGGAGACATCACAAGGTA...CAGGAGGATGAAGCTGGAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCGCTTTAACTTCTCTGCCTATGGGATGGGCCCAGCCTGTCTACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201606 GCCGCTTTAACTTCTCTGCCTATGGGATGGGCCCAGCCTGTCTACAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGGATGGCATCTCAGTCAAGGGCGCCAACAACAGTAACACCACCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201656 AAGGATGGCATCTCAGTCAAGGGCGCCAACAACAGTAACACCACCAACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCTCCTGCACCATCTAAGTCCCCAGAGGAGATGCGAAAACTCTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201706 CCCTCCTGCACCATCTAAGTCCCCAGAGGAGATGCGAAAACTCTTCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAGGGCCAAGAAGATCGACAAAATATCCCGCATTGGCTTCCCCATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201756 AGAGGGCCAAGAAGATCGACAAAATATCCCGCATTGGCTTCCCCATGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTCCTCATTTTCAACATGTTCTACTGGATCATCTACAAGATTGTCCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201806 TTCCTCATTTTCAACATGTTCTACTGGATCATCTACAAGATTGTCCGTAG

   1400     .    :    .
   1329 AGAGGACGTCCACAACCAG
        |||||||||||||||||||
 201856 AGAGGACGTCCACAACCAG