seq1 = pF1KE2525.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KE2525/gi568815590r_30579523.tfa (gi568815590r:30579523_30827835), 248313 bp

>pF1KE2525 1566
>gi568815590r:30579523_30827835 (Chr8)

(complement)

1-306  (100001-100306)   100% ->
307-333  (115748-115774)   100% ->
334-422  (117934-118022)   100% ->
423-492  (119695-119764)   100% ->
493-640  (124596-124743)   100% ->
641-695  (127701-127755)   100% ->
696-795  (131357-131456)   100% ->
796-882  (134781-134867)   100% ->
883-1041  (138517-138675)   99% ->
1042-1153  (143637-143748)   100% ->
1154-1285  (145775-145906)   100% ->
1286-1419  (146799-146932)   100% ->
1420-1566  (148167-148313)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGCTGCCCCGAGCCCTGAGCGCCGGCGCGGGACCGAGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGCTGCCCCGAGCCCTGAGCGCCGGCGCGGGACCGAGCTGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGCGGCGCGCGCCTTCCGAGGCTTCCTGCTGCTTCTGCCCGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGCGGCGCGCGCCTTCCGAGGCTTCCTGCTGCTTCTGCCCGAGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCCTCACGCGCGCCCTCTCCCGTGCCATGGCCTGCAGGCAGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCCTCACGCGCGCCCTCTCCCGTGCCATGGCCTGCAGGCAGGAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCCGCAGGGCCCGCCGCCCGCTGCTGGCGCCGTGGCCTCCTATGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCCGCAGGGCCCGCCGCCCGCTGCTGGCGCCGTGGCCTCCTATGACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGTGATCGGGGGCGGCTCGGGCGGGCTGGCCAGCGCGCGCAGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGTGATCGGGGGCGGCTCGGGCGGGCTGGCCAGCGCGCGCAGGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGCTGGGTGCCAGGGCCGCCGTGGTGGAGAGCCACAAGCTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGCTGGGTGCCAGGGCCGCCGTGGTGGAGAGCCACAAGCTGGGTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTTGC         GTGAATGTTGGATGTGTACCCAAAAAG        
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100301 ACTTGCGTG...CAGGTGAATGTTGGATGTGTACCCAAAAAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  GTAATGTGGAACACAGCTGTCCACTCTGAATTCATGCATGATCATGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 GGTAATGTGGAACACAGCTGTCCACTCTGAATTCATGCATGATCATGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTATGGCTTTCCAAGTTGTGAGGGTAAATTCAATTGGCG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117983 ATTATGGCTTTCCAAGTTGTGAGGGTAAATTCAATTGGCGGTA...CAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTATTAAGGAAAAGCGGGATGCCTATGTGAGCCGCCTGAATGCCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119696 GTTATTAAGGAAAAGCGGGATGCCTATGTGAGCCGCCTGAATGCCATCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAAAACAATCTCACCAAG         TCCCATATAGAAATCATCCGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119746 TCAAAACAATCTCACCAAGGTG...TAGTCCCATATAGAAATCATCCGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCATGCAGCCTTCACGAGTGATCCCAAGCCCACAATAGAGGTCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124618 GCCATGCAGCCTTCACGAGTGATCCCAAGCCCACAATAGAGGTCAGTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAAAGTACACCGCCCCACACATCCTGATCGCCACAGGTGGTATGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124668 AAAAAGTACACCGCCCCACACATCCTGATCGCCACAGGTGGTATGCCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCCCTCATGAGAGCCAGATCCCCG         GTGCCAGCTTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124718 CACCCCTCATGAGAGCCAGATCCCCGGTG...TAGGTGCCAGCTTAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAACCAGCGATGGATTTTTTCAGCTGGAAGAATTGCCCGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 127716 TAACCAGCGATGGATTTTTTCAGCTGGAAGAATTGCCCGGGTA...CAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCAGCGTCATTGTTGGTGCAGGTTACATTGCTGTGGAGATGGCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131358 CGCAGCGTCATTGTTGGTGCAGGTTACATTGCTGTGGAGATGGCAGGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTGTCAGCCCTGGGTTCTAAGACATCACTGATGATACGGCATGATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131408 CCTGTCAGCCCTGGGTTCTAAGACATCACTGATGATACGGCATGATAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         GTACTTAGAAGTTTTGATTCAATGATCAGCACCAACTGCACG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131458 TA...CAGGTACTTAGAAGTTTTGATTCAATGATCAGCACCAACTGCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGGAGCTGGAGAACGCTGGCGTGGAGGTGCTGAAGTTCTCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 134823 GAGGAGCTGGAGAACGCTGGCGTGGAGGTGCTGAAGTTCTCCCAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     GTCAAGGAGGTTAAAAAGACTTTGTCGGGCTTGGAAGTCAGCATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134873 .TAGGTCAAGGAGGTTAAAAAGACTTTGTCGGGCTTGGAAGTCAGCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTACTGCAGTTCCCGGTAGGCTACCAGTCATGACCATGATTCCAGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138563 TTACTGCAGTTCCCGGTAGGCTACCAGTCATGACCATGATTCCAGATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GACTGCCTGCTCTGGGCCATTGGGCGGGTCCCGAATACCAAGGACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138613 GACTGCCTGCTCTGGGCCATTGGGCGGGTCCCGAATACCAAGGACCTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTTGAACAAACTG         GGGATTCAAACCGATGACAAGGGTCATA
        ||| |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 138663 TTTAAACAAACTGGTA...TAGGGGATTCAAACCGATGACAAGGGTCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCATCGTAGACGAATTCCAGAATACCAACGTCAAAGGCATCTATGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143665 TCATCGTAGACGAATTCCAGAATACCAACGTCAAAGGCATCTATGCAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGGATGTATGTGGAAAAGCTCTTCTTACTCCAG         TTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 143715 GGGGATGTATGTGGAAAAGCTCTTCTTACTCCAGGTA...TAGTTGCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGCTGCTGGCCGAAAACTTGCCCATCGACTTTTTGAATATAAGGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145782 AGCTGCTGGCCGAAAACTTGCCCATCGACTTTTTGAATATAAGGAAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCAAATTAGATTATAACAACATCCCAACTGTGGTCTTCAGCCACCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145832 CCAAATTAGATTATAACAACATCCCAACTGTGGTCTTCAGCCACCCCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATTGGGACAGTGGGACTCACGGAAG         ATGAAGCCATTCATAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145882 ATTGGGACAGTGGGACTCACGGAAGGTA...TAGATGAAGCCATTCATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATATGGAATAGAAAATGTGAAGACCTATTCAACGAGCTTTACCCCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146815 ATATGGAATAGAAAATGTGAAGACCTATTCAACGAGCTTTACCCCGATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATCACGCAGTTACCAAAAGGAAAACAAAATGTGTGATGAAAATGGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146865 ATCACGCAGTTACCAAAAGGAAAACAAAATGTGTGATGAAAATGGTCTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTAACAAGGAAGAAAAG         GTGGTTGGGATCCATATGCAGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 146915 GCTAACAAGGAAGAAAAGGTA...CAGGTGGTTGGGATCCATATGCAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACTTGGGTGTGATGAAATGCTGCAGGGTTTTGCTGTTGCAGTGAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148190 ACTTGGGTGTGATGAAATGCTGCAGGGTTTTGCTGTTGCAGTGAAGATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGCAACGAAGGCAGACTTTGACAACACAGTCGCCATTCACCCTACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148240 GAGCAACGAAGGCAGACTTTGACAACACAGTCGCCATTCACCCTACCTCT

   1650     .    :    .    :
   1543 TCAGAAGAGCTGGTCACACTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||
 148290 TCAGAAGAGCTGGTCACACTTCGT