seq1 = pF1KE2520.tfa, 1773 bp
seq2 = pF1KE2520/gi568815597r_225398347.tfa (gi568815597r:225398347_225667416), 269070 bp

>pF1KE2520 1773
>gi568815597r:225398347_225667416 (Chr1)

(complement)

1-171  (99999-100168)   98% ->
172-349  (112334-112511)   100% ->
350-434  (136779-136863)   100% ->
435-802  (147852-148219)   100% ->
803-913  (150111-150221)   100% ->
914-1218  (152517-152821)   100% ->
1219-1364  (154401-154546)   100% ->
1365-1422  (154703-154760)   100% ->
1423-1471  (155558-155606)   100% ->
1472-1538  (159400-159466)   100% ->
1539-1601  (162364-162426)   100% ->
1602-1680  (166347-166425)   100% ->
1681-1738  (169013-169070)   100% ->
1739-1773  (169605-169639)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGAACAGAGTATCTGTCAGGCAAGAGCTGCTGTGATGGTTTATGA
        | -|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AC AGTGAACAGAGTATCTGTCAGGCAAGAGCTGCTGTGATGGTTTATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGCCAATAAGAAGTGGGTGCCAGCTGGTGGCTCAACTGGATTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TGATGCCAATAAGAAGTGGGTGCCAGCTGGTGGCTCAACTGGATTCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGTTCATATCTATCACCATACAGGCAACAACACATTCAGAGTGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GAGTTCATATCTATCACCATACAGGCAACAACACATTCAGAGTGGTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGAAGATTCAGGACCATCAG         GTCGTGATAAACTGTGCCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100148 AGGAAGATTCAGGACCATCAGGTA...TAGGTCGTGATAAACTGTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTAAAGGGTTGAAGTACAATCAAGCTACACAGACCTTCCACCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112354 TCCTAAAGGGTTGAAGTACAATCAAGCTACACAGACCTTCCACCAGTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGATGCTAGACAGGTGTATGGTCTCAACTTTGGCAGCAAAGAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112404 GAGATGCTAGACAGGTGTATGGTCTCAACTTTGGCAGCAAAGAGGATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGTCTTCGCAAGTGCCATGATGCATGCCTTAGAAGTGTTAAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112454 AATGTCTTCGCAAGTGCCATGATGCATGCCTTAGAAGTGTTAAATTCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAACAG         GGCCAACATTGCCTAGACAAAACTCACAACTAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112504 GGAAACAGGTA...TAGGGCCAACATTGCCTAGACAAAACTCACAACTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGCTCAAGTTCAAAATGGCCCATCCCAAGAAGAATTGGAAATTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136812 CTGCTCAAGTTCAAAATGGCCCATCCCAAGAAGAATTGGAAATTCAAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AG         ACAACTACAAGAACAGCAACGGCAAAAGGAGCTGGAGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136862 AGGTA...CAGACAACTACAAGAACAGCAACGGCAAAAGGAGCTGGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAAGGCTGGAGCGAGAAAGAATGGAAAGAGAAAGGTTGGAGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147891 GGAAAGGCTGGAGCGAGAAAGAATGGAAAGAGAAAGGTTGGAGAGAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGTTAGAAAGGGAAAGGCTGGAGAGGGAGCGACTGGAACAAGAACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147941 GGTTAGAAAGGGAAAGGCTGGAGAGGGAGCGACTGGAACAAGAACAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAGAGAGAGACAAGAACGGGAACGGCAGGAACGCCTGGAGCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147991 GAGAGAGAGAGACAAGAACGGGAACGGCAGGAACGCCTGGAGCGGCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACGCCTGGAGCGGCAGGAACGCCTGGAGCGGCAGGAACGCCTGGATCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148041 ACGCCTGGAGCGGCAGGAACGCCTGGAGCGGCAGGAACGCCTGGATCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAGGCAAGAAAGACAAGAACGAGAGAGGCTGGAGAGACTGGAACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148091 AGAGGCAAGAAAGACAAGAACGAGAGAGGCTGGAGAGACTGGAACGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGGCAAGAAAGGGAGCGACAAGAGCAGTTAGAAAGGGAACAGCTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148141 AGGCAAGAAAGGGAGCGACAAGAGCAGTTAGAAAGGGAACAGCTGGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAGAGAGAGCGCAGAATATCAAGTGCTG         CTGCCCCTGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 148191 GGAGAGAGAGCGCAGAATATCAAGTGCTGGTA...CAGCTGCCCCTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGTTGAGACTCCTCTAAACTCTGTGCTGGGAGACTCTTCTGCTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150123 CTGTTGAGACTCCTCTAAACTCTGTGCTGGGAGACTCTTCTGCTTCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCAGGCTTGCAGGCAGCCTCTCAGCCGGCCGAGACTCCATCCCAACAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150173 CCAGGCTTGCAGGCAGCCTCTCAGCCGGCCGAGACTCCATCCCAACAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914         GCATTGTCTTGGGACCACTTGCACCTCCACCTCCTCCACCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150223 TA...CAGGCATTGTCTTGGGACCACTTGCACCTCCACCTCCTCCACCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCCACCAGGGCCTGCACAGGCTTCAGTAGCCCTCCCTCCTCCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152559 TCCCACCAGGGCCTGCACAGGCTTCAGTAGCCCTCCCTCCTCCCCCAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCCCCTCCACCTCCTCCACTCCCATCCACCGGGCCTCCACCGCCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152609 CCCCCTCCACCTCCTCCACTCCCATCCACCGGGCCTCCACCGCCCCCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCCCCCTCCTCTCCCTAATCAAGTACCCCCTCCTCCTCCACCACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152659 TCCCCCTCCTCTCCCTAATCAAGTACCCCCTCCTCCTCCACCACCTCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCCACCCCTCCCTGCATCTGGATTCTTTTTGGCATCCATGTCAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152709 CCCCACCCCTCCCTGCATCTGGATTCTTTTTGGCATCCATGTCAGAAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AATCGCCCTTTAACTGGACTTGCAGCTGCAATTGCCGGAGCAAAACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152759 AATCGCCCTTTAACTGGACTTGCAGCTGCAATTGCCGGAGCAAAACTTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAAGTGTCACGG         ATGGAGGATACCTCTTTCCCAAGTGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 152809 GAAAGTGTCACGGGTA...AAGATGGAGGATACCTCTTTCCCAAGTGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GGAATGCTATTGGTGTGAACTCCGCCTCATCTAAAACAGATACAGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154429 GGAATGCTATTGGTGTGAACTCCGCCTCATCTAAAACAGATACAGGCCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GGAAATGGACCCCTTCCTTTAGGGGGTAGTGGTTTAATGGAAGAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154479 GGAAATGGACCCCTTCCTTTAGGGGGTAGTGGTTTAATGGAAGAAATGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGCCCTGCTGGCCAGGAG         GAGAAGAATTGCTGAAAAGGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 154529 TGCCCTGCTGGCCAGGAGGTA...TAGGAGAAGAATTGCTGAAAAGGGAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CAACAATAGAAACAGAACAAAAAGAGGACAAAGGT         GAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 154726 CAACAATAGAAACAGAACAAAAAGAGGACAAAGGTGTA...TAGGAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCAGAGCCTGTAACTTCTAAGGCCTCTTCAACAAGTACACCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155564 TCAGAGCCTGTAACTTCTAAGGCCTCTTCAACAAGTACACCTGGTA...A

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1472   AACCAACAAGAAAACCTTGGGAAAGAACAAATACAATGAATGGCAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159398 AGAACCAACAAGAAAACCTTGGGAAAGAACAAATACAATGAATGGCAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGTCACCTGTTATCTCCAG         ACGGGATTCTCCAAGGAAAAAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 159448 AGTCACCTGTTATCTCCAGGTA...TAGACGGGATTCTCCAAGGAAAAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAGATTGTTTTTGACAACAGGTCCTATGATTCATTACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 162386 CAGATTGTTTTTGACAACAGGTCCTATGATTCATTACACAGGTA...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACCAAAATCCACACCCTTATCACAGCCCAGTGCCAATGGAGTCCAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166347 ACCAAAATCCACACCCTTATCACAGCCCAGTGCCAATGGAGTCCAGACGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAGGACTTGACTATGACAGGCTGAAGCAG         GACATTTTAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 166397 AAGGACTTGACTATGACAGGCTGAAGCAGGTG...TAGGACATTTTAGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAAATGAGAAAAGAATTAACAAAGCTAAAAGAAGAGCTCATTGATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 169025 GAAATGAGAAAAGAATTAACAAAGCTAAAAGAAGAGCTCATTGATGGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1739      CAATCAGGCAGGAACTGAGCAAGTCAAATACTGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169075 ..CAGCAATCAGGCAGGAACTGAGCAAGTCAAATACTGCA