seq1 = pF1KE2493.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE2493/gi568815597r_37512758.tfa (gi568815597r:37512758_37729661), 216904 bp

>pF1KE2493 789
>gi568815597r:37512758_37729661 (Chr1)

(complement)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-286  (112987-113178)   100% ->
287-436  (115329-115478)   100% ->
437-625  (115770-115958)   100% ->
626-789  (116741-116904)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTTGGGCTGTGTGTGGTGGCCCTGGTTCTGAGCTGGACGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTTGGGCTGTGTGTGGTGGCCCTGGTTCTGAGCTGGACGCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCATCAGCAGCCGGGGGATCAAGGGGAAAAGGCAGAGGCGGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CACCATCAGCAGCCGGGGGATCAAGGGGAAAAGGCAGAGGCGGAGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    TCAGTGCCGAGGGGAGCCAGGCCTGTGCCAAAGGCTGTGAGCTCTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112984 CAGTCAGTGCCGAGGGGAGCCAGGCCTGTGCCAAAGGCTGTGAGCTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGAAGTCAACGGCTGCCTCAAGTGCTCACCCAAGCTGTTCATCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113034 TCTGAAGTCAACGGCTGCCTCAAGTGCTCACCCAAGCTGTTCATCCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGAGGAACGACATCCGCCAGGTGGGCGTCTGCTTGCCGTCCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113084 GGAGAGGAACGACATCCGCCAGGTGGGCGTCTGCTTGCCGTCCTGCCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGATACTTCGACGCCCGCAACCCCGACATGAACAAGTGCATCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113134 CTGGATACTTCGACGCCCGCAACCCCGACATGAACAAGTGCATCAGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     AATGCAAGATCGAGCACTGTGAGGCCTGCTTCAGCCATAACTTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113184 .CAGAATGCAAGATCGAGCACTGTGAGGCCTGCTTCAGCCATAACTTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCAAGTGTAAGGAGGGCTTGTACCTGCACAAGGGCCGCTGCTATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115375 CACCAAGTGTAAGGAGGGCTTGTACCTGCACAAGGGCCGCTGCTATCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTGTCCCGAGGGCTCCTCAGCTGCCAATGGCACCATGGAGTGCAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115425 CTTGTCCCGAGGGCTCCTCAGCTGCCAATGGCACCATGGAGTGCAGTAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTG         CGCAATGTGAAATGAGCGAGTGGTCTCCGTGGGGGCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115475 CCTGGTA...CAGCGCAATGTGAAATGAGCGAGTGGTCTCCGTGGGGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCTCCAAGAAGCAGCAGCTCTGTGGTTTCCGGAGGGGCTCCGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115807 CTGCTCCAAGAAGCAGCAGCTCTGTGGTTTCCGGAGGGGCTCCGAGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGACACGCAGGGTGCTACATGCCCCTGTGGGGGACCATGCTGCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115857 GGACACGCAGGGTGCTACATGCCCCTGTGGGGGACCATGCTGCCTGCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACACCAAGGAGACCCGGAGGTGCACAGTGAGGAGAGTGCCGTGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115907 GACACCAAGGAGACCCGGAGGTGCACAGTGAGGAGAGTGCCGTGTCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GG         GGCAGAAGAGGAGGAAGGGAGGCCAGGGCCGGCGGGAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115957 GGGTG...CAGGGCAGAAGAGGAGGAAGGGAGGCCAGGGCCGGCGGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCCAACAGGAACCTGGCCAGGAAGGAGAGCAAGGAGGCGGGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116780 ATGCCAACAGGAACCTGGCCAGGAAGGAGAGCAAGGAGGCGGGTGCTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCTCGAAGACGCAAGGGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAAGGGACAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116830 TCTCGAAGACGCAAGGGGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAAGGGACAGTGGG

    800     .    :    .    :    .
    765 GCCACTCACATCTGCAGGGCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||
 116880 GCCACTCACATCTGCAGGGCCTGCC