seq1 = pF1KE2488.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE2488/gi568815587f_60742125.tfa (gi568815587f:60742125_60950322), 208198 bp

>pF1KE2488 1080
>gi568815587f:60742125_60950322 (Chr11)

1-758  (100001-100758)   100% ->
759-888  (105800-105929)   100% ->
889-963  (107816-107890)   100% ->
964-1080  (108082-108198)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATACACCGTTAAGGCGCAGCCGACGGCTGGGAGGCCTAAGGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATACACCGTTAAGGCGCAGCCGACGGCTGGGAGGCCTAAGGCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCCCCGAGAGCCTCACCTCAGTTTCGCGGACGAGACGGGCCCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCCCCCGAGAGCCTCACCTCAGTTTCGCGGACGAGACGGGCCCTTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCGAGTCGAACCCAGAAGAAACGAGGGAGCCCGGGTCTCCTCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCGAGTCGAACCCAGAAGAAACGAGGGAGCCCGGGTCTCCTCCGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCAGCGGGCTGGCCTGGGGTCCCCCGAAAGGCCGCCGAAGACAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCAGCGGGCTGGCCTGGGGTCCCCCGAAAGGCCGCCGAAGACAAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGATCACCCCGTCTGCAGCAGGGTGCAGGCTTGGAGTCACCCCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGATCACCCCGTCTGCAGCAGGGTGCAGGCTTGGAGTCACCCCAAGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCAGAGCCAGGCGCAGCGTCCCCCCAGCGTCAGCAAGACCTACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCCAGAGCCAGGCGCAGCGTCCCCCCAGCGTCAGCAAGACCTACACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTCGCCTCAAAGACAGCCAGAGTACAGTCCTGAATCCCCACGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTCGCCTCAAAGACAGCCAGAGTACAGTCCTGAATCCCCACGATGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCGAAGCCAAGTGAGGAGGCACCAAAGTGTTCTCAGGACCAGGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCGAAGCCAAGTGAGGAGGCACCAAAGTGTTCTCAGGACCAGGGAGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCTCGGAGTTGGCCCAGAATAAGGAGGAGCTGACCCCGGGGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCTCGGAGTTGGCCCAGAATAAGGAGGAGCTGACCCCGGGGGCCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCATCAGCTACCGCCGGTCCCAGGATCACCAGAGCCTTACCCCGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCATCAGCTACCGCCGGTCCCAGGATCACCAGAGCCTTACCCCGGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAAGCTCCCGGTCCGGAGCCCTCTCAGCCACTACTGGAGCTGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAAGCTCCCGGTCCGGAGCCCTCTCAGCCACTACTGGAGCTGACACCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGGCACCTGGCTCCCCCCGGGGTCAGCATGAGCCGAGCAAGCCACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGGCACCTGGCTCCCCCCGGGGTCAGCATGAGCCGAGCAAGCCACCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCTGGGGAGACGGTGACAGGCGGCTTCGGGGCAAAGAAGCGAAAAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCTGGGGAGACGGTGACAGGCGGCTTCGGGGCAAAGAAGCGAAAAGGTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCATCCCAGGCCCCAGCGTCCAAGAAGTTGAATAAAGAGGAGCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCATCCCAGGCCCCAGCGTCCAAGAAGTTGAATAAAGAGGAGCTTCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TAATCCCGAAGGGGAAGCCCAAATCGGGGCGAGTGTGGAAGGACCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TAATCCCGAAGGGGAAGCCCAAATCGGGGCGAGTGTGGAAGGACCGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGAAAAG         ATTCTCCCAGATGCTTCAGGACAAGCCCCTGCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGAAAAGGTG...CAGATTCTCCCAGATGCTTCAGGACAAGCCCCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACATCGTGGCAGCGGAAGATGAAGGAACGACAGGAGAGGAAGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105833 CACATCGTGGCAGCGGAAGATGAAGGAACGACAGGAGAGGAAGCTGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGGACTTTGCCCGTCACCTGGAGGAGGAGAAGGAGAGGCGCCGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105883 AGGACTTTGCCCGTCACCTGGAGGAGGAGAAGGAGAGGCGCCGCCAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889       GAGAAGAAACAGCGCCGGGCTGAGAACCTGAAACGCCGCCTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105933 ...CAGGAGAAGAAACAGCGCCGGGCTGAGAACCTGAAACGCCGCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAATGAGCGGAAGGCAGAGGTCGTCCAAGTG         ATCCGAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107860 GAATGAGCGGAAGGCAGAGGTCGTCCAAGTGGTG...CAGATCCGAAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCGCCAAGCTCAAGCGGGCAAAGAAGAAGCAGCTGCGCTCCATTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108092 CCGCCAAGCTCAAGCGGGCAAAGAAGAAGCAGCTGCGCTCCATTGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGGGACACCCTGGCCCTGCTGCAGAAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108142 CGGGACACCCTGGCCCTGCTGCAGAAGCAGCCGCCCCAGCAGCCGGCAGC

   1100     .
   1074 CAAGATC
        |||||||
 108192 CAAGATC