seq1 = pF1KE2476.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KE2476/gi568815597r_235350209.tfa (gi568815597r:235350209_235604252), 254044 bp

>pF1KE2476 1500
>gi568815597r:235350209_235604252 (Chr1)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-260  (109425-109572)   100% ->
261-361  (114985-115085)   99% ->
362-555  (119738-119931)   100% ->
556-651  (124104-124199)   100% ->
652-762  (133293-133403)   100% ->
763-841  (138539-138617)   100% ->
842-1025  (145467-145650)   100% ->
1026-1151  (148569-148694)   100% ->
1152-1311  (149938-150097)   100% ->
1312-1368  (151107-151163)   100% ->
1369-1500  (153913-154044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAAACTGGCTGGTGCTGCTGTGCCCGTGTGTGCTCGGGGCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAAACTGGCTGGTGCTGCTGTGCCCGTGTGTGCTCGGGGCCGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACCTCTGGCTGCGGCTGCGCTCCCCGCCGCCCGCCTGCGCCTCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACCTCTGGCTGCGGCTGCGCTCCCCGCCGCCCGCCTGCGCCTCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCCCTGCAG         ATCAGTTGGCCTTATTTCCTCAGTGGAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCCCTGCAGGTG...TAGATCAGTTGGCCTTATTTCCTCAGTGGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTACTCACTATGATGTGGTAGTTGGCGTGTTGTCAGCTCGCAATAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109454 TCTACTCACTATGATGTGGTAGTTGGCGTGTTGTCAGCTCGCAATAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACTTCGAAACGTGATAAGAAGCACCTGGATGAGACATTTGCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109504 TGAACTTCGAAACGTGATAAGAAGCACCTGGATGAGACATTTGCTACAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCCCACATTAAGTCAACG         TGTGCTTGTGAAGTTCATAATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109554 ATCCCACATTAAGTCAACGGTA...CAGTGTGCTTGTGAAGTTCATAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTGCTCATGGCTGTGAAGTGCCTGTGGAAGACAGGGAAGATCCTTATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 115007 GGTGCTCATGGCTGTGAAGTGCCTGTGGAAGACAGGGAGGATCCTTATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTAAACTACTCAACATCACAAATCCAG         TTTTGAATCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115057 CTGTAAACTACTCAACATCACAAATCCAGGTA...TAGTTTTGAATCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATTGAAGCGTTCAGTCTGTCCGAAGACACTTCATCGGGGCTGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119750 AAATTGAAGCGTTCAGTCTGTCCGAAGACACTTCATCGGGGCTGCCTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATCGAGTTGTCAGCGTGAGTTTCCGAGTTCTCTACCCCATCGTTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119800 GATCGAGTTGTCAGCGTGAGTTTCCGAGTTCTCTACCCCATCGTTATTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGTCTTGGAGTGTTCTACGATGCCAATGATGTGGGTTTCCAGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119850 CAGTCTTGGAGTGTTCTACGATGCCAATGATGTGGGTTTCCAGAGGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCACTGTCAAACTTTATCAGGCAGAACAAGAG         GAGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119900 TCACTGTCAAACTTTATCAGGCAGAACAAGAGGTA...TAGGAGGCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCATTGCTCGCTTCAGTCCTCCAAGCTGTGGTGTGCAGGTGAACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124113 TTCATTGCTCGCTTCAGTCCTCCAAGCTGTGGTGTGCAGGTGAACAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGGTACAAGCCCGTGGAACAATTCATCTTACCAGAG         AGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124163 GTGGTACAAGCCCGTGGAACAATTCATCTTACCAGAGGTA...AAGAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAAGGTACAATCGTGTGGGAGAGCCAAGACCTCCACGGCCTTGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133297 TTGAAGGTACAATCGTGTGGGAGAGCCAAGACCTCCACGGCCTTGTGTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAAATCTCCACAAAGTGACAGTGAATGATGGAGGGGGAGTTCTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133347 AGAAATCTCCACAAAGTGACAGTGAATGATGGAGGGGGAGTTCTCAGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATTACA         GCTGGGGAGGGTGCATTGCCTCATGAATTCTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133397 CATTACAGTA...CAGGCTGGGGAGGGTGCATTGCCTCATGAATTCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGGTGTGGAGGGAGTTGCAGGTGGTTTTATATATACTATTCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 138573 AAGGTGTGGAGGGAGTTGCAGGTGGTTTTATATATACTATTCAGGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842     AAGGTGATGCTCTCTTACACAACCTTCATTCTCGCCCTCAAAGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138623 .TAGAAGGTGATGCTCTCTTACACAACCTTCATTCTCGCCCTCAAAGACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TATTGATCATATAAGGAATCTCCATGAGGAAGATGCCTTACTGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145513 TATTGATCATATAAGGAATCTCCATGAGGAAGATGCCTTACTGAAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAGCAGCATCTATGATGATATTGTTTTTGTGGATGTTGTCGACACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145563 AAAGCAGCATCTATGATGATATTGTTTTTGTGGATGTTGTCGACACTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGTAATGTTCCTGCAAAATTATTGAACTTCTATAGATG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 145613 CGTAATGTTCCTGCAAAATTATTGAACTTCTATAGATGGTA...CAGGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTGGAAACAACGAGCTTCAATTTGTTGCTGAAGACAGATGATGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148572 TGTGGAAACAACGAGCTTCAATTTGTTGCTGAAGACAGATGATGACTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACATAGACCTCGAAGCTGTATTTAATAGGATTGTCCAAAAGAATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148622 ACATAGACCTCGAAGCTGTATTTAATAGGATTGTCCAAAAGAATCTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGGCCTAATTTTTGGTGGGGAAA         TTTCAGACTGAATTGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 148672 GGGCCTAATTTTTGGTGGGGAAAGTA...CAGTTTCAGACTGAATTGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGTTGACCGAACCGGAAAGTGGCAGGAGTTGGAGTACCCGAGCCCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149956 AGTTGACCGAACCGGAAAGTGGCAGGAGTTGGAGTACCCGAGCCCCGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCCTGCCTTTGCATGTGGGTCAGGATATGTGATCTCCAAGGACATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150006 ACCCTGCCTTTGCATGTGGGTCAGGATATGTGATCTCCAAGGACATCGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGTGGCTGGCAAGCAACTCGGGGAGGTTAAAGACCTATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 150056 AAGTGGCTGGCAAGCAACTCGGGGAGGTTAAAGACCTATCAGGTA...TA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312  GGTGAAGATGTAAGCATGGGCATCTGGATGGCTGCCATAGGACCTAAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151106 GGGTGAAGATGTAAGCATGGGCATCTGGATGGCTGCCATAGGACCTAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GATACCAG         GACAGTCTGTGGCTGTGTGAGAAGACCTGTGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 151156 GATACCAGGTA...CAGGACAGTCTGTGGCTGTGTGAGAAGACCTGTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACAGGAATGCTGTCTTCTCCTCAGTATTCTCCGTGGGAACTGACGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153946 ACAGGAATGCTGTCTTCTCCTCAGTATTCTCCGTGGGAACTGACGGAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1452 GTGGAAACTGAAGGAACGGTGCGGTGATCCTTGTCGATGTCAAGCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153996 GTGGAAACTGAAGGAACGGTGCGGTGATCCTTGTCGATGTCAAGCAAGA