seq1 = pF1KE2445.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KE2445/gi568815592r_151305716.tfa (gi568815592r:151305716_151545811), 240096 bp

>pF1KE2445 1347
>gi568815592r:151305716_151545811 (Chr6)

(complement)

1-504  (100001-100504)   100% ->
505-613  (109258-109366)   100% ->
614-689  (112582-112657)   100% ->
690-729  (115635-115674)   100% ->
730-830  (118230-118330)   100% ->
831-937  (122181-122287)   100% ->
938-1002  (123207-123271)   100% ->
1003-1079  (124491-124567)   100% ->
1080-1200  (128413-128533)   100% ->
1201-1317  (139976-140092)   100% ->
1318-1347  (140545-140574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGCCACACTCCTCAGAGCCGTGGCCAGATCTCATCATATATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGCCACACTCCTCAGAGCCGTGGCCAGATCTCATCATATATTATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAGCACATCAGTGCCGAAGAATCGGTCATCTAATGTTAAAACCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAGCACATCAGTGCCGAAGAATCGGTCATCTAATGTTAAAACCACTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAATTTGAAAATACAACATGCAGCACACTGACAATACGTCAAAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAATTTGAAAATACAACATGCAGCACACTGACAATACGTCAAAGCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTTGTTCCTTCCTGATAAAACAGCTAGTGGTTTGAATAAGTCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTTGTTCCTTCCTGATAAAACAGCTAGTGGTTTGAATAAGTCTCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGAAATGAACCAAAAAAAGTCAGATACCAGCATGCTGTCTCCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGAAATGAACCAAAAAAAGTCAGATACCAGCATGCTGTCTCCATTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGCTGCTCGTTGCCAAGATGAAAAGGCACACCTTCCAACCATGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGCTGCTCGTTGCCAAGATGAAAAGGCACACCTTCCAACCATGAAATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGTACTCACAGGAGAGTGACCCACAAACCAAATCTGTTGGGTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGTACTCACAGGAGAGTGACCCACAAACCAAATCTGTTGGGTTCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATGGTTTATAAAAATATTAAAGAGGCATTTCTCATCTGTATCAACGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATGGTTTATAAAAATATTAAAGAGGCATTTCTCATCTGTATCAACGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CATTTGTTCCAAAACAAGACTTCCCACAGGTGAAGAGACCACTAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CATTTGTTCCAAAACAAGACTTCCCACAGGTGAAGAGACCACTAAAAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCAGGACCAGACAGCCATCCAGGACCAACCTTCCAGTTCTGTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCAGGACCAGACAGCCATCCAGGACCAACCTTCCAGTTCTGTCTGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAG         GACCTAATGCACTGCACAGCATTTGCAACGGCAGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGAGGTA...CAGGACCTAATGCACTGCACAGCATTTGCAACGGCAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTATCATCTGGGAAATCTGTCTCAAGATCTGGCCTCCCACGGATATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109295 AGTATCATCTGGGAAATCTGTCTCAAGATCTGGCCTCCCACGGATATGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAAGTAACAAGCTTGCCTAGAG         ATGCAGCAAATATTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109345 GAAGTAACAAGCTTGCCTAGAGGTA...CAGATGCAGCAAATATTTTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GATGGGTGTGGAAAATTCTGCAAAAGAAGGTGATCCTGGAACAATATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112601 GATGGGTGTGGAAAATTCTGCAAAAGAAGGTGATCCTGGAACAATATTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCTTCAG         GGAAGGAGCTGCTGTGTTTTGGAATGTGAAAGAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112651 TCTTCAGGTA...CAGGGAAGGAGCTGCTGTGTTTTGGAATGTGAAAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAACT         ATGAAGCATGTGATGAAAGTTCTAGAAAAACATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115669 AAAACTGTA...TAGATGAAGCATGTGATGAAAGTTCTAGAAAAACATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATTCAGCCCTATGAAATCGCACTGGTACACTGGGAAAATGAAGAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118265 AATTCAGCCCTATGAAATCGCACTGGTACACTGGGAAAATGAAGAACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTACATAAAAATAGA         GGGACAGTCAAAACTTCACAGGGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118315 ACTACATAAAAATAGAGTA...CAGGGGACAGTCAAAACTTCACAGGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAATCAAGTTAAATTCAGAGCTGGATTTAGATGATGCCATTCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122206 GAAATCAAGTTAAATTCAGAGCTGGATTTAGATGATGCCATTCTAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTTTGCTTTCTCCAATGCTCTATGCCTTTCTG         TAAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122256 GTTTGCTTTCTCCAATGCTCTATGCCTTTCTGGTA...CAGTAAAACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAATTTGGGAAGCATCACTGGATAAATTTATTGAATCTATTCAGTCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123216 CAATTTGGGAAGCATCACTGGATAAATTTATTGAATCTATTCAGTCAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCTGAG         GCTTTAAAAGCTGGGAAGAAAGTGAAACTATCTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123266 CCTGAGGTA...TAGGCTTTAAAAGCTGGGAAGAAAGTGAAACTATCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAAGAAGTTATGCAGAAAATCGGTGAACTCTTTGCTCTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124526 TGAAGAAGTTATGCAGAAAATCGGTGAACTCTTTGCTCTAAGGTA...AA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1080  GCACCGTATAAACTTGAGTTCAGACTTCCTGATTACTCCTGATTTCTAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128412 GGCACCGTATAAACTTGAGTTCAGACTTCCTGATTACTCCTGATTTCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGGACAGAGAAAACCTGGAAGGACTTTACGATAAAACGTGTCAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128462 TGGGACAGAGAAAACCTGGAAGGACTTTACGATAAAACGTGTCAATTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAGCATTGGCCGAAGAGTTAAG         GTCATGAATGAAAAACTTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128512 TAGCATTGGCCGAAGAGTTAAGGTA...TAGGTCATGAATGAAAAACTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGCACTGCATGGAACTAACAGATCTAATGCGGAATCACCTGAATGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139995 AGCACTGCATGGAACTAACAGATCTAATGCGGAATCACCTGAATGAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGGGCACTCCGCTTGGAGTGGATGATTGTCATCCTCATTACCATAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 140045 AGGGCACTCCGCTTGGAGTGGATGATTGTCATCCTCATTACCATAGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .
   1318        GTAATGTTTGAGCTGGGACGAGTATTTTTC
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 140095 A...AAGGTAATGTTTGAGCTGGGACGAGTATTTTTC