seq1 = pF1KE2437.tfa, 1365 bp
seq2 = pF1KE2437/gi568815595r_15351647.tfa (gi568815595r:15351647_15621625), 269979 bp

>pF1KE2437 1365
>gi568815595r:15351647_15621625 (Chr3)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-219  (131989-132101)   100% ->
220-321  (133319-133420)   100% ->
322-366  (142244-142288)   100% ->
367-393  (142623-142649)   100% ->
394-465  (144429-144500)   100% ->
466-528  (146139-146201)   100% ->
529-555  (146675-146701)   100% ->
556-600  (147354-147398)   100% ->
601-636  (147591-147626)   100% ->
637-717  (151010-151090)   100% ->
718-814  (155189-155285)   100% ->
815-954  (163301-163440)   100% ->
955-1074  (165047-165166)   100% ->
1075-1195  (165607-165727)   100% ->
1196-1298  (167695-167797)   100% ->
1299-1365  (169913-169979)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGTCCTGAATCCAATGACTTTGGGAATTTATCTTCAGCTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGTCCTGAATCCAATGACTTTGGGAATTTATCTTCAGCTTTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTCTATCGTGTCTCAGCCGACTTTCATCAACAGCGTTCTTCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCTCTATCGTGTCTCAGCCGACTTTCATCAACAGCGTTCTTCCAATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCAG         CCCTTCCCAGCCTGGATCAGAAGAAGCGTGGTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCAGGTA...CAGCCCTTCCCAGCCTGGATCAGAAGAAGCGTGGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAAAGCATGCTGCCTGCTGACGCCTCCTCCACCACCACTGTTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132024 CACAAAGCATGCTGCCTGCTGACGCCTCCTCCACCACCACTGTTCCCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCATTCTTCAGAGGTGGCCGAAGTCCG         CTTCTCTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 132074 ACCATTCTTCAGAGGTGGCCGAAGTCCGGTG...AAGCTTCTCTCCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATGAAGAATCTCATGCTGGAACTGGAGACCTCGCAGTCCCCGTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133332 ACATGAAGAATCTCATGCTGGAACTGGAGACCTCGCAGTCCCCGTGCATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGGCTCGCTAGGCTCCCCTGGGCCTCCCGGCCCCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133382 CAAGGCTCGCTAGGCTCCCCTGGGCCTCCCGGCCCCCAGGTT...TAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCACCGGGGCTTCCTGGCAAGACAGGACCAAAGGGAGAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 142246 TCCACCGGGGCTTCCTGGCAAGACAGGACCAAAGGGAGAAAAGGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GGGGAGCTTGGCCGACCAGGAAGGAAG         GGTAGACCTGGC
        >>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 142621 AGGGGGAGCTTGGCCGACCAGGAAGGAAGGTA...AAGGGTAGACCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCCCCAGGTGTTCCTGGCATGCCTGGGCCCATCGGTTGGCCAGGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144441 CCCCCAGGTGTTCCTGGCATGCCTGGGCCCATCGGTTGGCCAGGCCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGGACCCAGG         GGTGAAAAAGGTGACCTGGGTATGATGGGCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 144491 AGGACCCAGGGTA...CAGGGTGAAAAAGGTGACCTGGGTATGATGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGCCAGGGTCAAGAGGACCAATGGGCTCCAAG         GGCTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 146170 TGCCAGGGTCAAGAGGACCAATGGGCTCCAAGGTC...TAGGGCTACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GGATCCAGAGGGGAAAAG         GGATCCAGAGGTGAAAAGGGTGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 146684 GGATCCAGAGGGGAAAAGGTT...TAGGGATCCAGAGGTGAAAAGGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CCTGGGTCCCAAAGGAGAAAAG         GGTTTCCCAGGATTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 147377 CCTGGGTCCCAAAGGAGAAAAGGTA...CAGGGTTTCCCAGGATTTCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 GAATGTTGGGGCAGAAA         GGTGAAATGGGTCCAAAAGGTGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 147610 GAATGTTGGGGCAGAAAGTA...CAGGGTGAAATGGGTCCAAAAGGTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 CCTGGGATAGCAGGACACCGAGGACCCACAGGAAGACCAGGAAAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151034 CCTGGGATAGCAGGACACCGAGGACCCACAGGAAGACCAGGAAAACGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 CAAGCAG         GGACAGAAAGGGGATAGTGGAGTTATGGGCCCAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151084 CAAGCAGGTA...CAGGGACAGAAAGGGGATAGTGGAGTTATGGGCCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 CAGGCAAGCCTGGGCCTTCTGGTCAACCTGGCCGTCCGGGGCCCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155223 CAGGCAAGCCTGGGCCTTCTGGTCAACCTGGCCGTCCGGGGCCCCCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 CCCCCACCTGCAG         GACAACTTATAATGGGACCCAAAGGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 155273 CCCCCACCTGCAGGTA...TAGGACAACTTATAATGGGACCCAAAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 AAGAGGATTTCCCGGGCCTCCAGGAAGATGTCTTTGTGGACCCACTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163329 AAGAGGATTTCCCGGGCCTCCAGGAAGATGTCTTTGTGGACCCACTATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 ATGTGAATAACCCTTCCTACGGGGAATCTGTGTATGGGCCCAGTTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163379 ATGTGAATAACCCTTCCTACGGGGAATCTGTGTATGGGCCCAGTTCCCCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 CGAGTTCCTGTG         ATTTTTGTGGTCAACAACCAGGAGGAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 163429 CGAGTTCCTGTGGTA...CAGATTTTTGTGGTCAACAACCAGGAGGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 TGAGAGGCTGAACACCCAAAACGCCATTGCCTTCCGCAGAGACCAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165076 TGAGAGGCTGAACACCCAAAACGCCATTGCCTTCCGCAGAGACCAGAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 CTCTGTACTTCAAGGACAGCCTTGGCTGGCTCCCCATCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 165126 CTCTGTACTTCAAGGACAGCCTTGGCTGGCTCCCCATCCAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 CTGACCCCTTTCTACCCTGTGGATTACACTGCAGACCAGCACGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165607 CTGACCCCTTTCTACCCTGTGGATTACACTGCAGACCAGCACGGCACCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 TGGGGATGGGCTCCTGCAGCCTGGGGAGGAGTGTGACGACGGTAACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165657 TGGGGATGGGCTCCTGCAGCCTGGGGAGGAGTGTGACGACGGTAACAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 ATGTGGGTGACGACTGCATCC         GCTGTCACCGTGCCTACTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 165707 ATGTGGGTGACGACTGCATCCGTG...CAGGCTGTCACCGTGCCTACTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 GGAGATGGTCACCGGCATGAGGGTGTGGAGGACTGTGACGGCTCTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167715 GGAGATGGTCACCGGCATGAGGGTGTGGAGGACTGTGACGGCTCTGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 TGGCTACCTGACATGCGAGACCTATCTCCCTGG         GTCATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 167765 TGGCTACCTGACATGCGAGACCTATCTCCCTGGGTA...CAGGTCATATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 GAGACCTGCAATGCACCCAGTACTGCTACATCGACTCCACGCCCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169921 GAGACCTGCAATGCACCCAGTACTGCTACATCGACTCCACGCCCTGCCGC

   1500     .
   1357 TACTTCACC
        |||||||||
 169971 TACTTCACC