seq1 = pF1KE2428.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KE2428/gi568815586f_50004051.tfa (gi568815586f:50004051_50209516), 205466 bp

>pF1KE2428 1047
>gi568815586f:50004051_50209516 (Chr12)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-219  (100524-100701)   100% ->
220-360  (101498-101638)   100% ->
361-499  (102238-102376)   100% ->
500-612  (102755-102867)   100% ->
613-846  (103517-103750)   100% ->
847-953  (103974-104080)   100% ->
954-1047  (105373-105466)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGCAAGAAAGTCTGCATTGTAGGCTCCGGGAACTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGCTAGCAAGAAAGTCTGCATTGTAGGCTCCGGGAACTGGTA...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGCTCAGCCATCGCCAAGATCGTGGGTGGCAATGCAGCCCAGCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 GGGCTCAGCCATCGCCAAGATCGTGGGTGGCAATGCAGCCCAGCTGGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTTGACCCACGGGTGACCATGTGGGTATTTGAGGAAGACATTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100574 AGTTTGACCCACGGGTGACCATGTGGGTATTTGAGGAAGACATTGGAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAAGCTGACTGAGATCATCAACACGCAGCATGAGAATGTCAAATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100624 AAAAAGCTGACTGAGATCATCAACACGCAGCATGAGAATGTCAAATACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCAGGGCACAAGTTGCCCCCAAATGTG         GTGGCTGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100674 GCCAGGGCACAAGTTGCCCCCAAATGTGGTG...CAGGTGGCTGTCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGGTCCAGGCTGCAGAGGATGCTGACATCCTGATCTTTGTGGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101511 ATGTGGTCCAGGCTGCAGAGGATGCTGACATCCTGATCTTTGTGGTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCAGTTCATCGGCAAGATCTGTGACCAGCTCAAGGGCCATCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101561 CATCAGTTCATCGGCAAGATCTGTGACCAGCTCAAGGGCCATCTGAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAACGCCACTGGCATATCTCTTATTAAG         GGGGTAGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101611 AAACGCCACTGGCATATCTCTTATTAAGGTG...CAGGGGGTAGACGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCCAATGGGCTGAAGCTCATCTCGGAAGTGATTGGGGAGCGCCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 GCCCCAATGGGCTGAAGCTCATCTCGGAAGTGATTGGGGAGCGCCTCGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCCCCATGAGTGTGCTGATGGGGGCCAACATTGCCAGCGAGGTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 ATCCCCATGAGTGTGCTGATGGGGGCCAACATTGCCAGCGAGGTGGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGAAGTTCTGTGAGACAACCATTG         GCTGCAAGGACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102351 TGAGAAGTTCTGTGAGACAACCATTGGTG...TAGGCTGCAAGGACCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAGGGACAACTCCTGAAAGAGCTGATGCAGACACCAAACTTCCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 CCCAGGGACAACTCCTGAAAGAGCTGATGCAGACACCAAACTTCCGTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGTGGTGCAAGAGGTGGACACAGTAGAGATCTGTGGAGCCTTAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102820 ACAGTGGTGCAAGAGGTGGACACAGTAGAGATCTGTGGAGCCTTAAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613        AATGTAGTGGCCGTGGGGGCTGGCTTCTGTGATGGCCTGGGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102870 G...AAGAATGTAGTGGCCGTGGGGGCTGGCTTCTGTGATGGCCTGGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGCGACAACACCAAGGCGGCAGTGATCCGGCTGGGACTCATGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103560 TTGGCGACAACACCAAGGCGGCAGTGATCCGGCTGGGACTCATGGAGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGCCTTCGCCAAGCTCTTCTGCAGTGGCCCTGTGTCCTCTGCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103610 ATAGCCTTCGCCAAGCTCTTCTGCAGTGGCCCTGTGTCCTCTGCCACCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTGGAGAGCTGTGGTGTTGCTGACCTGATCACTACCTGCTATGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 CTTGGAGAGCTGTGGTGTTGCTGACCTGATCACTACCTGCTATGGAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGAACCGGAAAGTGGCTGAGGCCTTTGCGCGTACAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103710 GGAACCGGAAAGTGGCTGAGGCCTTTGCGCGTACAGGAAAGGTG...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCATTGAGCAGCTGGAGAAAGAGTTGCTGAATGGGCAGAAACTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 TCCATTGAGCAGCTGGAGAAAGAGTTGCTGAATGGGCAGAAACTGCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCGAGACAGCCCGGGAGCTATACAGCATCCTCCAGCACAAGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104024 GCCCGAGACAGCCCGGGAGCTATACAGCATCCTCCAGCACAAGGGCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGACAA         GTTTCCCTTGTTCATGGCTGTGTACAAGGTGTGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104074 TAGACAAGTA...TAGGTTTCCCTTGTTCATGGCTGTGTACAAGGTGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACGAGGGCCAGCCAGTGGGTGAATTCATCCACTGCCTGCAGAATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105407 TACGAGGGCCAGCCAGTGGGTGAATTCATCCACTGCCTGCAGAATCATCC

   1100     .    :
   1038 AGAACATATG
        ||||||||||
 105457 AGAACATATG