seq1 = pF1KE2422.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE2422/gi568815594f_70858874.tfa (gi568815594f:70858874_71082054), 223181 bp

>pF1KE2422 648
>gi568815594f:70858874_71082054 (Chr4)

1-14  (43664-43677)   100% ->
15-181  (100001-100167)   100% ->
182-275  (111058-111151)   100% ->
276-409  (116280-116413)   100% ->
410-573  (120255-120418)   100% ->
574-648  (123107-123181)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTCTTGTT         TGGTAGTCGCTCTTCTAAAACTTTTAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  43664 ATGAGCTTCTTGTTGTG...TAGTGGTAGTCGCTCTTCTAAAACTTTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCAAAGAAGAACATTCCAGAGGGTTCTCACCAGTATGAGCTCTTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 ACCAAAGAAGAACATTCCAGAGGGTTCTCACCAGTATGAGCTCTTAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCAGAAGCCACACTTGGCAGTGGCAACCTTCGGATGGCTGTCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 ACGCAGAAGCCACACTTGGCAGTGGCAACCTTCGGATGGCTGTCATGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAAGGGGAAGATCTCAATGAATGGGTTGCAGTTAACA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100128 CCTGAAGGGGAAGATCTCAATGAATGGGTTGCAGTTAACAGTA...CAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGGATTTCTTCAATCAGATCAACATGCTTTATGGAACTATCACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111059 TGTGGATTTCTTCAATCAGATCAACATGCTTTATGGAACTATCACAGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTGTACAGAAGAGAGTTGTCCAGTGATGTCAGCTGGCCCAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111109 TCTGTACAGAAGAGAGTTGTCCAGTGATGTCAGCTGGCCCAAAGTA...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276   ATATGAGTATCATTGGGCAGATGGAACGAACATAAAGAAACCTATTAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116278 AGATATGAGTATCATTGGGCAGATGGAACGAACATAAAGAAACCTATTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGCTCTGCACCAAAGTATATTGATTACTTGATGACTTGGGTTCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116328 GTGCTCTGCACCAAAGTATATTGATTACTTGATGACTTGGGTTCAGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTTGGATGATGAGACGTTATTTCCATCAAAAATTG         GTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116378 AGTTGGATGATGAGACGTTATTTCCATCAAAAATTGGTA...TAGGTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCGTTCCCAAAGAATTTCATGTCTGTGGCAAAAACTATACTCAAACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120260 CCGTTCCCAAAGAATTTCATGTCTGTGGCAAAAACTATACTCAAACGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTTTAGGGTTTATGCTCACATTTATCATCAGCATTTTGACCCTGTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120310 CTTTAGGGTTTATGCTCACATTTATCATCAGCATTTTGACCCTGTGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCTTCAGGAGGAAGCACATCTAAATACATCTTTCAAGCACTTTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120360 AGCTTCAGGAGGAAGCACATCTAAATACATCTTTCAAGCACTTTATTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGTCCAG         GAATTCAACCTTATTGATAGAAGAGAACTTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120410 TTTGTCCAGGTA...TAGGAATTCAACCTTATTGATAGAAGAGAACTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCACTCCAAGAACTGATTGAAAAACTCACCTCAAAAGACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123139 ACCACTCCAAGAACTGATTGAAAAACTCACCTCAAAAGACAGA