seq1 = pF1KE2415.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KE2415/gi568815591r_88179401.tfa (gi568815591r:88179401_88384269), 204869 bp

>pF1KE2415 1377
>gi568815591r:88179401_88384269 (Chr7)

(complement)

1-456  (100001-100456)   99% ->
457-984  (101102-101629)   100% ->
985-1149  (103191-103355)   100% ->
1150-1377  (104642-104869)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAAACTTGTATAGATGCACTTCCTCTTACTATGAATTCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAAACTTGTATAGATGCACTTCCTCTTACTATGAATTCTTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGCAAGAGACTGTATGTATTTTTGGAACTGGTGATTTTGGAAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGCAAGAGACTGTATGTATTTTTGGAACTGGTGATTTTGGAAGATCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGATTGAAAATGCTCCAGTGTGGTTATTCTGTTGTTTTTGGAAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGATTGAAAATGCTCCAGTGTGGTTATTCTGTTGTTTTTGGAAGTCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCCCCAGAAGACCACCCTACTGCCCAGTGGTGCAGAAGTCTTGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCCCCAGAAGACCACCCTACTGCCCAGTGGTGCAGAAGTCTTGAGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCAGAAGCAGCCAAGAAGTCTGACATCATAATCATAGCAATCCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTCAGAAGCAGCCAAGAAGTCTGGCATCATAATCATAGCAATCCACAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCATTATGATTTTCTCACAGAATTAACTGAGGTTCTCAATGGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCATTATGATTTTCTCACAGAATTAACTGAGGTTCTCAATGGAAAAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGTAGACATCAGCAACAACCTCAAAATCAATCAATATCCAGAATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGTAGACATCAGCAACAACCTCAAAATCAATCAATATCCAGAATCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCAGAGTACCTTGCTCATTTGGTGCCAGGAGCCCACGTGGTAAAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCAGAGTACCTTGCTCATTTGGTGCCAGGAGCCCACGTGGTAAAAGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTAACACCATCTCAGCCTGGGCTCTCCAGTCAGGAGCACTGGATGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTAACACCATCTCAGCCTGGGCTCTCCAGTCAGGAGCACTGGATGCAAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGCAG         GTGTTTGTGTGTGGAAATGACAGCAAAGCCAAGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGCAGGTA...TAGGTGTTTGTGTGTGGAAATGACAGCAAAGCCAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAGAGTGATGGATATTGTTCGTAATCTTGGACTTACTCCAATGGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101137 AAGAGTGATGGATATTGTTCGTAATCTTGGACTTACTCCAATGGATCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GATCACTCATGGCAGCCAAAGAAATTGAAAAGTACCCCCTGCAGCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101187 GATCACTCATGGCAGCCAAAGAAATTGAAAAGTACCCCCTGCAGCTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCAATGTGGAGGTTCCCCTTCTATTTGTCTGCTGTGCTGTGTGTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101237 CCAATGTGGAGGTTCCCCTTCTATTTGTCTGCTGTGCTGTGTGTCTTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTTTTTCTATTGTGTTATAAGAGACGTAATCTACCCTTATGTTTATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101287 GTTTTTCTATTGTGTTATAAGAGACGTAATCTACCCTTATGTTTATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAAAGATAATACATTTCGTATGGCTATTTCCATTCCAAATCGTATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101337 AGAAAGATAATACATTTCGTATGGCTATTTCCATTCCAAATCGTATCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCAATAACAGCACTTACACTGCTTGCTTTGGTTTACCTCCCTGGTGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101387 CCAATAACAGCACTTACACTGCTTGCTTTGGTTTACCTCCCTGGTGTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGCTGCCATTCTACAACTGTACCGAGGCACAAAATACCGTCGATTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101437 TGCTGCCATTCTACAACTGTACCGAGGCACAAAATACCGTCGATTCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACTGGCTTGACCACTGGATGCTTTGCCGAAAGCAGCTTGGCTTGGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 ACTGGCTTGACCACTGGATGCTTTGCCGAAAGCAGCTTGGCTTGGTAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGGGATTTGCCTTCCTTCATGTCCTCTACACACTTGTGATTCCTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 CTGGGATTTGCCTTCCTTCATGTCCTCTACACACTTGTGATTCCTATTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ATATTATGTACGATGGAGATTGGGAAACTTAACCGTTACCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101587 ATATTATGTACGATGGAGATTGGGAAACTTAACCGTTACCCAGGTA...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985   GCAATACTCAAGAAGGAGAATCCATTTAGCACCTCCTCAGCCTGGCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103189 AGGCAATACTCAAGAAGGAGAATCCATTTAGCACCTCCTCAGCCTGGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGTGATTCATATGTGGCTTTGGGAATACTTGGGTTTTTTCTGTTTGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103239 AGTGATTCATATGTGGCTTTGGGAATACTTGGGTTTTTTCTGTTTGTACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTTGGGAATCACTTCTTTGCCATCTGTTAGCAATGCAGTCAACTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103289 CTTGGGAATCACTTCTTTGCCATCTGTTAGCAATGCAGTCAACTGGAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGTTCCGATTTGTCCAG         TCTAAACTGGGTTATTTGACCCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>|| |||||||||||||||||||||
 103339 AGTTCCGATTTGTCCAGGTA...TAGTCCAAACTGGGTTATTTGACCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 ATCTTGTGTACAGCCCACACCCTGGTGTACGGTGGGAAGAGATTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104666 ATCTTGTGTACAGCCCACACCCTGGTGTACGGTGGGAAGAGATTCCTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CCCTTCAAATCTCAGATGGTATCTTCCTGCAGCCTACGTGTTAGGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 CCCTTCAAATCTCAGATGGTATCTTCCTGCAGCCTACGTGTTAGGGCTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TCATTCCTTGCACTGTGCTGGTGATCAAGTTTGTCCTAATCATGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 TCATTCCTTGCACTGTGCTGGTGATCAAGTTTGTCCTAATCATGCCATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GTAGACAACACCCTTACAAGGATCCGCCAGGGCTGGGAAAGGAACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104816 GTAGACAACACCCTTACAAGGATCCGCCAGGGCTGGGAAAGGAACTCAAA

   1400 
   1374 ACAC
        ||||
 104866 ACAC