seq1 = pF1KE2411.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KE2411/gi568815581f_19433940.tfa (gi568815581f:19433940_19677550), 243611 bp

>pF1KE2411 1710
>gi568815581f:19433940_19677550 (Chr17)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-237  (108454-108555)   100% ->
238-306  (112496-112564)   100% ->
307-455  (114046-114194)   100% ->
456-498  (115696-115738)   100% ->
499-543  (117485-117529)   100% ->
544-641  (121273-121370)   100% ->
642-739  (121654-121751)   100% ->
740-853  (121857-121970)   100% ->
854-921  (122056-122123)   100% ->
922-1030  (126249-126357)   100% ->
1031-1106  (126479-126554)   100% ->
1107-1176  (132851-132920)   100% ->
1177-1309  (133157-133289)   100% ->
1310-1404  (137539-137633)   100% ->
1405-1486  (138841-138922)   100% ->
1487-1710  (143388-143611)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCTCCTGAGGAGCCCGCGCCAGTGCGCGGAGGCCCGGAGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCTCCTGAGGAGCCCGCGCCAGTGCGCGGAGGCCCGGAGGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTGAGGTCCGTGGGTCGCGCTGCTTGCGGCTGTCCGCCTTCCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTGAGGTCCGTGGGTCGCGCTGCTTGCGGCTGTCCGCCTTCCGAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGCGGGCGCTCTTGGTCCTGGCTGGCCCCGCG         TTCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 AGCTGCGGGCGCTCTTGGTCCTGGCTGGCCCCGCGGTG...CAGTTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTCAGCTGATGGTGTTCCTGATCAGCTTCATAAGCTCCGTGTTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108460 GTTCAGCTGATGGTGTTCCTGATCAGCTTCATAAGCTCCGTGTTCTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACCTGGGCAAGCTGGAGCTGGATGCAGTCACGCTGGCAATCGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108510 CCACCTGGGCAAGCTGGAGCTGGATGCAGTCACGCTGGCAATCGCGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GTTATCAATGTCACTGGTGTCTCAGTGGGATTCGGCTTATCTTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108560 ..CAGGTTATCAATGTCACTGGTGTCTCAGTGGGATTCGGCTTATCTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTGTGACACCCTCATCTCCCAG         ACGTACGGGAGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112541 GCCTGTGACACCCTCATCTCCCAGGTA...CAGACGTACGGGAGCCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGAAGCACGTGGGCGTGATCCTGCAGCGGAGTGCGCTCGTCCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114063 CCTGAAGCACGTGGGCGTGATCCTGCAGCGGAGTGCGCTCGTCCTGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTGCTGCTTCCCCTGCTGGGCGCTCTTTCTCAACACCCAGCACATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114113 TCTGCTGCTTCCCCTGCTGGGCGCTCTTTCTCAACACCCAGCACATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTCTTCAGGCAGGACCCAGATGTGTCCAG         GCTTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114163 CTGCTCTTCAGGCAGGACCCAGATGTGTCCAGGTA...TAGGCTTACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACCTATGTCACGATCTTCATTCCAGCTCTTCCT         GCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115705 GACCTATGTCACGATCTTCATTCCAGCTCTTCCTGTA...TAGGCAACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCTTTATATGTTACAAGTTAAATATTTGCTCAACCAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117492 TTCTTTATATGTTACAAGTTAAATATTTGCTCAACCAGGTA...CAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTGTACTGCCCCAGATCGTAACTGGAGTTGCAGCCAACCTTGTCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121276 ATTGTACTGCCCCAGATCGTAACTGGAGTTGCAGCCAACCTTGTCAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTCGCCAACTATCTGTTTCTCCATCAACTGCATCTTGGGGTGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121326 CCTCGCCAACTATCTGTTTCTCCATCAACTGCATCTTGGGGTGATGTG..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642     AGGCTCTGCACTGGCAAACTTGATTTCCCAGTACACCCTGGCTCTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121376 .CAGAGGCTCTGCACTGGCAAACTTGATTTCCCAGTACACCCTGGCTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTCCTCTTTCTCTACATCCTCGGGAAAAAACTGCATCAAGCTACATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121700 CTCCTCTTTCTCTACATCCTCGGGAAAAAACTGCATCAAGCTACATGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AG         GCTGGTCCCTCGAGTGCCTGCAGGACTGGGCCTCCTTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121750 AGGTA...CAGGCTGGTCCCTCGAGTGCCTGCAGGACTGGGCCTCCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCCGCCTGGCCATCCCCAGCATGCTCATGCTGTGCATGGAGTGGTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121896 TCCGCCTGGCCATCCCCAGCATGCTCATGCTGTGCATGGAGTGGTGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TATGAGGTCGGGAGCTTCCTCAGTG         GCATCCTCGGCATGGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121946 TATGAGGTCGGGAGCTTCCTCAGTGGTC...CAGGCATCCTCGGCATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGAGCTGGGCGCTCAGTCCATCGTGTATGAACTGGCCATCATTGTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122072 GGAGCTGGGCGCTCAGTCCATCGTGTATGAACTGGCCATCATTGTGTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TG         GTCCCTGCAGGCTTCAGTGTGGCTGCCAGTGTCCGGGTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122122 TGGTA...TAGGTCCCTGCAGGCTTCAGTGTGGCTGCCAGTGTCCGGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGAAACGCTCTGGGTGCTGGAGACATGGAGCAGGCACGGAAGTCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126288 GGAAACGCTCTGGGTGCTGGAGACATGGAGCAGGCACGGAAGTCCTCTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CGTTTCCCTGCTGATTACAG         TGCTCTTTGCTGTAGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126338 CGTTTCCCTGCTGATTACAGGTG...CAGTGCTCTTTGCTGTAGCCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GTGTCCTGCTGTTAAGCTGTAAGGATCACGTGGGGTACATTTTTACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126500 GTGTCCTGCTGTTAAGCTGTAAGGATCACGTGGGGTACATTTTTACTACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GACCG         AGACATCATTAATCTGGTGGCTCAGGTGGTTCCAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126550 GACCGGTG...CAGAGACATCATTAATCTGGTGGCTCAGGTGGTTCCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TTATGCTGTTTCCCACCTCTTTGAAGCTCTTGCT         TGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 132887 TTATGCTGTTTCCCACCTCTTTGAAGCTCTTGCTGTA...CAGTGCACGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GTGGTGGTGTTCTGAGGGGGAGTGGAAATCAGAAGGTTGGAGCCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133164 GTGGTGGTGTTCTGAGGGGGAGTGGAAATCAGAAGGTTGGAGCCATTGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AATACCATTGGGTACTATGTGGTTGGCCTCCCCATCGGGATCGCGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133214 AATACCATTGGGTACTATGTGGTTGGCCTCCCCATCGGGATCGCGCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GTTTGCAACCACACTTGGAGTGATGG         GTCTGTGGTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133264 GTTTGCAACCACACTTGGAGTGATGGGTA...TAGGTCTGTGGTCAGGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TCATCATCTGTACAGTCTTTCAAGCTGTGTGTTTTCTAGGCTTTATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137554 TCATCATCTGTACAGTCTTTCAAGCTGTGTGTTTTCTAGGCTTTATTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CAGCTAAATTGGAAAAAAGCCTGTCAGCAG         GCTCAGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 137604 CAGCTAAATTGGAAAAAAGCCTGTCAGCAGGTA...CAGGCTCAGGTACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CGCCAATTTGAAAGTAAACAACGTGCCTCGGAGTGGGAATTCTGCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138852 CGCCAATTTGAAAGTAAACAACGTGCCTCGGAGTGGGAATTCTGCTCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 CTCAGGATCCGCTTCACCCAG         GGTGCCCTGAAAACCTTGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 138902 CTCAGGATCCGCTTCACCCAGGTA...CAGGGTGCCCTGAAAACCTTGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GGAATTTTAACGAACGATGTTGGAAAGACAGGCGAGCCTCAGTCAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143408 GGAATTTTAACGAACGATGTTGGAAAGACAGGCGAGCCTCAGTCAGATCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 GCAGATGCGCCAAGAAGAACCTTTGCCGGAACATCCACAGGACGGCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143458 GCAGATGCGCCAAGAAGAACCTTTGCCGGAACATCCACAGGACGGCGCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AATTGTCCAGGAAACAGCTGGTGCTGCGGCGAGGGCTTCTGCTCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143508 AATTGTCCAGGAAACAGCTGGTGCTGCGGCGAGGGCTTCTGCTCCTGGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 GTCTTCTTAATCTTGCTGGTGGGGATTTTAGTGAGATTCTATGTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143558 GTCTTCTTAATCTTGCTGGTGGGGATTTTAGTGAGATTCTATGTCAGAAT

   1850 
   1707 TCAG
        ||||
 143608 TCAG