seq1 = pF1KE2400.tfa, 2097 bp
seq2 = pF1KE2400/gi568815596r_69226192.tfa (gi568815596r:69226192_69474114), 247923 bp

>pF1KE2400 2097
>gi568815596r:69226192_69474114 (Chr2)

(complement)

1-115  (99994-100109)   97% ->
116-223  (104007-104114)   100% ->
224-349  (110445-110570)   100% ->
350-408  (114789-114847)   100% ->
409-543  (115652-115786)   100% ->
544-605  (117558-117619)   100% ->
606-685  (119547-119626)   100% ->
686-739  (119803-119856)   100% ->
740-845  (123932-124037)   100% ->
846-1009  (125781-125944)   100% ->
1010-1105  (128116-128211)   100% ->
1106-1203  (131866-131963)   100% ->
1204-1324  (135550-135670)   100% ->
1325-1482  (136060-136217)   100% ->
1483-1597  (144317-144431)   100% ->
1598-1725  (144691-144818)   100% ->
1726-1893  (145677-145844)   100% ->
1894-2055  (147040-147201)   100% ->
2056-2097  (147882-147923)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTG TGGTATATTTGCTTACTTAAACTACCATGTTCCTCGAACGAGAC
        || ||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 ATTTGCAGGTATATTTGCTTACTTAAACTACCATGTTCCTCGAACGAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GAGAAATCCTGGAGACCCTAATCAAAGGCCTTCAGAGACTGGAGTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 GAGAAATCCTGGAGACCCTAATCAAAGGCCTTCAGAGACTGGAGTACAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GGATATGATTCTGCTG         GTGTGGGATTTGATGGAGGCAATGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100094 GGATATGATTCTGCTGGTA...TAGGTGTGGGATTTGATGGAGGCAATGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 TAAAGATTGGGAAGCCAATGCCTGCAAAATCCAGCTTATTAAGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104032 TAAAGATTGGGAAGCCAATGCCTGCAAAATCCAGCTTATTAAGAAGAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 GAAAAGTTAAGGCACTGGATGAAGAAGTTCACA         AGCAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104082 GAAAAGTTAAGGCACTGGATGAAGAAGTTCACAGTA...CAGAGCAACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 GATATGGATTTGGATATAGAATTTGATGTACACCTTGGAATAGCTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110453 GATATGGATTTGGATATAGAATTTGATGTACACCTTGGAATAGCTCATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 CCGTTGGGCAACACATGGAGAACCCAGTCCTGTCAATAGCCACCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110503 CCGTTGGGCAACACATGGAGAACCCAGTCCTGTCAATAGCCACCCCCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 GCTCTGATAAAAATAATG         AATTTATCGTTATTCACAATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110553 GCTCTGATAAAAATAATGGTA...TAGAATTTATCGTTATTCACAATGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ATCATCACCAACTACAAAGACTTGAAAAAGTTTTTG         GAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114812 ATCATCACCAACTACAAAGACTTGAAAAAGTTTTTGGTA...CAGGAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    414 CAAAGGCTATGACTTCGAATCTGAAACAGACACAGAGACAATTGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115657 CAAAGGCTATGACTTCGAATCTGAAACAGACACAGAGACAATTGCCAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 TCGTTAAGTATATGTATGACAATCGGGAAAGTCAAGATACCAGCTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115707 TCGTTAAGTATATGTATGACAATCGGGAAAGTCAAGATACCAGCTTTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514 ACCTTGGTGGAGAGAGTTATCCAACAATTG         GAAGGTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115757 ACCTTGGTGGAGAGAGTTATCCAACAATTGGTA...TAGGAAGGTGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 TGCACTTGTGTTTAAAAGTGTTCATTTTCCCGGGCAAGCAGTTGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117569 TGCACTTGTGTTTAAAAGTGTTCATTTTCCCGGGCAAGCAGTTGGCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 G         GCGAGGTAGCCCTCTGTTGATTGGTGTACGGAGTGAACAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117619 GGTA...CAGGCGAGGTAGCCCTCTGTTGATTGGTGTACGGAGTGAACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 AAACTTTCTACTGATCACATTCCTATACTCTACAGAACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119587 AAACTTTCTACTGATCACATTCCTATACTCTACAGAACAGGTA...TAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    687 TAGGACTCAGATTGGATCAAAATTCACACGGTGGGGATCACAGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119804 TAGGACTCAGATTGGATCAAAATTCACACGGTGGGGATCACAGGGAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737 GAG         GCAAAGACAAGAAAGGAAGCTGCAATCTCTCTCGTGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119854 GAGGTG...TAGGCAAAGACAAGAAAGGAAGCTGCAATCTCTCTCGTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 GACAGCACAACCTGCCTTTTCCCGGTGGAAGAAAAAGCAGTGGAGTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123970 GACAGCACAACCTGCCTTTTCCCGGTGGAAGAAAAAGCAGTGGAGTATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    828 CTTTGCTTCTGATGCAAG         TGCTGTCATAGAACACACCAATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124020 CTTTGCTTCTGATGCAAGGTG...TAGTGCTGTCATAGAACACACCAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 GCGTCATCTTTCTGGAAGATGATGATGTTGCAGCAGTAGTGGATGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125804 GCGTCATCTTTCTGGAAGATGATGATGTTGCAGCAGTAGTGGATGGACGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 CTTTCTATCCATCGAATTAAACGAACTGCAGGAGATCACCCCGGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125854 CTTTCTATCCATCGAATTAAACGAACTGCAGGAGATCACCCCGGACGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 TGTGCAAACACTCCAGATGGAACTCCAGCAGATCATGAAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125904 TGTGCAAACACTCCAGATGGAACTCCAGCAGATCATGAAGGGTG...TAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 GCAACTTCAGTTCATTTATGCAGAAGGAAATATTTGAGCAGCCAGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128116 GCAACTTCAGTTCATTTATGCAGAAGGAAATATTTGAGCAGCCAGAGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 GTCGTGAACACAATGAGAGGAAGAGTCAACTTTGATGACTATACTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 128166 GTCGTGAACACAATGAGAGGAAGAGTCAACTTTGATGACTATACTGGTA.

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106      TGAATTTGGGTGGTTTGAAGGATCACATAAAGGAGATCCAGAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128216 ..CAGTGAATTTGGGTGGTTTGAAGGATCACATAAAGGAGATCCAGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCCGGCGTTTGATTCTTATTGCTTGTGGAACAAGTTACCATGCTGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131911 GCCGGCGTTTGATTCTTATTGCTTGTGGAACAAGTTACCATGCTGGTGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCA         ACACGTCAAGTTCTTGAGGAGCTGACTGAGTTGCCTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131961 GCAGTA...CAGACACGTCAAGTTCTTGAGGAGCTGACTGAGTTGCCTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GATGGTGGAACTAGCAAGTGACTTCCTGGACAGAAACACACCAGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135588 GATGGTGGAACTAGCAAGTGACTTCCTGGACAGAAACACACCAGTCTTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GAGATGATGTTTGCTTTTTCCTTAGTCAATCAG         GTGAGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135638 GAGATGATGTTTGCTTTTTCCTTAGTCAATCAGGTG...CAGGTGAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCAGATACTTTGATGGGTCTTCGTTACTGTAAGGAGAGAGGAGCTTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136068 GCAGATACTTTGATGGGTCTTCGTTACTGTAAGGAGAGAGGAGCTTTAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGTGGGGATCACAAACACAGTTGGCAGTTCCATATCACGGGAGACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136118 TGTGGGGATCACAAACACAGTTGGCAGTTCCATATCACGGGAGACAGATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GTGGAGTTCATATTAATGCTGGTCCTGAGATTGGTGTGGCCAGTACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136168 GTGGAGTTCATATTAATGCTGGTCCTGAGATTGGTGTGGCCAGTACAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483          GCTTATACCAGCCAGTTTGTATCCCTTGTGATGTTTGCCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136218 GTA...CAGGCTTATACCAGCCAGTTTGTATCCCTTGTGATGTTTGCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TATGATGTGTGATGATCGGATCTCCATGCAAGAAAGACGCAAAGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144358 TATGATGTGTGATGATCGGATCTCCATGCAAGAAAGACGCAAAGAGATCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TGCTTGGATTGAAACGGCTGCCTG         ATTTGATTAAGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 144408 TGCTTGGATTGAAACGGCTGCCTGGTA...TAGATTTGATTAAGGAAGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGAGCATGGATGACGAAATTCAGAAACTAGCAACAGAACTTTATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144708 CTGAGCATGGATGACGAAATTCAGAAACTAGCAACAGAACTTTATCATCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GAAGTCAGTTCTGATAATGGGACGAGGCTATCATTATGCTACTTGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144758 GAAGTCAGTTCTGATAATGGGACGAGGCTATCATTATGCTACTTGTCTTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 AAGGGGCACTG         AAAATCAAAGAAATTACTTATATGCACTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 144808 AAGGGGCACTGGTA...TAGAAAATCAAAGAAATTACTTATATGCACTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAAGGCATCCTTGCTGGTGAATTGAAACATGGCCCTCTGGCTTTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145707 GAAGGCATCCTTGCTGGTGAATTGAAACATGGCCCTCTGGCTTTGGTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TAAATTGATGCCTGTGATCATGATCATCATGAGAGATCACACTTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145757 TAAATTGATGCCTGTGATCATGATCATCATGAGAGATCACACTTATGCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AGTGTCAGAATGCTCTTCAGCAAGTGGTTGCTCGGCAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 145807 AGTGTCAGAATGCTCTTCAGCAAGTGGTTGCTCGGCAGGTA...TAGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 CGGCCTGTGGTAATTTGTGATAAGGAGGATACTGAGACCATTAAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147043 CGGCCTGTGGTAATTTGTGATAAGGAGGATACTGAGACCATTAAGAACAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 AAAAAGAACGATCAAGGTGCCCCACTCAGTGGACTGCTTGCAGGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147093 AAAAAGAACGATCAAGGTGCCCCACTCAGTGGACTGCTTGCAGGGCATTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TCAGCGTGATCCCTTTACAGTTGCTGGCTTTCCACCTTGCTGTGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147143 TCAGCGTGATCCCTTTACAGTTGCTGGCTTTCCACCTTGCTGTGCTGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GGCTATGAT         GTTGATTTCCCACGGAATCTTGCCAAATCTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 147193 GGCTATGATGTA...CAGGTTGATTTCCCACGGAATCTTGCCAAATCTGT

   2250     .    :
   2088 GACTGTAGAG
        ||||||||||
 147914 GACTGTAGAG