seq1 = pF1KE2397.tfa, 2907 bp
seq2 = pF1KE2397/gi568815594f_102425519.tfa (gi568815594f:102425519_102716591), 291073 bp

>pF1KE2397 2907
>gi568815594f:102425519_102716591 (Chr4)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-118  (104318-104396)   100% ->
119-159  (108327-108367)   100% ->
160-258  (112340-112438)   100% ->
259-407  (141469-141617)   100% ->
408-571  (151358-151521)   99% ->
572-730  (153363-153521)   100% ->
731-835  (155017-155121)   100% ->
836-927  (157348-157439)   100% ->
928-1066  (159164-159302)   100% ->
1067-1210  (167907-168050)   99% ->
1211-1300  (169374-169463)   100% ->
1301-1495  (170620-170814)   100% ->
1496-1637  (172002-172143)   100% ->
1638-1752  (175377-175491)   100% ->
1753-1954  (180978-181179)   100% ->
1955-2124  (181632-181801)   100% ->
2125-2227  (182131-182233)   100% ->
2228-2352  (185057-185181)   100% ->
2353-2419  (186526-186592)   100% ->
2420-2592  (186916-187088)   100% ->
2593-2749  (187907-188063)   100% ->
2750-2907  (190916-191073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGATGATCCATATTTGGGAAGGCCTGAACAA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGGCAGAAGATGATCCATATTTGGGAAGGCCTGAACAAGTA...CAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTTTCATTTGGATCCTTCTTTGACTCATACAATATTTAATCCAGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104320 GTTTCATTTGGATCCTTCTTTGACTCATACAATATTTAATCCAGAAGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCAACCACAGATGGCACTGCCAACAG         CAGATGGCCCATAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 104370 TTCAACCACAGATGGCACTGCCAACAGGTA...TAGCAGATGGCCCATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTCAAATATTAGAGCAACCTAAACAG         AGAGGATTTCGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108341 CTTCAAATATTAGAGCAACCTAAACAGGTA...CAGAGAGGATTTCGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCGTTATGTATGTGAAGGCCCATCCCATGGTGGACTACCTGGTGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112354 CCGTTATGTATGTGAAGGCCCATCCCATGGTGGACTACCTGGTGCCTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GTGAAAAGAACAAGAAGTCTTACCCTCAGGTCAAA         ATCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112404 GTGAAAAGAACAAGAAGTCTTACCCTCAGGTCAAAGTA...TAGATCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AACTATGTGGGACCAGCAAAGGTTATTGTTCAGTTGGTCACAAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141475 AACTATGTGGGACCAGCAAAGGTTATTGTTCAGTTGGTCACAAATGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAATATCCACCTGCATGCCCACAGCCTGGTGGGAAAACACTGTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141525 AAATATCCACCTGCATGCCCACAGCCTGGTGGGAAAACACTGTGAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGATCTGCACTGTAACTGCTGGACCCAAGGACATGGTGGTCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 141575 GGATCTGCACTGTAACTGCTGGACCCAAGGACATGGTGGTCGGGTA...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408   CTTCGCAAACCTGGGTATACTTCATGTGACAAAGAAAAAAGTATTTGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151356 AGCTTCGCAAACCTGGGTATACTTCATGTGACAAAGAAAAAAGTATTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AACACTGGAAGCACGAATGACAGAGGCGTGTATAAGGGGCCATAATCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 151406 AACACTGGAAGCACGAATGACAGAGGCGTGTATAAGGGGCTATAATCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GACTCTTGGTGCACCCTGACCTTGCCTATTTGCAAGCAGAAGGTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151456 GACTCTTGGTGCACCCTGACCTTGCCTATTTGCAAGCAGAAGGTGGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACCGGCAGCTGGGAG         ATCGGGAAAAAGAGCTAATCCGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 151506 GACCGGCAGCTGGGAGGTA...TAGATCGGGAAAAAGAGCTAATCCGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCAGCTCTGCAGCAGACCAAGGAGATGGACCTCAGCGTGGTGCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153388 AGCAGCTCTGCAGCAGACCAAGGAGATGGACCTCAGCGTGGTGCGGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTTTACAGCTTTTCTTCCGGATAGCACTGGCAGCTTCACAAGGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153438 TGTTTACAGCTTTTCTTCCGGATAGCACTGGCAGCTTCACAAGGCGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAACCCGTGGTATCAGACGCCATCTATGACAGTA         AAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 153488 GAACCCGTGGTATCAGACGCCATCTATGACAGTAGTG...CAGAAGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAATGCATCCAACTTGAAAATTGTAAGAATGGACAGGACAGCTGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155024 CAATGCATCCAACTTGAAAATTGTAAGAATGGACAGGACAGCTGGATGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGACTGGAGGGGAGGAAATTTATCTTCTTTGTGACAAAGTTCAGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 155074 TGACTGGAGGGGAGGAAATTTATCTTCTTTGTGACAAAGTTCAGAAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836        ATGACATCCAGATTCGATTTTATGAAGAGGAAGAAAATGGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155124 A...CAGATGACATCCAGATTCGATTTTATGAAGAGGAAGAAAATGGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTCTGGGAAGGATTTGGAGATTTTTCCCCCACAGATGTTCATAGACAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 157391 AGTCTGGGAAGGATTTGGAGATTTTTCCCCCACAGATGTTCATAGACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928         TTTGCCATTGTCTTCAAAACTCCAAAGTATAAAGATATTAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157441 TA...CAGTTTGCCATTGTCTTCAAAACTCCAAAGTATAAAGATATTAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATTACAAAACCAGCCTCTGTGTTTGTCCAGCTTCGGAGGAAATCTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159206 ATTACAAAACCAGCCTCTGTGTTTGTCCAGCTTCGGAGGAAATCTGACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAAACTAGTGAACCAAAACCTTTCCTCTACTATCCTGAAATCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 159256 GGAAACTAGTGAACCAAAACCTTTCCTCTACTATCCTGAAATCAAAGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1067       ATAAAGAAGAAGTGCAGAGGAAACGTCAGAAGCTCATGCCCAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159306 ...CAGATAAAGAAGAAGTGCAGAGGAAACGTCAGAAGCTCATGCCCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTTCGGATAGTTTCGGCGGTGGTAGTGGTGCCGGAGCTGGAGGCGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 167951 TTTTCGGATAGTTTCGGCGGTGGTAGTGGTGCTGGAGCTGGAGGCGGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATGTTTGGTAGTGGCGGTGGAGGAGGGGGCACTGGAAGTACAGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168001 CATGTTTGGTAGTGGCGGTGGAGGAGGGGGCACTGGAAGTACAGGTCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211          GGTATAGCTTCCCACACTATGGATTTCCTACTTATGGTGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168051 GTA...CAGGGTATAGCTTCCCACACTATGGATTTCCTACTTATGGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATTACTTTCCATCCTGGAACTACTAAATCTAATGCTGGGATGAAGCATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 169415 ATTACTTTCCATCCTGGAACTACTAAATCTAATGCTGGGATGAAGCATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301         GAACCATGGACACTGAATCTAAAAAGGACCCTGAAGGTTGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169465 TA...TAGGAACCATGGACACTGAATCTAAAAAGGACCCTGAAGGTTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACAAAAGTGATGACAAAAACACTGTAAACCTCTTTGGGAAAGTTATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170662 ACAAAAGTGATGACAAAAACACTGTAAACCTCTTTGGGAAAGTTATTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACCACAGAGCAAGATCAGGAGCCCAGCGAGGCCACCGTTGGGAATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170712 ACCACAGAGCAAGATCAGGAGCCCAGCGAGGCCACCGTTGGGAATGGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGTCACTCTAACGTATGCAACAGGAACAAAAGAAGAGAGTGCTGGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170762 GGTCACTCTAACGTATGCAACAGGAACAAAAGAAGAGAGTGCTGGAGTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGG         ATAACCTCTTTCTAGAGAAGGCTATGCAGCTTGCAAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170812 AGGGTA...CAGATAACCTCTTTCTAGAGAAGGCTATGCAGCTTGCAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGGCATGCCAATGCCCTTTTCGACTACGCGGTGACAGGAGACGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172040 AGGCATGCCAATGCCCTTTTCGACTACGCGGTGACAGGAGACGTGAAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GCTGCTGGCCGTCCAGCGCCATCTCACTGCTGTGCAGGATGAGAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172090 GCTGCTGGCCGTCCAGCGCCATCTCACTGCTGTGCAGGATGAGAATGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ACAG         TGTCTTACACTTAGCAATCATCCACCTTCATTCTCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172140 ACAGGTA...CAGTGTCTTACACTTAGCAATCATCCACCTTCATTCTCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTTGTGAGGGATCTACTAGAAGTCACATCTGGTTTGATTTCTGATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175414 CTTGTGAGGGATCTACTAGAAGTCACATCTGGTTTGATTTCTGATGACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TATCAACATGAGAAATGATCTGTACCAG         ACGCCCTTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 175464 TATCAACATGAGAAATGATCTGTACCAGGTA...CAGACGCCCTTGCACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGGCAGTGATCACTAAGCAGGAAGATGTGGTGGAGGATTTGCTGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180991 TGGCAGTGATCACTAAGCAGGAAGATGTGGTGGAGGATTTGCTGAGGGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGGGCCGACCTGAGCCTTCTGGACCGCTTGGGTAACTCTGTTTTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181041 GGGGCCGACCTGAGCCTTCTGGACCGCTTGGGTAACTCTGTTTTGCACCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AGCTGCCAAAGAAGGACATGATAAAGTTCTCAGTATCTTACTCAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181091 AGCTGCCAAAGAAGGACATGATAAAGTTCTCAGTATCTTACTCAAGCACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AAAAGGCAGCACTACTTCTTGACCACCCCAACGGGGACG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 181141 AAAAGGCAGCACTACTTCTTGACCACCCCAACGGGGACGGTA...TAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTGAATGCCATTCATCTAGCCATGATGAGCAATAGCCTGCCATGTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181634 CTGAATGCCATTCATCTAGCCATGATGAGCAATAGCCTGCCATGTTTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCTGCTGGTGGCCGCTGGGGCTGACGTCAATGCTCAGGAGCAGAAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181684 GCTGCTGGTGGCCGCTGGGGCTGACGTCAATGCTCAGGAGCAGAAGTCCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GGCGCACAGCACTGCACCTGGCTGTGGAGCACGACAACATCTCATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181734 GGCGCACAGCACTGCACCTGGCTGTGGAGCACGACAACATCTCATTGGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCTGCCTGCTCCTGGAG         GGTGATGCCCATGTGGACAGTAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 181784 GGCTGCCTGCTCCTGGAGGTG...TAGGGTGATGCCCATGTGGACAGTAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TACCTACGATGGAACCACACCCCTGCATATAGCAGCTGGGAGAGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182154 TACCTACGATGGAACCACACCCCTGCATATAGCAGCTGGGAGAGGGTCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CCAGGCTGGCAGCTCTTCTCAAAGCAGCAG         GAGCAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 182204 CCAGGCTGGCAGCTCTTCTCAAAGCAGCAGGTA...CAGGAGCAGATCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CTGGTGGAGAACTTTGAGCCTCTCTATGACCTGGATGACTCTTGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185068 CTGGTGGAGAACTTTGAGCCTCTCTATGACCTGGATGACTCTTGGGAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TGCAGGAGAGGATGAAGGAGTTGTGCCTGGAACCACGCCTCTAGATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185118 TGCAGGAGAGGATGAAGGAGTTGTGCCTGGAACCACGCCTCTAGATATGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CCACCAGCTGGCAG         GTATTTGACATATTAAATGGGAAACCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 185168 CCACCAGCTGGCAGGTG...CAGGTATTTGACATATTAAATGGGAAACCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 TATGAGCCAGAGTTTACATCTGATGATTTACTAGCACAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 186553 TATGAGCCAGAGTTTACATCTGATGATTTACTAGCACAAGGTG...CAGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 AGACATGAAACAGCTGGCTGAAGATGTGAAGCTGCAGCTGTATAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186917 AGACATGAAACAGCTGGCTGAAGATGTGAAGCTGCAGCTGTATAAGTTAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 TAGAAATTCCTGATCCAGACAAAAACTGGGCTACTCTGGCGCAGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186967 TAGAAATTCCTGATCCAGACAAAAACTGGGCTACTCTGGCGCAGAAATTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 GGTCTGGGGATACTTAATAATGCCTTCCGGCTGAGTCCTGCTCCTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187017 GGTCTGGGGATACTTAATAATGCCTTCCGGCTGAGTCCTGCTCCTTCCAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 AACACTTATGGACAACTATGAG         GTCTCTGGGGGTACAGTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 187067 AACACTTATGGACAACTATGAGGTA...CAGGTCTCTGGGGGTACAGTCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 GAGAGCTGGTGGAGGCCCTGAGACAAATGGGCTACACCGAAGCAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187926 GAGAGCTGGTGGAGGCCCTGAGACAAATGGGCTACACCGAAGCAATTGAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GTGATCCAGGCAGCCTCCAGCCCAGTGAAGACCACCTCTCAGGCCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187976 GTGATCCAGGCAGCCTCCAGCCCAGTGAAGACCACCTCTCAGGCCCACTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 GCTGCCTCTCTCGCCTGCCTCCACAAGGCAGCAAATAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 188026 GCTGCCTCTCTCGCCTGCCTCCACAAGGCAGCAAATAGGTA...CAGACG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2753 AGCTCCGAGACAGTGACAGTGTCTGCGACAGCGGCGTGGAGACATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190919 AGCTCCGAGACAGTGACAGTGTCTGCGACAGCGGCGTGGAGACATCCTTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2803 CGCAAACTCAGCTTTACCGAGTCTCTGACCAGTGGTGCCTCACTGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190969 CGCAAACTCAGCTTTACCGAGTCTCTGACCAGTGGTGCCTCACTGCTAAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 TCTCAACAAAATGCCCCATGATTATGGGCAGGAAGGACCTCTAGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191019 TCTCAACAAAATGCCCCATGATTATGGGCAGGAAGGACCTCTAGAAGGCA

   3100     .
   2903 AAATT
        |||||
 191069 AAATT