seq1 = pF1KE2390.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE2390/gi568815581f_7345128.tfa (gi568815581f:7345128_7556720), 211593 bp

>pF1KE2390 1503
>gi568815581f:7345128_7556720 (Chr17)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-198  (100143-100282)   100% ->
199-243  (100942-100986)   100% ->
244-353  (101706-101815)   100% ->
354-462  (101916-102024)   100% ->
463-610  (102376-102523)   100% ->
611-820  (103452-103661)   100% ->
821-1044  (109170-109393)   100% ->
1045-1217  (110157-110329)   100% ->
1218-1365  (110667-110814)   100% ->
1366-1503  (111456-111593)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCCCAGGGGCTCTGCTGATGCTGCTGGGGGCGCTGGGGGCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCCCAGGGGCTCTGCTGATGCTGCTGGGGGCGCTGGGGGCGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCCCAG         GCGTCCGCGGCTCGGAGGCGGAGGGTCGACTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCCCAGGTA...CAGGCGTCCGCGGCTCGGAGGCGGAGGGTCGACTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGAGAAACTTTTCTCTGGCTATGATAGCTCCGTGCGGCCAGCGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100176 GGGAGAAACTTTTCTCTGGCTATGATAGCTCCGTGCGGCCAGCGCGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGGAGACCGTGTCAGGGTCAGCGTTGGTCTCATCCTGGCGCAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100226 GTGGGAGACCGTGTCAGGGTCAGCGTTGGTCTCATCCTGGCGCAACTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCTG         AACGAGAAGGATGAAGAGATGAGCACAAAGGTGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100276 CAGCCTGGTG...TAGAACGAGAAGGATGAAGAGATGAGCACAAAGGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTTAGACCTG         GAGTGGACTGACTACAGGCTGAGCTGGGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 ACTTAGACCTGGTA...TAGGAGTGGACTGACTACAGGCTGAGCTGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CCTGCGGAGCACGACGGCATCGATTCGCTCCGCATCACGGCGGAATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101736 CCTGCGGAGCACGACGGCATCGATTCGCTCCGCATCACGGCGGAATCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGGCTCCCTGACGTGGTGCTACTGAACAA         CAATGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101786 GTGGCTCCCTGACGTGGTGCTACTGAACAAGTA...CAGCAATGATGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATTTTGACGTGGCTCTGGACATTAGCGTCGTGGTGTCCTCCGACGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 ATTTTGACGTGGCTCTGGACATTAGCGTCGTGGTGTCCTCCGACGGCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGCGTTGGCAACCCCCGGGCATCTATCGCAGCAGCTGCAGCATCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101977 GTGCGTTGGCAACCCCCGGGCATCTATCGCAGCAGCTGCAGCATCCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GTCACCTACTTCCCCTTCGACTGGCAGAATTGCACTATGGTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102027 T...CAGGTCACCTACTTCCCCTTCGACTGGCAGAATTGCACTATGGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCAGCTCCTACAGCTACGACAGCTCGGAGGTCAGCCTGCAGACAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102419 TCAGCTCCTACAGCTACGACAGCTCGGAGGTCAGCCTGCAGACAGGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGTCCTGACGGGCAAGGGCATCAGGAAATCCACATTCATGAAGGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102469 GGTCCTGACGGGCAAGGGCATCAGGAAATCCACATTCATGAAGGGACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATTG         AGAATGGCCAGTGGGAGATTATCCACAAGCCCTCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 CATTGGTG...CAGAGAATGGCCAGTGGGAGATTATCCACAAGCCCTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCTAATCCAGCCTCCAGGCGATCCTAGGGGAGGGAGGGAAGGACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 GGCTAATCCAGCCTCCAGGCGATCCTAGGGGAGGGAGGGAAGGACAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGAAGTCATCTTCTACCTCATCATCCGCCGCAAGCCTCTCTTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103538 CAGGAAGTCATCTTCTACCTCATCATCCGCCGCAAGCCTCTCTTCTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTCAACGTCATTGCCCCATGCATCCTCATCACTCTTCTGGCCATCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103588 GGTCAACGTCATTGCCCCATGCATCCTCATCACTCTTCTGGCCATCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTTCTACCTGCCACCAGATGCAG         GAGAGAAGATGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103638 TCTTCTACCTGCCACCAGATGCAGGTA...AAGGAGAGAAGATGGGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCAATCTTTGCCCTGCTGACCCTTACTGTGTTCCTGCTGCTGCTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109187 TCAATCTTTGCCCTGCTGACCCTTACTGTGTTCCTGCTGCTGCTGGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAAGTACCTGAGACCTCACTATCAGTACCCATTATTATCAAGTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109237 CAAAGTACCTGAGACCTCACTATCAGTACCCATTATTATCAAGTACCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTTACCATGGTCCTCGTCACCTTCTCAGTCATCCTTAGTGTCGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109287 TGTTTACCATGGTCCTCGTCACCTTCTCAGTCATCCTTAGTGTCGTGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCAACCTGCACCACCGCTCACCCCACACCCACCAAATGCCCCTTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 CTCAACCTGCACCACCGCTCACCCCACACCCACCAAATGCCCCTTTGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCGTCAG         ATCTTCATTCACAAACTTCCGCTGTACCTGCGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 CCGTCAGGTA...CAGATCTTCATTCACAAACTTCCGCTGTACCTGCGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAAAAAGGCCCAAACCCGAGAGAGACCTGATGCCGGAGCCCCCTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110191 TAAAAAGGCCCAAACCCGAGAGAGACCTGATGCCGGAGCCCCCTCACTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCTTCTCCAGGAAGTGGCTGGGGTCGGGGAACAGATGAATATTTCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110241 TCTTCTCCAGGAAGTGGCTGGGGTCGGGGAACAGATGAATATTTCATCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGCCGCCAAGTGATTTTCTCTTCCCCAAACCCAATAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110291 GAAGCCGCCAAGTGATTTTCTCTTCCCCAAACCCAATAGGTA...CAGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCAGCCTGAACTGTCTGCCCCTGATCTGCGGCGATTTATCGATGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110669 TCCAGCCTGAACTGTCTGCCCCTGATCTGCGGCGATTTATCGATGGTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AACCGGGCTGTGGCCCTGCTTCCGGAGCTACGGGAGGTCGTCTCCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110719 AACCGGGCTGTGGCCCTGCTTCCGGAGCTACGGGAGGTCGTCTCCTCTAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCTACATCGCTCGACAGCTGCAGGAACAGGAGGACCACGATGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110769 CAGCTACATCGCTCGACAGCTGCAGGAACAGGAGGACCACGATGCGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366      CTGAAGGAGGACTGGCAGTTTGTGGCCATGGTAGTGGACCGCCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110819 ..CAGCTGAAGGAGGACTGGCAGTTTGTGGCCATGGTAGTGGACCGCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTCCTGTGGACTTTCATCATCTTCACCAGCGTTGGGACCCTAGTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111501 TTCCTGTGGACTTTCATCATCTTCACCAGCGTTGGGACCCTAGTCATCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTGGACGCCACGTACCACTTGCCCCCTCCAGACCCCTTTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111551 CCTGGACGCCACGTACCACTTGCCCCCTCCAGACCCCTTTCCT