seq1 = pF1KE2376.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE2376/gi568815586f_19339700.tfa (gi568815586f:19339700_19618717), 279018 bp

>pF1KE2376 1551
>gi568815586f:19339700_19618717 (Chr12)

1-671  (100001-100671)   100% ->
672-879  (122811-123018)   100% ->
880-987  (133549-133656)   100% ->
988-1174  (154101-154287)   100% ->
1175-1299  (160398-160522)   100% ->
1300-1367  (172699-172766)   100% ->
1368-1481  (174972-175085)   100% ->
1482-1508  (178388-178414)   100% ->
1509-1551  (178976-179018)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCGCTATCACCGACATGGCCGACCTGGAGGAGCTCTCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCCGCTATCACCGACATGGCCGACCTGGAGGAGCTCTCCCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCCTCTGCCCCCCGGCAGCCCGGGTTCGGCGGCGCGGGGCCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCCTCTGCCCCCCGGCAGCCCGGGTTCGGCGGCGCGGGGCCGGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCCCCGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCCCCGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGAGGCGGTGGCGGCGCTGCTGCTGAACGGCGGCAGCGGTGGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGAGGCGGTGGCGGCGCTGCTGCTGAACGGCGGCAGCGGTGGGGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGGCGGCGGCGGAGGAGTGGGGGGCGGCGAGGCAGAGACGATGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGGCGGCGGCGGAGGAGTGGGGGGCGGCGAGGCAGAGACGATGTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCCGAGCCCCGAGAGCGCCAGCCAGGCCGGGGAGGACGAAGACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCCGAGCCCCGAGAGCGCCAGCCAGGCCGGGGAGGACGAAGACGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGGACGACGAGGAGGAGGAAGATGAGAGCAGCAGCAGCGGCGGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGGACGACGAGGAGGAGGAAGATGAGAGCAGCAGCAGCGGCGGGGGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGGAGAGTAGCGCCGAGAGCCTGGTGGGCAGCAGCGGCGGGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGGAGAGTAGCGCCGAGAGCCTGGTGGGCAGCAGCGGCGGGAGCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGACGAGACCCGCTCGTTGAGCCCCGGCGCCGCCAGCAGCAGCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGACGAGACCCGCTCGTTGAGCCCCGGCGCCGCCAGCAGCAGCAGCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGGGGACGGCAAGGAGGGCCTGGAGGAGCCCAAGGGACCGCGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGGGGACGGCAAGGAGGGCCTGGAGGAGCCCAAGGGACCGCGGGGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCAGGGCGGCGGCGGGGGCGGCAGCAGTAGCAGCAGCGTAGTCTCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCAGGGCGGCGGCGGGGGCGGCAGCAGTAGCAGCAGCGTAGTCTCCAGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGGCGACGAGGGCTACGGGACTGGGGGAGGCGGAAGCAGCGCGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGGCGACGAGGGCTACGGGACTGGGGGAGGCGGAAGCAGCGCGACCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGGGCCGGCGGGGCAGCTTGGAGATGTCGTCGGATGGGGAACCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGGGCCGGCGGGGCAGCTTGGAGATGTCGTCGGATGGGGAACCCCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCATGGACTCGGAGGACAG         CATAAGCAGTACTATAATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100651 CCGCATGGACTCGGAGGACAGGTC...TAGCATAAGCAGTACTATAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGTAGACAGCACAATTTCCAGTGGGCGTTCAACTCCAGCAATGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122831 ATGTAGACAGCACAATTTCCAGTGGGCGTTCAACTCCAGCAATGATGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGACAAGGAAGCACTACTTCTTCAAGCAAAAATATTGCCTATAATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122881 GGACAAGGAAGCACTACTTCTTCAAGCAAAAATATTGCCTATAATTGTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TTGGGACCAGTGCCAGGCTTGCTTCAACTCTAGCCCAGATCTGGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122931 TTGGGACCAGTGCCAGGCTTGCTTCAACTCTAGCCCAGATCTGGCAGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACATCCGTTCCATACATGTAGATGGTCAGCGAGGAGGG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122981 ACATCCGTTCCATACATGTAGATGGTCAGCGAGGAGGGGTT...CAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTGTTTGCTTATGGAAAGGTTGTAAAGTATATAACACTCCATCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133552 TTTGTTTGCTTATGGAAAGGTTGTAAAGTATATAACACTCCATCTACCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCAAAGTTGGTTACAAAGGCATATGCTGACACACAGTGGAGACAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133602 TCAAAGTTGGTTACAAAGGCATATGCTGACACACAGTGGAGACAAACCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAAG         TGTGTTGTTGGTGGCTGCAATGCCAGCTTTGCTTCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133652 TCAAGGTA...TAGTGTGTTGTTGGTGGCTGCAATGCCAGCTTTGCTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGGGAGGGCTAGCTCGTCATGTACCCACACACTTCAGTCAGCAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154137 CAGGGAGGGCTAGCTCGTCATGTACCCACACACTTCAGTCAGCAGAACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTCAAAAGTTTCTAGCCAGCCAAAGGCCAAAGAAGAATCTCCTTCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154187 CTCAAAAGTTTCTAGCCAGCCAAAGGCCAAAGAAGAATCTCCTTCTAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTGGAATGAACAAAAGGAGGAAATTAAAGAACAAAAGACGACGCTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154237 CTGGAATGAACAAAAGGAGGAAATTAAAGAACAAAAGACGACGCTCATTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 C         CACGGCCACATGATTTCTTCGATGCACAAACACTGGATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154287 CGTA...TAGCACGGCCACATGATTTCTTCGATGCACAAACACTGGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GATAAGACATCGAGCCATATGCTTTAACCTCTCAGCTCATATAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160438 GATAAGACATCGAGCCATATGCTTTAACCTCTCAGCTCATATAGAAAGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TAGGGAAGGGACACAGTGTTGTTTTTCATAGTACT         GTAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 160488 TAGGGAAGGGACACAGTGTTGTTTTTCATAGTACTGTA...CAGGTAATA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GCTAAGAGAAAAGAAGATTCTGGGAAGATCAAACTTTTGCTTCATTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172705 GCTAAGAGAAAAGAAGATTCTGGGAAGATCAAACTTTTGCTTCATTGGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 GCCTGAAGACAT         TCTGCCTGATGTGTGGGTGAATGAAAGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 172755 GCCTGAAGACATGTA...TAGTCTGCCTGATGTGTGGGTGAATGAAAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AACGACATCAGTTAAAAACTAAAGTAGTTCATTTATCAAAGCTACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175001 AACGACATCAGTTAAAAACTAAAGTAGTTCATTTATCAAAGCTACCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GATACTGCCTTGCTTTTGGACCCAAACATATACAG         AACAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 175051 GATACTGCCTTGCTTTTGGACCCAAACATATACAGGTA...TAGAACAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCCGCAGAAGAGGTTGAAGAG         AACTCTGATAAGAAAAGTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 178394 GCCGCAGAAGAGGTTGAAGAGGTA...CAGAACTCTGATAAGAAAAGTGT

   1600     .    :    .    :
   1529 TCAATTTGTATTTAAGCAAACAG
        |||||||||||||||||||||||
 178996 TCAATTTGTATTTAAGCAAACAG