seq1 = pF1KE2366.tfa, 1398 bp
seq2 = pF1KE2366/gi568815587f_86145230.tfa (gi568815587f:86145230_86378522), 233293 bp

>pF1KE2366 1398
>gi568815587f:86145230_86378522 (Chr11)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-267  (105067-105219)   100% ->
268-360  (106919-107011)   100% ->
361-426  (109993-110058)   100% ->
427-552  (111158-111283)   100% ->
553-634  (112286-112367)   100% ->
635-726  (118943-119034)   100% ->
727-860  (120854-120987)   100% ->
861-966  (123227-123332)   100% ->
967-1041  (124854-124928)   100% ->
1042-1200  (131751-131909)   100% ->
1201-1274  (132689-132762)   100% ->
1275-1398  (133170-133293)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGAGGGAAGTGTCGACTGCGCCGGCGGGAACAGACATGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGAGGGAAGTGTCGACTGCGCCGGCGGGAACAGACATGCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCAAGAAGCAGAAGCTGAGCAGTGACGAGAACAGCAATCCAGACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCAAGAAGCAGAAGCTGAGCAGTGACGAGAACAGCAATCCAGACCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAGACGAGAAT         GATGACGCTGTCAGTATAGAAAGTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAGACGAGAATGTA...CAGGATGACGCTGTCAGTATAGAAAGTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAAACACTGAACGCCCTGATACACCTACAAACACGCCAAATGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 ACAAACACTGAACGCCCTGATACACCTACAAACACGCCAAATGCACCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGGAAAAGTTGGGGAAAGGGAAAATGGAAGTCAAAGAAATGCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 AAGGAAAAGTTGGGGAAAGGGAAAATGGAAGTCAAAGAAATGCAAATATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTCAAATGTGTAAATAGTCTCAAG         GAAGATCATAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105194 CTTTCAAATGTGTAAATAGTCTCAAGGTA...TAGGAAGATCATAACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCATTGTTTGGAGTTCAGTTTAACTGGCACAGTAAAGAAGGAGATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 CCATTGTTTGGAGTTCAGTTTAACTGGCACAGTAAAGAAGGAGATCCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGTTTGCAACTGTAGGAAGCAACAGA         GTTACCTTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106984 AGTGTTTGCAACTGTAGGAAGCAACAGAGTG...TAGGTTACCTTGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATGTCATTCACAAGGAGAAATCCGGTTGTTGCAATCTTACGTGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110006 AATGTCATTCACAAGGAGAAATCCGGTTGTTGCAATCTTACGTGGATGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAT         GCTGATGAAAACTTTTACACTTGTGCATGGACCTATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110056 GATGTA...TAGGCTGATGAAAACTTTTACACTTGTGCATGGACCTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAGCAATACGAGCCATCCTCTGCTGGCTGTAGCTGGATCTAGAGGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111196 TAGCAATACGAGCCATCCTCTGCTGGCTGTAGCTGGATCTAGAGGCATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAGGATAATAAATCCTATAACAATGCAGTGTATAAAG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111246 TTAGGATAATAAATCCTATAACAATGCAGTGTATAAAGGTG...TAGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGTTGGCCATGGAAATGCTATCAATGAGCTGAAATTCCATCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 TATGTTGGCCATGGAAATGCTATCAATGAGCTGAAATTCCATCCAAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCAAATCTTCTCCTGTCAGTAAGTAAAG         ATCATGCTTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112339 TCCAAATCTTCTCCTGTCAGTAAGTAAAGGTA...TAGATCATGCTTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GATTATGGAATATCCAGACGGACACTCTGGTGGCAATATTTGGAGGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118955 GATTATGGAATATCCAGACGGACACTCTGGTGGCAATATTTGGAGGCGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGGGCACAGAGATGAAGTTCTAAGTGCT         GATTATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119005 GAAGGGCACAGAGATGAAGTTCTAAGTGCTGTA...CAGGATTATGATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTTGGGTGAAAAAATAATGTCCTGTGGTATGGATCATTCTCTTAAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120865 TTTGGGTGAAAAAATAATGTCCTGTGGTATGGATCATTCTCTTAAACTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGAGGATCAATTCAAAGAGAATGATGAATGCAATTAAGGAATCTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120915 GGAGGATCAATTCAAAGAGAATGATGAATGCAATTAAGGAATCTTATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATAATCCAAATAAAACTAACAG         GCCATTTATTTCTCAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120965 TATAATCCAAATAAAACTAACAGGTA...CAGGCCATTTATTTCTCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATCCATTTTCCTGATTTTTCTACCAGAGACATACATAGGAATTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123245 AATCCATTTTCCTGATTTTTCTACCAGAGACATACATAGGAATTATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTGTGTGCGATGGTTAGGCGATTTGATACTTTCTAAG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123295 ATTGTGTGCGATGGTTAGGCGATTTGATACTTTCTAAGGTA...CAGAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGCCGTGCCATTTTACATTCCCACCAGCAATGTATGAGAGATCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124857 GGCCGTGCCATTTTACATTCCCACCAGCAATGTATGAGAGATCCAGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCGAATCTTCGCCAGCATTTG         TCTTGTGAAAATGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124907 TCCGAATCTTCGCCAGCATTTGGTA...TAGTCTTGTGAAAATGCCATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGTGCTGGAAACCTGGCAAGATGGAAGATGATATAGATAAAATTAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131770 TGTGCTGGAAACCTGGCAAGATGGAAGATGATATAGATAAAATTAAACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGTGAATCTAATGTGACTATTCTTGGGCGATTTGATTACAGCCAGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131820 AGTGAATCTAATGTGACTATTCTTGGGCGATTTGATTACAGCCAGTGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATTTGGTACATGAGGTTTTCTATGGATTTCTGGCAAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131870 CATTTGGTACATGAGGTTTTCTATGGATTTCTGGCAAAAGGTA...CAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGCTTGCATTGGGCAATCAAGTTGGCAAACTTTATGTTTGGGATTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132690 TGCTTGCATTGGGCAATCAAGTTGGCAAACTTTATGTTTGGGATTTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GTAGAAGATCCTCATAAAGCCAA         ATGTACAACACTGACTCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132740 GTAGAAGATCCTCATAAAGCCAAGTA...TAGATGTACAACACTGACTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCATAAATGTGGTGCTGCTATTCGACAAACCAGTTTTAGCAGGGATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133188 TCATAAATGTGGTGCTGCTATTCGACAAACCAGTTTTAGCAGGGATAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCATTCTTATAGCTGTTTGTGATGATGCCAGTATTTGGCGCTGGGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133238 GCATTCTTATAGCTGTTTGTGATGATGCCAGTATTTGGCGCTGGGATCGA

   1500     .
   1393 CTTCGA
        ||||||
 133288 CTTCGA