seq1 = pF1KE2365.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE2365/gi568815596r_86715610.tfa (gi568815596r:86715610_86961865), 246256 bp

>pF1KE2365 729
>gi568815596r:86715610_86961865 (Chr2)

(complement)

1-43  (100001-100043)   97% ->
44-403  (103450-103809)   100% ->
404-493  (108780-108869)   100% ->
494-583  (115093-115182)   100% ->
584-620  (116908-116944)   100% ->
621-729  (146148-146256)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCGCGGCTGTGGCTCCTCCTGGCCGCGCAGCTGACAG       
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGCGGCCGCGGCTGTGGCTCCTCTTGGCCGCGCAGCTGACAGGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   TTCTCCATGGCAACTCAGTCCTCCAGCAGACCCCTGCATACATAAAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103448 AGTTCTCCATGGCAACTCAGTCCTCCAGCAGACCCCTGCATACATAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCAAACCAACAAGATGGTGATGCTGTCCTGCGAGGCTAAAATCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103498 TGCAAACCAACAAGATGGTGATGCTGTCCTGCGAGGCTAAAATCTCCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTAACATGCGCATCTACTGGCTGAGACAGCGCCAGGCACCGAGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103548 AGTAACATGCGCATCTACTGGCTGAGACAGCGCCAGGCACCGAGCAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTCACCACGAGTTCCTGGCCCTCTGGGATTCCGCAAAAGGGACTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103598 CAGTCACCACGAGTTCCTGGCCCTCTGGGATTCCGCAAAAGGGACTATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGTGAAGAGGTGGAACAGGAGAAGATAGCTGTGTTTCGGGATGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 ACGGTGAAGAGGTGGAACAGGAGAAGATAGCTGTGTTTCGGGATGCAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGTTCATTCTCAATCTCACAAGCGTGAAGCCGGAAGACAGTGGCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103698 CGGTTCATTCTCAATCTCACAAGCGTGAAGCCGGAAGACAGTGGCATCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCTGCATGATCGTCGGGAGCCCCGAGCTGACCTTCGGGAAGGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103748 CTTCTGCATGATCGTCGGGAGCCCCGAGCTGACCTTCGGGAAGGGAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTGAGTGTGG         TTGATTTCCTTCCCACCACTGCCCAGCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103798 AGCTGAGTGTGGGTA...TAGTTGATTTCCTTCCCACCACTGCCCAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACCAAGAAGTCCACCCTCAAGAAGAGAGTGTGCCGGTTACCCAGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108809 ACCAAGAAGTCCACCCTCAAGAAGAGAGTGTGCCGGTTACCCAGGCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCCAGAAGG         GCCCACTTTGTAGCCCCATCACCCTTGGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108859 GACCCAGAAGGGTG...CAGGCCCACTTTGTAGCCCCATCACCCTTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCTGGTGGCTGGCGTCCTGGTTCTGCTGGTTTCCCTGGGAGTGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115123 TGCTGGTGGCTGGCGTCCTGGTTCTGCTGGTTTCCCTGGGAGTGGCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCTGTGCT         GCCGGCGGAGGAGAGCCCGGCTTCGTTTCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115173 CACCTGTGCTGTG...CAGGCCGGCGGAGGAGAGCCCGGCTTCGTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAACA         GCCTCAAGGGGAAGGTATATCAGGAACCTTTGTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116939 GAAACAGTA...AAGGCCTCAAGGGGAAGGTATATCAGGAACCTTTGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCAATGCCTGCATGGATACTACAGCAATACTACAACCTCACAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146183 CCCAATGCCTGCATGGATACTACAGCAATACTACAACCTCACAGAAGCTG

    750     .    :    .    :
    706 CTTAACCCATGGATCCTGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||
 146233 CTTAACCCATGGATCCTGAAAACA