seq1 = pF1KE2364.tfa, 705 bp
seq2 = pF1KE2364/gi568815596r_86685923.tfa (gi568815596r:86685923_86890825), 204903 bp

>pF1KE2364 705
>gi568815596r:86685923_86890825 (Chr2)

(complement)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-403  (100145-100498)   99% ->
404-514  (101076-101186)   100% ->
515-625  (101393-101503)   100% ->
626-656  (102266-102296)   100% ->
657-705  (104855-104903)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTACCAGTGACCGCCTTGCTCCTGCCGCTGGCCTTGCTGCTCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCCTTACCAGTGACCGCCTTGCTCCTGCCGCTGGCCTTGCTGCTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         ACGCCGCCAGGCCGAGCCAGTTCCGGGTGTCGCCGCTGGATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TG...CAGACGCCGCCAGGCCGAGCCAGTTCCGGGTGTCGCCGCTGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGACCTGGAACCTGGGCGAGACAGTGGAGCTGAAGTGCCAGGTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100187 GGACCTGGAACCTGGGCGAGACAGTGGAGCTGAAGTGCCAGGTGCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCAACCCGACGTCGGGCTGCTCGTGGCTCTTCCAGCCGCGCGGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100237 TCCAACCCGACGTCGGGCTGCTCGTGGCTCTTCCAGCCGCGCGGCGCCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCAGTCCCACCTTCCTCCTATACCTCTCCCAAAACAAGCCCAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100287 CGCCAGTCCCACCTTCCTCCTATACCTCTCCCAAAACAAGCCCAAGGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGAGGGGCTGGACACCCAGCGGTTCTCGGGCAAGAGGTTGGGGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100337 CCGAGGGGCTGGACACCCAGCGGTTCTCGGGCAAGAGGTTGGGGGACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCGTCCTCACCCTGAGCGACTTCCGCCGAGAGAACGAGGGCTGCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100387 TTCGTCCTCACCCTGAGCGACTTCCGCCGAGAGAACGAGGGCTACTATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGCTCGGCCCTGAGCAACTCCATCATGTACTTCAGCCACTTCGTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100437 CTGCTCGGCCCTGAGCAACTCCATCATGTACTTCAGCCACTTCGTGCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCTTCCTGCCAG         CGAAGCCCACCACGACGCCAGCGCCGCGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100487 TCTTCCTGCCAGGTC...CAGCGAAGCCCACCACGACGCCAGCGCCGCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCACCAACACCGGCGCCCACCATCGCGTCGCAGCCCCTGTCCCTGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101105 CCACCAACACCGGCGCCCACCATCGCGTCGCAGCCCCTGTCCCTGCGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAGGCGTGCCGGCCAGCGGCGGGGGGCGCAG         TGCACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101155 AGAGGCGTGCCGGCCAGCGGCGGGGGGCGCAGGTG...CAGTGCACACGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGGGCTGGACTTCGCCTGTGATATCTACATCTGGGCGCCCTTGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101402 GGGGGCTGGACTTCGCCTGTGATATCTACATCTGGGCGCCCTTGGCCGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTTGTGGGGTCCTTCTCCTGTCACTGGTTATCACCCTTTACTGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101452 ACTTGTGGGGTCCTTCTCCTGTCACTGGTTATCACCCTTTACTGCAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CA         GGAACCGAAGACGTGTTTGCAAATGTCCCCG        
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101502 CAGTA...CAGGGAACCGAAGACGTGTTTGCAAATGTCCCCGGTG...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  GCCTGTGGTCAAATCGGGAGACAAGCCCAGCCTTTCGGCGAGATACGTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104854 GGCCTGTGGTCAAATCGGGAGACAAGCCCAGCCTTTCGGCGAGATACGTC