seq1 = pF1KE2352.tfa, 933 bp
seq2 = pF1KE2352/gi568815597f_158155084.tfa (gi568815597f:158155084_158357511), 202428 bp

>pF1KE2352 933
>gi568815597f:158155084_158357511 (Chr1)

2-277  (99993-100267)   97% ->
278-556  (100921-101199)   100% ->
557-835  (101703-101981)   100% ->
836-933  (102338-102434)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      2 TGTGGAACTGGCTCAAGGAGCCTCTCTCCTTCCATGTCATCTGGATCGCA
        ||| | | -|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
  99993 TGTCGCAG GGCTCAAGGAGCCTCTCTCCTTCCATGTCACCTGGATCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     52 TCCTTTTACAACCATTCCTGGAAACAAAATCTGGTCTCAGGTTGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 TCCTTTTACAACCATTCCTGGAAACAAAATCTGGTCTCAGGTTGGCTGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102 TGATTTGCAGACTCATACCTGGGACAGCAATTCCAGCACCATCGTTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100092 TGATTTGCAGACTCATACCTGGGACAGCAATTCCAGCACCATCGTTTTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 TGTGGCCCTGGTCCAGGGGAAACTTCAGCAATGAGGAGTGGAAGGAACTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100142 TGTGCCCCTGGTCCAGGGGAAACTTCAGCAATGAGGAGTGGAAGGAACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 GAAACATTATTCCGTATACGCACCATTCGGTCATTTGAGGGAATTCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100192 GAAACATTATTCCGTATACGCACCATTCGGTCATTTGAGGGAATTCGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 ATACGCCCATGAATTGCAGTTTGAAT         ATCCTTTTGAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100242 ATACGCCCATGAATTGCAGTTTGAATGTG...CAGATCCTTTTGAGATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293 AGGTGACAGGAGGCTGTGAGCTGCACTCTGGAAAGGTCTCAGGAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 AGGTGACAGGAGGCTGTGAGCTGCACTCTGGAAAGGTCTCAGGAAGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 TTGCAGTTAGCTTATCAAGGATCAGACTTTGTGAGCTTCCAGAACAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 TTGCAGTTAGCTTATCAAGGATCAGACTTTGTGAGCTTCCAGAACAATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393 ATGGTTGCCATATCCAGTGGCTGGGAATATGGCCAAGCATTTCTGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 ATGGTTGCCATATCCAGTGGCTGGGAATATGGCCAAGCATTTCTGCAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    443 TGCTCAATCAGAATCAGCATGAAAATGACATAACACACAATCTTCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101086 TGCTCAATCAGAATCAGCATGAAAATGACATAACACACAATCTTCTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493 GACACCTGCCCACGTTTCATCTTGGGTCTTCTTGATGCAGGAAAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101136 GACACCTGCCCACGTTTCATCTTGGGTCTTCTTGATGCAGGAAAGGCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    543 TCTCCAGCGGCAAG         TGAAGCCCGAGGCCTGGCTGTCCCATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101186 TCTCCAGCGGCAAGGTC...CAGTGAAGCCCGAGGCCTGGCTGTCCCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    584 GCCCCAGTCCTGGCCCTGGCCATCTGCAGCTTGTGTGCCATGTCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101730 GCCCCAGTCCTGGCCCTGGCCATCTGCAGCTTGTGTGCCATGTCTCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634 TTCTACCCAAAGCCCGTGTGGGTGATGTGGATGCGGGGTGAGCAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101780 TTCTACCCAAAGCCCGTGTGGGTGATGTGGATGCGGGGTGAGCAGGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 GCAGGGCACTCAGCGAGGGGACATCTTGCCCAGTGCTGATGGGACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101830 GCAGGGCACTCAGCGAGGGGACATCTTGCCCAGTGCTGATGGGACATGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 ATCTCCGCGCAACCCTGGAGGTGGCCGCTGGGGAGGCAGCTGACCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101880 ATCTCCGCGCAACCCTGGAGGTGGCCGCTGGGGAGGCAGCTGACCTGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784 TGTCGGGTGAAGCACAGCAGTCTAGAGGGCCAGGACATCGTCCTCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101930 TGTCGGGTGAAGCACAGCAGTCTAGAGGGCCAGGACATCGTCCTCTACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834 GG         AGCATCACAGTTCCGTGGGCTTCATCATCTTGGCGGTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101980 GGGTG...CAGAGCATCACAGTTCCGTGGGCTTCATCATCTTGGCGGTGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    875 TAGTGCCTTTACTTCTTCTGATAGGTCTTGCGCTTTGGTTCAGGAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 TAGTGCCTTTACTTCTTCTGATAGGTCTTGCGCTTTGGTTCAGGAAACGC

    950     .
    925 TGTTTCTGT
        || |  -||
 102427 TGGTGA GT