seq1 = pF1KE2347.tfa, 2214 bp
seq2 = pF1KE2347/gi568815597r_229418182.tfa (gi568815597r:229418182_229658652), 240471 bp

>pF1KE2347 2214
>gi568815597r:229418182_229658652 (Chr1)

(complement)

1-517  (100001-100517)   100% ->
518-718  (109219-109419)   100% ->
719-921  (110952-111154)   100% ->
922-1056  (116282-116416)   100% ->
1057-1203  (117901-118047)   100% ->
1204-1339  (119062-119197)   100% ->
1340-1435  (126922-127017)   100% ->
1436-1645  (128245-128454)   100% ->
1646-1725  (131345-131424)   100% ->
1726-1906  (132537-132717)   100% ->
1907-1950  (137018-137061)   100% ->
1951-1985  (139778-139812)   100% ->
1986-2214  (140243-140471)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGGCCCCCCTGCCTGGCCGCTGCGGCTGCTCGAGCCACCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAGGCCCCCCTGCCTGGCCGCTGCGGCTGCTCGAGCCACCGAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCGAGCCAGGTCGGCTCCTGCCGGTAGCCTGCGTGTGGGCCGCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCGAGCCAGGTCGGCTCCTGCCGGTAGCCTGCGTGTGGGCCGCGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGCGTTCCCGGGTCCCTATCGCCGTTCACTGGCCTGAGGCCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCGCGTTCCCGGGTCCCTATCGCCGTTCACTGGCCTGAGGCCGGCGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTATGGGGCGCGGGGCCCGCGCTGCTCTGGGGCGTTGGAGCCGCGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTATGGGGCGCGGGGCCCGCGCTGCTCTGGGGCGTTGGAGCCGCGCGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGAGGAGCGGCTGCCGGGGCGGGGGTCCGGGCGCCTCGCGGGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGAGGAGCGGCTGCCGGGGCGGGGGTCCGGGCGCCTCGCGGGGCGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGCCTCGCGCGGCTCCTGGGGCTGTGGGCTCGCGGCCCCGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGCCTCGCGCGGCTCCTGGGGCTGTGGGCTCGCGGCCCCGGCAGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGGTGCGGGGCTTTTGCCGGGCCAGGCGCTCCTCGGCTCCCGCGCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGGTGCGGGGCTTTTGCCGGGCCAGGCGCTCCTCGGCTCCCGCGCGCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTCCCGGGCGGTCCCGCAGCCGCTGCCTGGGCAGGGGACGAGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTCCCGGGCGGTCCCGCAGCCGCTGCCTGGGCAGGGGACGAGGCCTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCGCGGGCCGGCGGCGCCTCCCGGGGACAAGGGGCGGCTGCGCCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCGCGGGCCGGCGGCGCCTCCCGGGGACAAGGGGCGGCTGCGCCCCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGCCGGACTCCCGGAGGCCCGGAAGCTCCTGGGGCTGGCGTACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGCCGGACTCCCGGAGGCCCGGAAGCTCCTGGGGCTGGCGTACCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGCCGGAGGCTGGCAG         CTGCGGTTGGATTTCTCACGATGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGCCGGAGGCTGGCAGGTA...TAGCTGCGGTTGGATTTCTCACGATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCAGTGTTATCTCCATGTCTGCCCCTTTCTTCCTGGGGAAGATCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109243 CCAGTGTTATCTCCATGTCTGCCCCTTTCTTCCTGGGGAAGATCATTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTCATCTATACCAACCCCACTGTGGACTACAGCGACAACCTGACCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109293 GTCATCTATACCAACCCCACTGTGGACTACAGCGACAACCTGACCCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTGCCTAGGGCTCAGTGCCGTGTTTCTGTGTGGTGCTGCCGCCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109343 CTGCCTAGGGCTCAGTGCCGTGTTTCTGTGTGGTGCTGCCGCCAATGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTCGTGTCTACCTCATGCAAACTTCAG         GTCAGCGCATTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109393 TTCGTGTCTACCTCATGCAAACTTCAGGTA...CAGGTCAGCGCATTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATAGGCTGAGAACTTCATTATTCTCCTCCATTCTGAGGCAGGAGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110966 AATAGGCTGAGAACTTCATTATTCTCCTCCATTCTGAGGCAGGAGGTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTTCTTTGACAAGACTCGCACAGGAGAATTGATTAACCGCCTCTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111016 TTTCTTTGACAAGACTCGCACAGGAGAATTGATTAACCGCCTCTCATCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACACTGCACTCCTGGGGCGCTCAGTGACTGAAAACCTCTCAGATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111066 ACACTGCACTCCTGGGGCGCTCAGTGACTGAAAACCTCTCAGATGGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGGGCCGGGGCCCAGGCTTCCGTAGGCATCAGTATGATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111116 AGGGCCGGGGCCCAGGCTTCCGTAGGCATCAGTATGATGGTA...CAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTTTGTCTCACCTAATCTGGCCACCTTTGTTTTGAGCGTGGTGCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116284 TTTTGTCTCACCTAATCTGGCCACCTTTGTTTTGAGCGTGGTGCCTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGTCAATCATTGCTGTAATTTATGGGCGATATCTACGGAAACTGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116334 TGTCAATCATTGCTGTAATTTATGGGCGATATCTACGGAAACTGACCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTCACTCAGGATTCCCTGGCACAAGCCACTCAG         CTAGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116384 GTCACTCAGGATTCCCTGGCACAAGCCACTCAGGTA...CAGCTAGCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGAACGTATTGGAAATGTAAGAACTGTTCGAGCTTTTGGGAAAGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117909 GGAACGTATTGGAAATGTAAGAACTGTTCGAGCTTTTGGGAAAGAAATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTGAAATCGAGAAATATGCCAGCAAAGTGGACCATGTAATGCAGTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117959 CTGAAATCGAGAAATATGCCAGCAAAGTGGACCATGTAATGCAGTTAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AGGAAAGAGGCATTCGCCCGGGCTGGTTTCTTTGGAGCA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118009 AGGAAAGAGGCATTCGCCCGGGCTGGTTTCTTTGGAGCAGTA...CAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGGGCTCTCCGGAAACCTGATCGTGCTTTCTGTCCTGTACAAAGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119064 TGGGCTCTCCGGAAACCTGATCGTGCTTTCTGTCCTGTACAAAGGAGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGCTGATGGGCAGTGCCCACATGACCGTGGGTGAACTCTCTTCCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119114 TGCTGATGGGCAGTGCCCACATGACCGTGGGTGAACTCTCTTCCTTCCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATGTATGCTTTCTGGGTTGGAATAAGCATTGGAG         GTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 119164 ATGTATGCTTTCTGGGTTGGAATAAGCATTGGAGGTA...CAGGTCTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTCTTTCTACTCGGAGCTGATGAAAGGACTGGGTGCAGGGGGGCGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126929 CTCTTTCTACTCGGAGCTGATGAAAGGACTGGGTGCAGGGGGGCGCCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGGAGCTCCTGGAGAGAGAGCCCAAGCTGCCTTTTAACG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126979 GGGAGCTCCTGGAGAGAGAGCCCAAGCTGCCTTTTAACGGTG...CAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GGGGTCATCTTAAATGAGAAAAGCTTCCAGGGTGCTTTGGAGTTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128247 GGGGTCATCTTAAATGAGAAAAGCTTCCAGGGTGCTTTGGAGTTTAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGTGCATTTTGCCTATCCAGCTCGCCCAGAGGTGCCCATATTTCAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128297 CGTGCATTTTGCCTATCCAGCTCGCCCAGAGGTGCCCATATTTCAGGATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TCAGCCTTTCCATTCCGTCAGGATCTGTCACGGCACTGGTTGGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128347 TCAGCCTTTCCATTCCGTCAGGATCTGTCACGGCACTGGTTGGCCCAAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GGTTCTGGCAAATCAACAGTGCTTTCACTCCTGCTGAGGTTGTACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128397 GGTTCTGGCAAATCAACAGTGCTTTCACTCCTGCTGAGGTTGTACGACCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGCTTCTG         GAACTATTAGTCTTGATGGCCATGACATCCGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128447 TGCTTCTGGTA...AAGGAACTATTAGTCTTGATGGCCATGACATCCGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGCTAAACCCAGTGTGGCTGAGATCCAAAATTGGGACAGTGAGTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 131378 AGCTAAACCCAGTGTGGCTGAGATCCAAAATTGGGACAGTGAGTCAGGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1726       GAACCCATTTTGTTTTCTTGCTCTATTGCTGAGAACATTGCTTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131428 ...TAGGAACCCATTTTGTTTTCTTGCTCTATTGCTGAGAACATTGCTTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGGTGCTGATGACCCTTCCTCTGTGACCGCTGAGGAAATCCAGAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132581 TGGTGCTGATGACCCTTCCTCTGTGACCGCTGAGGAAATCCAGAGAGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CTGAAGTGGCCAATGCAGTGGCCTTCATCCGGAATTTCCCCCAAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132631 CTGAAGTGGCCAATGCAGTGGCCTTCATCCGGAATTTCCCCCAAGGGTTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AACACTGTGGTTGGAGAAAAGGGTGTTCTCCTCTCAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 132681 AACACTGTGGTTGGAGAAAAGGGTGTTCTCCTCTCAGGTG...CAGGTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCAGAAACAGCGGATTGCGATTGCCCGTGCTCTGCTAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 137022 GCAGAAACAGCGGATTGCGATTGCCCGTGCTCTGCTAAAGGTA...CAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ATCCCAAAATTCTTCTCCTAGATGAAGCAACCAG         TGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 139779 ATCCCAAAATTCTTCTCCTAGATGAAGCAACCAGGTG...CAGTGCGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GATGCCGAAAATGAGTACCTTGTTCAAGAAGCTCTAGATCGACTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140250 GATGCCGAAAATGAGTACCTTGTTCAAGAAGCTCTAGATCGACTGATGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGGAAGAACGGTGTTAGTTATTGCCCATCGTCTGTCCACCATTAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140300 TGGAAGAACGGTGTTAGTTATTGCCCATCGTCTGTCCACCATTAAGAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CTAATATGGTTGCTGTTCTTGACCAAGGAAAAATTACTGAATATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140350 CTAATATGGTTGCTGTTCTTGACCAAGGAAAAATTACTGAATATGGAAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CATGAAGAGCTGCTTTCAAAACCAAATGGGATATACAGAAAACTAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140400 CATGAAGAGCTGCTTTCAAAACCAAATGGGATATACAGAAAACTAATGAA

   2300     .    :    .    :
   2193 CAAACAAAGTTTTATTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||
 140450 CAAACAAAGTTTTATTTCAGCA