seq1 = pF1KE2341.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KE2341/gi568815593f_119352576.tfa (gi568815593f:119352576_119641991), 289416 bp

>pF1KE2341 2208
>gi568815593f:119352576_119641991 (Chr5)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-112  (103740-103793)   100% ->
113-220  (121333-121440)   100% ->
221-280  (121826-121885)   100% ->
281-302  (123131-123152)   100% ->
303-349  (123249-123295)   100% ->
350-434  (124842-124926)   100% ->
435-622  (126259-126446)   100% ->
623-714  (136617-136708)   100% ->
715-739  (139525-139549)   100% ->
740-868  (141243-141371)   100% ->
869-972  (143968-144071)   100% ->
973-1209  (146742-146978)   100% ->
1210-1261  (149466-149517)   100% ->
1262-1333  (154243-154314)   100% ->
1334-1437  (156566-156669)   100% ->
1438-1503  (162406-162471)   100% ->
1504-1573  (172641-172710)   100% ->
1574-1680  (173342-173448)   100% ->
1681-1767  (174558-174644)   100% ->
1768-1854  (177319-177405)   100% ->
1855-1993  (178691-178829)   100% ->
1994-2121  (183848-183975)   100% ->
2122-2208  (189330-189416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCACCGCTGAGGTTCGACGGGCGGGTGGTACTGGTCACCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCACCGCTGAGGTTCGACGGGCGGGTGGTACTGGTCACCGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCAG         GATTGGGCCGAGCCTATGCCCTGGCTTTTGCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCAGGTG...TAGGATTGGGCCGAGCCTATGCCCTGGCTTTTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAGAGGAGCGTTAGTTGTTG         TGAATGATTTGGGAGGGGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103773 AAAGAGGAGCGTTAGTTGTTGGTA...CAGTGAATGATTTGGGAGGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCAAAGGAGTTGGTAAAGGCTCCTTAGCTGCTGATAAGGTTGTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121353 TTCAAAGGAGTTGGTAAAGGCTCCTTAGCTGCTGATAAGGTTGTTGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATAAGAAGGAGAGGTGGAAAAGCAGTGGCCAACTATG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121403 AATAAGAAGGAGAGGTGGAAAAGCAGTGGCCAACTATGGTA...CAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAGTGGAAGAAGGAGAGAAGGTTGTGAAGACAGCCCTGGATGCTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121829 CAGTGGAAGAAGGAGAGAAGGTTGTGAAGACAGCCCTGGATGCTTTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAATAG         ATGTTGTGGTCAACAATGCTGG         AAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121879 AGAATAGGTG...TAGATGTTGTGGTCAACAATGCTGGGTG...TAGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TCTGAGGGATCGTTCCTTTGCTAGGATAAGTGATGAAGACTGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123252 TCTGAGGGATCGTTCCTTTGCTAGGATAAGTGATGAAGACTGGGGTA...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350    ATATAATCCACAGAGTTCATTTGCGGGGTTCATTCCAAGTGACACGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124839 TAGATATAATCCACAGAGTTCATTTGCGGGGTTCATTCCAAGTGACACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GCAGCATGGGAACACATGAAGAAACAGAAGTATGGAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124889 GCAGCATGGGAACACATGAAGAAACAGAAGTATGGAAGGTA...TAGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TATTATGACTTCATCAGCTTCAGGAATATATGGCAACTTTGGCCAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126262 TATTATGACTTCATCAGCTTCAGGAATATATGGCAACTTTGGCCAGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 ATTATAGTGCTGCAAAGTTGGGTCTTCTGGGCCTTGCAAATTCTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126312 ATTATAGTGCTGCAAAGTTGGGTCTTCTGGGCCTTGCAAATTCTCTTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ATTGAAGGCAGGAAAAGCAACATTCATTGTAACACCATTGCTCCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126362 ATTGAAGGCAGGAAAAGCAACATTCATTGTAACACCATTGCTCCTAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGGATCACGGATGACTCAGACAGTTATGCCTGAAG         ATCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 126412 GGGATCACGGATGACTCAGACAGTTATGCCTGAAGGTA...CAGATCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TGGAAGCCCTGAAGCCAGAGTATGTGGCACCTCTTGTCCTTTGGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136623 TGGAAGCCCTGAAGCCAGAGTATGTGGCACCTCTTGTCCTTTGGCTTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CACGAGAGTTGTGAGGAGAATGGTGGCTTGTTTGAG         GTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136673 CACGAGAGTTGTGAGGAGAATGGTGGCTTGTTTGAGGTA...TAGGTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGCAGGATGGATTGGAAAAT         TACGCTGGGAGCGGACTCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139530 AGCAGGATGGATTGGAAAATGTA...CAGTACGCTGGGAGCGGACTCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GAGCTATTGTAAGACAAAAGAATCACCCAATGACTCCTGAGGCAGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141264 GAGCTATTGTAAGACAAAAGAATCACCCAATGACTCCTGAGGCAGTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GCTAACTGGAAGAAGATCTGTGACTTTGAGAATGCCAGCAAGCCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141314 GCTAACTGGAAGAAGATCTGTGACTTTGAGAATGCCAGCAAGCCTCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TATCCAAG         AATCAACTGGCAGTATAATTGAAGTTCTGAGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 141364 TATCCAAGGTA...TAGAATCAACTGGCAGTATAATTGAAGTTCTGAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AAATAGATTCAGAAGGAGGAGTTTCAGCAAATCATACTAGTCGTGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144001 AAATAGATTCAGAAGGAGGAGTTTCAGCAAATCATACTAGTCGTGCAACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TCTACAGCAACATCAGGATTT         GCTGGAGCTATTGGCCAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 144051 TCTACAGCAACATCAGGATTTGTA...TAGGCTGGAGCTATTGGCCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 ACTCCCTCCATTTTCTTATGCTTATACGGAACTGGAAGCTATTATGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146762 ACTCCCTCCATTTTCTTATGCTTATACGGAACTGGAAGCTATTATGTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CCCTTGGAGTGGGAGCGTCAATCAAGGATCCAAAAGATTTGAAATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146812 CCCTTGGAGTGGGAGCGTCAATCAAGGATCCAAAAGATTTGAAATTTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 TATGAAGGAAGTTCTGATTTCTCCTGTTTGCCCACCTTCGGAGTTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146862 TATGAAGGAAGTTCTGATTTCTCCTGTTTGCCCACCTTCGGAGTTATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 AGGTCAGAAATCTATGATGGGTGGAGGATTAGCAGAAATTCCTGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146912 AGGTCAGAAATCTATGATGGGTGGAGGATTAGCAGAAATTCCTGGACTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAATCAACTTTGCAAAG         GTTCTTCATGGAGAGCAGTACTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 146962 CAATCAACTTTGCAAAGGTA...TAGGTTCTTCATGGAGAGCAGTACTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GAGTTATATAAACCACTTCCCAGAGCAG         GAAAATTAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 149490 GAGTTATATAAACCACTTCCCAGAGCAGGTG...TAGGAAAATTAAAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGAAGCAGTTGTTGCTGATGTCCTAGATAAAGGATCCGGTGTAGTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154256 TGAAGCAGTTGTTGCTGATGTCCTAGATAAAGGATCCGGTGTAGTGATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTATGGATG         TCTATTCTTATTCTGAGAAGGAACTTATATGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 154306 TTATGGATGGTA...CAGTCTATTCTTATTCTGAGAAGGAACTTATATGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CACAATCAGTTCTCTCTCTTTCTTGTTGGCTCTGGAGGCTTTGGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156598 CACAATCAGTTCTCTCTCTTTCTTGTTGGCTCTGGAGGCTTTGGTGGAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 ACGGACATCAGACAAAGTCAAG         GTAGCTGTAGCCATACCTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 156648 ACGGACATCAGACAAAGTCAAGGTA...TAGGTAGCTGTAGCCATACCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 ATAGACCTCCTGATGCTGTACTTACAGATACCACCTCTCTTAATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 162425 ATAGACCTCCTGATGCTGTACTTACAGATACCACCTCTCTTAATCAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504       GCTGCTTTGTACCGCCTCAGTGGAGACTGGAATCCCTTACACAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162475 ...CAGGCTGCTTTGTACCGCCTCAGTGGAGACTGGAATCCCTTACACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 TGATCCTAACTTTGCTAGTCTAGCAG         GTTTTGACAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 172685 TGATCCTAACTTTGCTAGTCTAGCAGGTG...TAGGTTTTGACAAGCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TATTACATGGATTATGTACATTTGGATTTTCTGCCAGGCGTGTGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173357 TATTACATGGATTATGTACATTTGGATTTTCTGCCAGGCGTGTGTTACAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CAGTTTGCAGATAATGATGTGTCAAGATTCAAGGCAATTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 173407 CAGTTTGCAGATAATGATGTGTCAAGATTCAAGGCAATTAAGGTA...AA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1681  GCTCGTTTTGCAAAACCAGTATATCCAGGACAAACTCTACAAACTGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174557 GGCTCGTTTTGCAAAACCAGTATATCCAGGACAAACTCTACAAACTGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 TGTGGAAGGAAGGAAACAGAATTCATTTTCAAACCAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 174607 TGTGGAAGGAAGGAAACAGAATTCATTTTCAAACCAAGGTA...AAGGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1771 CAAGAAACTGGAGACATTGTCATTTCAAATGCATATGTGGATCTTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177322 CAAGAAACTGGAGACATTGTCATTTCAAATGCATATGTGGATCTTGCACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1821 AACATCTGGTACTTCAGCTAAGACACCCTCTGAG         GGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 177372 AACATCTGGTACTTCAGCTAAGACACCCTCTGAGGTA...TAGGGCGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1862 AGCTTCAGAGTACCTTTGTATTTGAGGAAATAGGACGCCGCCTAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178698 AGCTTCAGAGTACCTTTGTATTTGAGGAAATAGGACGCCGCCTAAAGGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1912 ATTGGGCCTGAGGTGGTGAAGAAAGTAAATGCTGTATTTGAGTGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178748 ATTGGGCCTGAGGTGGTGAAGAAAGTAAATGCTGTATTTGAGTGGCATAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1962 AACCAAAGGCGGAAATATTGGGGCTAAGTGGA         CTATTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 178798 AACCAAAGGCGGAAATATTGGGGCTAAGTGGAGTA...CAGCTATTGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2003 TGAAAAGTGGTTCTGGAAAAGTGTACCAAGGCCCTGCAAAAGGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183857 TGAAAAGTGGTTCTGGAAAAGTGTACCAAGGCCCTGCAAAAGGTGCTGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2053 GATACAACAATCATACTTTCAGATGAAGATTTCATGGAGGTGGTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183907 GATACAACAATCATACTTTCAGATGAAGATTTCATGGAGGTGGTCCTGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2103 CAAGCTTGACCCTCAGAAG         GCATTCTTTAGTGGCAGGCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 183957 CAAGCTTGACCCTCAGAAGGTA...CAGGCATTCTTTAGTGGCAGGCTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144 AGGCCAGAGGGAACATCATGCTGAGCCAGAAACTTCAGATGATTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189352 AGGCCAGAGGGAACATCATGCTGAGCCAGAAACTTCAGATGATTCTTAAA

   2400     .    :    .
   2194 GACTACGCCAAGCTC
        |||||||||||||||
 189402 GACTACGCCAAGCTC