seq1 = pF1KE2320.tfa, 1758 bp
seq2 = pF1KE2320/gi568815595f_189689801.tfa (gi568815595f:189689801_189994499), 304699 bp

>pF1KE2320 1758
>gi568815595f:189689801_189994499 (Chr3)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-297  (118472-118726)   100% ->
298-484  (174432-174618)   100% ->
485-600  (176882-176997)   100% ->
601-710  (178033-178142)   100% ->
711-847  (178780-178916)   100% ->
848-930  (179524-179606)   100% ->
931-1067  (183059-183195)   100% ->
1068-1225  (196594-196751)   100% ->
1226-1370  (199540-199684)   100% ->
1371-1464  (200989-201082)   100% ->
1465-1758  (204406-204699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTACCTGGAAAACAATGCCCAGACTCAATTTAGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGTTGTACCTGGAAAACAATGCCCAGACTCAATTTAGTGAGGTA...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  CCACAGTACACGAACCTGGGGCTCCTGAACAGCATGGACCAGCAGATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 GCCACAGTACACGAACCTGGGGCTCCTGAACAGCATGGACCAGCAGATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAACGGCTCCTCGTCCACCAGTCCCTATAACACAGACCACGCGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 AGAACGGCTCCTCGTCCACCAGTCCCTATAACACAGACCACGCGCAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCGTCACGGCGCCCTCGCCCTACGCACAGCCCAGCTCCACCTTCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118571 AGCGTCACGGCGCCCTCGCCCTACGCACAGCCCAGCTCCACCTTCGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCTCTCCATCACCCGCCATCCCCTCCAACACCGACTACCCAGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118621 TCTCTCTCCATCACCCGCCATCCCCTCCAACACCGACTACCCAGGCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGTTTCGACGTGTCCTTCCAGCAGTCGAGCACCGCCAAGTCGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118671 ACAGTTTCGACGTGTCCTTCCAGCAGTCGAGCACCGCCAAGTCGGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGACG         TATTCCACTGAACTGAAGAAACTCTACTGCCAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118721 TGGACGGTA...CAGTATTCCACTGAACTGAAGAAACTCTACTGCCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAAGACATGCCCCATCCAGATCAAGGTGATGACCCCACCTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174467 TGCAAAGACATGCCCCATCCAGATCAAGGTGATGACCCCACCTCCTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGCTGTTATCCGCGCCATGCCTGTCTACAAAAAAGCTGAGCACGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174517 GAGCTGTTATCCGCGCCATGCCTGTCTACAAAAAAGCTGAGCACGTCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGTGGTGAAGCGGTGCCCCAACCATGAGCTGAGCCGTGAATTCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174567 GAGGTGGTGAAGCGGTGCCCCAACCATGAGCTGAGCCGTGAATTCAACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GG         GACAGATTGCCCCTCCTAGTCATTTGATTCGAGTAGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174617 GGGTA...CAGGACAGATTGCCCCTCCTAGTCATTTGATTCGAGTAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGAACAGCCATGCCCAGTATGTAGAAGATCCCATCACAGGAAGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176921 GGAACAGCCATGCCCAGTATGTAGAAGATCCCATCACAGGAAGACAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGCTGGTACCTTATGAGCCACCCCAG         GTTGGCACTGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 176971 GTGCTGGTACCTTATGAGCCACCCCAGGTA...CAGGTTGGCACTGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACGACAGTCTTGTACAATTTCATGTGTAACAGCAGTTGTGTTGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178047 CACGACAGTCTTGTACAATTTCATGTGTAACAGCAGTTGTGTTGGAGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAACCGCCGTCCAATTTTAATCATTGTTACTCTGGAAACCAGAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 178097 TGAACCGCCGTCCAATTTTAATCATTGTTACTCTGGAAACCAGAGAGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711      TGGGCAAGTCCTGGGCCGACGCTGCTTTGAGGCCCGGATCTGTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178147 ..TAGTGGGCAAGTCCTGGGCCGACGCTGCTTTGAGGCCCGGATCTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGATGAAGATAGCATCAGAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178825 TTGCCCAGGAAGAGACAGGAAGGCGGATGAAGATAGCATCAGAAAGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGTTTCGGACAGTACAAAGAACGGTGATGGTACGAAGCGCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 178875 AAGTTTCGGACAGTACAAAGAACGGTGATGGTACGAAGCGCCGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848  CGTTTCGTCAGAACACACATGGTATCCAGATGACATCCATCAAGAAACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179523 GCGTTTCGTCAGAACACACATGGTATCCAGATGACATCCATCAAGAAACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGATCCCCAGATGATGAACTGTTATACTTACCA         GTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179573 AAGATCCCCAGATGATGAACTGTTATACTTACCAGTA...TAGGTGAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCCGTGAGACTTATGAAATGCTGTTGAAGATCAAAGAGTCCCTGGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183066 GCCGTGAGACTTATGAAATGCTGTTGAAGATCAAAGAGTCCCTGGAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGCAGTACCTTCCTCAGCACACAATTGAAACGTACAGGCAACAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183116 ATGCAGTACCTTCCTCAGCACACAATTGAAACGTACAGGCAACAGCAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAGCAGCACCAGCACTTACTTCAGAAACA         GACCTCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 183166 GCAGCAGCACCAGCACTTACTTCAGAAACAGTG...TAGGACCTCAATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTCTCCATCTTCATATGGTAACAGCTCCCCACCTCTGAACAAAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196605 AGTCTCCATCTTCATATGGTAACAGCTCCCCACCTCTGAACAAAATGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGCATGAACAAGCTGCCTTCTGTGAGCCAGCTTATCAACCCTCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196655 AGCATGAACAAGCTGCCTTCTGTGAGCCAGCTTATCAACCCTCAGCAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACGCCCTCACTCCTACAACCATTCCTGATGGCATGGGAGCCAACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 196705 CAACGCCCTCACTCCTACAACCATTCCTGATGGCATGGGAGCCAACAGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1226       TTCCCATGATGGGCACCCACATGCCAATGGCTGGAGACATGAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196755 ...CAGTTCCCATGATGGGCACCCACATGCCAATGGCTGGAGACATGAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGACTCAGCCCCACCCAGGCACTCCCTCCCCCACTCTCCATGCCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199584 GGACTCAGCCCCACCCAGGCACTCCCTCCCCCACTCTCCATGCCATCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTCCCACTGCACACCCCCACCTCCGTATCCCACAGATTGCAGCATTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199634 CTCCCACTGCACACCCCCACCTCCGTATCCCACAGATTGCAGCATTGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 G         TTTCTTAGCGAGGTTGGGCTGTTCATCATGTCTGGACTAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199684 GGTG...CAGTTTCTTAGCGAGGTTGGGCTGTTCATCATGTCTGGACTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTCACGACCCAGGGGCTGACCACCATCTATCAGATTGAGCATTACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201029 TTCACGACCCAGGGGCTGACCACCATCTATCAGATTGAGCATTACTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGAT         GATCTGGCAAGTCTGAAAATCCCTGAGCAATTTCGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201079 GGATGTA...CAGGATCTGGCAAGTCTGAAAATCCCTGAGCAATTTCGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGCGATCTGGAAGGGCATCCTGGACCACCGGCAGCTCCACGAATTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204443 ATGCGATCTGGAAGGGCATCCTGGACCACCGGCAGCTCCACGAATTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCCCCTTCTCATCTCCTGCGGACCCCAAGCAGTGCCTCTACAGTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204493 TCCCCTTCTCATCTCCTGCGGACCCCAAGCAGTGCCTCTACAGTCAGTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGGCTCCAGTGAGACCCGGGGTGAGCGTGTTATTGATGCTGTGCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204543 GGGCTCCAGTGAGACCCGGGGTGAGCGTGTTATTGATGCTGTGCGATTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCCTCCGCCAGACCATCTCTTTCCCACCCCGAGATGAGTGGAATGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204593 CCCTCCGCCAGACCATCTCTTTCCCACCCCGAGATGAGTGGAATGACTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACTTTGACATGGATGCTCGCCGCAATAAGCAACAGCGCATCAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204643 AACTTTGACATGGATGCTCGCCGCAATAAGCAACAGCGCATCAAAGAGGA

   1850     .
   1752 GGGGGAG
        |||||||
 204693 GGGGGAG