seq1 = pF1KE2285.tfa, 498 bp
seq2 = pF1KE2285/gi568815587r_65755339.tfa (gi568815587r:65755339_65956243), 200905 bp

>pF1KE2285 498
>gi568815587r:65755339_65956243 (Chr11)

(complement)

1-311  (100000-100309)   99% ->
312-388  (100514-100590)   100% ->
389-498  (100796-100905)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCGGTGTGGCTGTCTCTGATGGTGTCATCAAGGTGTTCAACGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCCTCCGGTGTGGCTGTCTCTGATGGTGTCATCAAGGTGTTCAACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGAAGGTGCGTAAGTCTTCAACGCCAGAGGAGGTGAAGAAGCGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CATGAAGGTGCGTAAGTCTTCAACGCCAGAGGAGGTGAAGAAGCGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGGTGCTCTTCTGCCTGAGTGAGGACAAGAAGAACATCATCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AGGCGGTGCTCTTCTGCCTGAGTGAGGACAAGAAGAACATCATCCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGCAAGGAGATCCTGGTGGGCGATGTGGGCCAGACTGTCGACGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GAGGGCAAGGAGATCCTGGTGGGCGATGTGGGCCAGACTGTCGACGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACGCCACCTTTGTCAAGATGCTGCCAGATAAGGACTGCCGCTATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CTACGCCACCTTTGTCAAGATGCTGCCAGATAAGGACTGCCGCTATGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTATGATGCAACCTATGAGACCAAGGAGAGCAAGAAGGAGGATCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 TCTATGATGCAACCTATGAGACCAAGGAGAGCAAGAAGGAGGATCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCTTCTG         GGCCCCCGAGTCTGCGCCCCTTAAGAGCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 TTTATCTTCTGGTG...CAGGGCCCCCGAGTCTGCGCCCCTTAAGAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AATGATTTATGCCAGCTCCAAGGACGCCATCAAGAAGAAGCTGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100544 AATGATTTATGCCAGCTCCAAGGACGCCATCAAGAAGAAGCTGACAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389       GGATCAAGCATGAATTGCAAGCAAACTGCTACGAGGAGGTCAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100594 ...TAGGGATCAAGCATGAATTGCAAGCAAACTGCTACGAGGAGGTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCGCTGCACCCTGGCAGAGAAGCTGGGGGGCAGTGCCGTCATCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100840 GACCGCTGCACCCTGGCAGAGAAGCTGGGGGGCAGTGCCGTCATCTCCCT

    500     .    :    .
    483 GGAGGGCAAGCCTTTG
        ||||||||||||||||
 100890 GGAGGGCAAGCCTTTG