seq1 = pF1KE2274.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KE2274/gi568815581f_74366704.tfa (gi568815581f:74366704_74584123), 217420 bp

>pF1KE2274 897
>gi568815581f:74366704_74584123 (Chr17)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-379  (106833-107171)   99% ->
380-533  (107829-107982)   100% ->
534-628  (110733-110827)   100% ->
629-666  (114586-114623)   100% ->
667-774  (115023-115130)   100% ->
775-897  (117298-117420)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGCCTTGGGCTCTGTTGCTTCTCTGGGTCCCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGTGGCTGCCTTGGGCTCTGTTGCTTCTCTGGGTCCCAGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATGTTTTGCTCTGAGCAAATGCAGGACCGTGGCGGGCCCCGTGGGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106834 ATGTTTTGCTCTGAGCAAATGCAGGACCGTGGCGGGCCCCGTGGGGGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGAGTGTGCAGTGTCCCTATGAGAAGGAACACAGGACCCTCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106884 CCCTGAGTGTGCAGTGTCCCTATGAGAAGGAACACAGGACCCTCAACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTGGTGCAGACCACCACAGATTTTCCTATGTGACAAGATTGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106934 TACTGGTGCAGACCACCACAGATTTTCCTATGTGACAAGATTGTGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAGGGTCAGCAGGAAAAAGGAACGGCCGAGTGTCCATCAGGGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106984 CAAAGGGTCAGCAGGAAAAAGGAACGGCCGAGTGTCCATCAGGGACAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCAAACCTCAGCTTCACAGTGACCCTGGAGAATCTCACAGAGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107034 CTGCAAACCTCAGCTTCACAGTGACCCTGGAGAATCTCACAGAGGAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGGCACCTACTGGTGTGGGGTGGATACACCGTGGCTCCAAGACTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
 107084 GCAGGCACCTACTGGTGTGGGGTGGATACACCATGGCTCCGAGACTTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATCCCGTTGTCGAGGTTGAGGTGTCCGTGTTCCCGG         CAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107134 TGATCCCGTTGTCGAGGTTGAGGTGTCCGTGTTCCCGGGTG...CAGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAACGTCAATGACACCTGCAAGTATCACTGCGGCCAAGACCTCAACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107832 CAACGTCAATGACACCTGCAAGTATCACTGCGGCCAAGACCTCAACAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAACTGCATTTCCACCTGTATCATCCACTACCCTGTTTGCAGTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107882 ACAACTGCATTTCCACCTGTATCATCCACTACCCTGTTTGCAGTGGGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCCACAGTGCCAGCATCCAGGAGGAAACTGAGGAGGTGGTGAACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107932 CACCCACAGTGCCAGCATCCAGGAGGAAACTGAGGAGGTGGTGAACTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 A         GCTCCCGCTGCTCCTCTCCCTGCTGGCATTGTTGCTGCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107982 AGTA...CAGGCTCCCGCTGCTCCTCTCCCTGCTGGCATTGTTGCTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGTTGGTGGGGGCCTCCCTGCTAGCCTGGAGGATGTTTCAGAAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110773 CTGTTGGTGGGGGCCTCCCTGCTAGCCTGGAGGATGTTTCAGAAATGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAAG         CTGGTGACCATTCAGAGCTGTCCCAGAACCCCAAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110823 CAAAGGTG...TAGCTGGTGACCATTCAGAGCTGTCCCAGAACCCCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AG         GCTGCCACGCAGAGTGAGCTGCACTACGCAAATCTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114622 AGGTA...CAGGCTGCCACGCAGAGTGAGCTGCACTACGCAAATCTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCTGATGTGGCCTCTGCAGGAAAAGCCAGCACCACCAAGGGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115062 CTGCTGATGTGGCCTCTGCAGGAAAAGCCAGCACCACCAAGGGAGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTGGAATACAGCACTGTG         GCCTCCCCCAGGGAAGAACTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115112 GGTGGAATACAGCACTGTGGTA...CAGGCCTCCCCCAGGGAAGAACTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACTATGCCTCGGTGGTGTTTGATTCTAACACCAACAGGATAGCTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117320 ACTATGCCTCGGTGGTGTTTGATTCTAACACCAACAGGATAGCTGCTCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGGCCTCGGGAGGAGGAACCAGATTCAGATTACAGTGTGATAAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117370 AGGCCTCGGGAGGAGGAACCAGATTCAGATTACAGTGTGATAAGGAAGAC

    950 
    897 A
        |
 117420 A