seq1 = pF1KE2271.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE2271/gi568815586f_6700139.tfa (gi568815586f:6700139_6918914), 218776 bp

>pF1KE2271 1374
>gi568815586f:6700139_6918914 (Chr12)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-214  (100169-100333)   100% ->
215-373  (114004-114162)   100% ->
374-607  (114621-114854)   100% ->
608-955  (115918-116265)   100% ->
956-1156  (116992-117192)   99% ->
1157-1278  (118283-118404)   100% ->
1279-1346  (118709-118776)   98% ->
1347-1374  (119161-119188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGGGGAGTCCCTTTTAGGCACTTGCTTCTGGTGCTGCAACTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGAACCGGGGAGTCCCTTTTAGGCACTTGCTTCTGGTGCTGCAACTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         CGCTCCTCCCAGCAGCCACTCAGGGAAAGAAAGTGGTGCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...TAGCGCTCCTCCCAGCAGCCACTCAGGGAAAGAAAGTGGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAAAAAGGGGATACAGTGGAACTGACCTGTACAGCTTCCCAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 GCAAAAAAGGGGATACAGTGGAACTGACCTGTACAGCTTCCCAGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCATACAATTCCACTGGAAAAACTCCAACCAGATAAAGATTCTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 AGCATACAATTCCACTGGAAAAACTCCAACCAGATAAAGATTCTGGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGGGCTCCTTCTTAACTAAAG         GTCCATCCAAGCTGAATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100311 TCAGGGCTCCTTCTTAACTAAAGGTA...CAGGTCCATCCAAGCTGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCGCGCTGACTCAAGAAGAAGCCTTTGGGACCAAGGAAACTTTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114022 ATCGCGCTGACTCAAGAAGAAGCCTTTGGGACCAAGGAAACTTTCCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCATCAAGAATCTTAAGATAGAAGACTCAGATACTTACATCTGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114072 ATCATCAAGAATCTTAAGATAGAAGACTCAGATACTTACATCTGTGAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGGACCAGAAGGAGGAGGTGCAATTGCTAGTGTTCGGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114122 GGAGGACCAGAAGGAGGAGGTGCAATTGCTAGTGTTCGGATGTG...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACTGCCAACTCTGACACCCACCTGCTTCAGGGGCAGAGCCTGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114621 TGACTGCCAACTCTGACACCCACCTGCTTCAGGGGCAGAGCCTGACCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTTGGAGAGCCCCCCTGGTAGTAGCCCCTCAGTGCAATGTAGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114671 ACCTTGGAGAGCCCCCCTGGTAGTAGCCCCTCAGTGCAATGTAGGAGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGGGGTAAAAACATACAGGGGGGGAAGACCCTCTCCGTGTCTCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114721 AAGGGGTAAAAACATACAGGGGGGGAAGACCCTCTCCGTGTCTCAGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTCCAGGATAGTGGCACCTGGACATGCACTGTCTTGCAGAACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114771 AGCTCCAGGATAGTGGCACCTGGACATGCACTGTCTTGCAGAACCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGGTGGAGTTCAAAATAGACATCGTGGTGCTAG         CTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114821 AAGGTGGAGTTCAAAATAGACATCGTGGTGCTAGGTA...CAGCTTTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGGCCTCCAGCATAGTCTATAAGAAAGAGGGGGAACAGGTGGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115925 GAAGGCCTCCAGCATAGTCTATAAGAAAGAGGGGGAACAGGTGGAGTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTTCCCACTCGCCTTTACAGTTGAAAAGCTGACGGGCAGTGGCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115975 CCTTCCCACTCGCCTTTACAGTTGAAAAGCTGACGGGCAGTGGCGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGTGGCAGGCGGAGAGGGCTTCCTCCTCCAAGTCTTGGATCACCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116025 TGGTGGCAGGCGGAGAGGGCTTCCTCCTCCAAGTCTTGGATCACCTTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGAAGAACAAGGAAGTGTCTGTAAAACGGGTTACCCAGGACCCTAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116075 CCTGAAGAACAAGGAAGTGTCTGTAAAACGGGTTACCCAGGACCCTAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAGATGGGCAAGAAGCTCCCGCTCCACCTCACCCTGCCCCAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116125 TCCAGATGGGCAAGAAGCTCCCGCTCCACCTCACCCTGCCCCAGGCCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTCAGTATGCTGGCTCTGGAAACCTCACCCTGGCCCTTGAAGCGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116175 CCTCAGTATGCTGGCTCTGGAAACCTCACCCTGGCCCTTGAAGCGAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGGAAAGTTGCATCAGGAAGTGAACCTGGTGGTGATGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116225 AGGAAAGTTGCATCAGGAAGTGAACCTGGTGGTGATGAGAGGTG...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCACTCAGCTCCAGAAAAATTTGACCTGTGAGGTGTGGGGACCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116992 CCACTCAGCTCCAGAAAAATTTGACCTGTGAGGTGTGGGGACCCACCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CCTAAGCTGATGCTGAGCTTGAAACTGGAGAACAAGGAGGCAAAGGTCTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 117042 CCTAAGCTGATGCTGAGTTTGAAACTGGAGAACAAGGAGGCAAAGGTCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAAGCGGGAGAAGGCGGTGTGGGTGCTGAACCCTGAGGCGGGGATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117092 GAAGCGGGAGAAGGCGGTGTGGGTGCTGAACCCTGAGGCGGGGATGTGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGTGTCTGCTGAGTGACTCGGGACAGGTCCTGCTGGAATCCAACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117142 AGTGTCTGCTGAGTGACTCGGGACAGGTCCTGCTGGAATCCAACATCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 G         TTCTGCCCACATGGTCCACCCCGGTGCAGCCAATGGCCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117192 GGTA...CAGTTCTGCCCACATGGTCCACCCCGGTGCAGCCAATGGCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATTGTGCTGGGGGGCGTCGCCGGCCTCCTGCTTTTCATTGGGCTAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118323 GATTGTGCTGGGGGGCGTCGCCGGCCTCCTGCTTTTCATTGGGCTAGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TCTTCTTCTGTGTCAGGTGCCGGCACCGAAGG         CGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118373 TCTTCTTCTGTGTCAGGTGCCGGCACCGAAGGGTG...CAGCGCCAAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGCGGATGTCTCAGATCAAGAGACTCCTCAGTGAGAAGAAGACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118718 GAGCGGATGTCTCAGATCAAGAGACTCCTCAGTGAGAAGAAGACCTGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1338 GTGCCCTCA         CCGGTTTCAGAAGACATGTAGCCCCATT
        ||| |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118768 GTGTCCTCAGTA...CAGCCGGTTTCAGAAGACATGTAGCCCCATT