seq1 = pF1KE2269.tfa, 252 bp
seq2 = pF1KE2269/gi568815593f_131259494.tfa (gi568815593f:131259494_131491088), 231595 bp

>pF1KE2269 252
>gi568815593f:131259494_131491088 (Chr5)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-156  (126050-126151)   100% ->
157-252  (131500-131595)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGAATTCTGGTTGTGTTTCAACTGCTGTATTGCAGAACAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGAATTCTGGTTGTGTTTCAACTGCTGTATTGCAGAACAGCCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCT         AAAAGGCGACGGCGGATTGACAGAAGTATGATTGGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCTGTA...TAGAAAAGGCGACGGCGGATTGACAGAAGTATGATTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCCACAAACTTTGTGCATACAGCTCATGTTGGATCAGGAGACCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126087 AGCCCACAAACTTTGTGCATACAGCTCATGTTGGATCAGGAGACCTGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGGAATGAATTCA         GTTAGCTCCATTCAGAACCAAATGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126137 AGTGGAATGAATTCAGTA...TAGGTTAGCTCCATTCAGAACCAAATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCCAAGGGAGGTTATGGAGGTGGAATGCCTGCCAATGTCCAGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131526 GTCCAAGGGAGGTTATGGAGGTGGAATGCCTGCCAATGTCCAGATGCAGC

    250     .    :    .    :
    233 TCGTGGATACGAAGGCGGGA
        ||||||||||||||||||||
 131576 TCGTGGATACGAAGGCGGGA