seq1 = pF1KE2264.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE2264/gi568815582f_25011884.tfa (gi568815582f:25011884_25275035), 263152 bp

>pF1KE2264 1002
>gi568815582f:25011884_25275035 (Chr16)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-205  (116592-116683)   100% ->
206-327  (120519-120640)   100% ->
328-404  (128288-128364)   98% ->
405-466  (139671-139732)   100% ->
467-569  (149219-149321)   100% ->
570-690  (152715-152835)   100% ->
691-792  (157229-157330)   100% ->
793-884  (158831-158922)   100% ->
885-982  (163054-163151)   100% ->
983-1002  (166118-166137)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACTAGGCAGAGGGAATCCTCTATCACCTCCTGCTGTTCCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACTAGGCAGAGGGAATCCTCTATCACCTCCTGCTGTTCCACCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCTGCGACGCAGACGACGAGGGCGTGCGCGGCACCTGCGAAGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCTGCGACGCAGACGACGAGGGCGTGCGCGGCACCTGCGAAGATGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGTGCAAGAG         GTTTGCAGTAAGCATTGGCTACTGGCAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGTGCAAGAGGTG...CAGGTTTGCAGTAAGCATTGGCTACTGGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCTTACATACAGCACTTTGTGAGACTGTCTAAAGAGAGGAAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116620 GACCCTTACATACAGCACTTTGTGAGACTGTCTAAAGAGAGGAAAGCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAATCAACAGAG         GATATTTTGCTCGAGTCCATGGTGTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116670 TGAAATCAACAGAGGCA...TAGGATATTTTGCTCGAGTCCATGGTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAGCTTATAAAGGCATTTCTACGGAAGACAGAATGTCATTGTCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120546 GTCAGCTTATAAAGGCATTTCTACGGAAGACAGAATGTCATTGTCAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCAACCTTGGGGCAGGCATGGATACCACCTTCTGGAGATTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120596 GTCAACCTTGGGGCAGGCATGGATACCACCTTCTGGAGATTAAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     GATGAAGATCTTCTCCCAAGTAAATATTTTGAGGTTGACTTTCCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120646 .CAGGATGAAGATCTTCTCCCAAGTAAATATTTTGAGGTTGACTTTCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGATTGTCACGAGAAAGCTGCACAGCATCAA         ATGCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||| |||||>>>...>>>||||||||||
 128334 TGATTGTCACGAGAAAGCTGCACAGTATCAAGTA...TAGATGCAAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCCTATCCAGCCCCATTCTAGAACTGCATTCAGAGGACACACTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139681 CCCCTATCCAGCCCCATTCTAGAACTGCATTCAGAGGACACACTTCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GG         ATGGACACATACTGGATTCAAAGAGATATGCCGTTATTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139731 GGGCA...CAGATGGACACATACTGGATTCAAAGAGATATGCCGTTATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGCAGATCTCCGAGACCTGTCTGAACTGGAAGAGAAGCTAAAGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149258 GAGCAGATCTCCGAGACCTGTCTGAACTGGAAGAGAAGCTAAAGAAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACATGAATACACA         ATTGCCAACACTCCTGATAGCTGAATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 149308 AACATGAATACACAGTG...AAGATTGCCAACACTCCTGATAGCTGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGCTGGTTTACATGACTCCAGAGCAGTCCGCAAACCTCCTGAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152742 TGTGCTGGTTTACATGACTCCAGAGCAGTCCGCAAACCTCCTGAAGTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCCAACAGTTTTGAGAGAGCCATGTTCATAAACTACGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 152792 CAGCCAACAGTTTTGAGAGAGCCATGTTCATAAACTACGAACAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691    GTGAACATGGGTGATCGGTTTGGGCAGATCATGATTGAAAACCTGCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157226 TAGGTGAACATGGGTGATCGGTTTGGGCAGATCATGATTGAAAACCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAGACGCCAGTGTGACCTGGCGGGAGTGGAGACCTGCAAGTCATTAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157276 GAGACGCCAGTGTGACCTGGCGGGAGTGGAGACCTGCAAGTCATTAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CACAG         AAAGAACGGCTCCTGTCGAATGGGTGGGAAACAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157326 CACAGGTC...TAGAAAGAACGGCTCCTGTCGAATGGGTGGGAAACAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCGGCCGTCGACATGATGGAGTTGTACAACAGGTTACCTCGAGCTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158867 TCGGCCGTCGACATGATGGAGTTGTACAACAGGTTACCTCGAGCTGAAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAGCAG         GATAGAATCACTTGAATTCCTGGATGAAATGGAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158917 GAGCAGGTA...CAGGATAGAATCACTTGAATTCCTGGATGAAATGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGCTGGAGCAGCTCATGCGGCATTACTGCCTTTGCTGGGCAACCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163089 TGCTGGAGCAGCTCATGCGGCATTACTGCCTTTGCTGGGCAACCAAAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGAAATGAGCTTG         GGCTGAAGGAGATAACTTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 163139 GGAAATGAGCTTGGTG...CAGGGCTGAAGGAGATAACTTAT