seq1 = pF1KE2239.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE2239/gi568815593f_69067907.tfa (gi568815593f:69067907_69277628), 209722 bp

>pF1KE2239 1299
>gi568815593f:69067907_69277628 (Chr5)

1-21  (99357-99377)   100% ->
22-192  (100002-100172)   100% ->
193-363  (100267-100437)   100% ->
364-546  (103364-103546)   100% ->
547-705  (106345-106503)   100% ->
706-942  (106971-107207)   100% ->
943-1083  (107491-107631)   100% ->
1084-1194  (109333-109443)   100% ->
1195-1299  (109618-109722)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTCCGAGTCACCAGG         AACTCGAAAATTAATGCTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99357 ATGGCGCTCCGAGTCACCAGGGTG...CAGAACTCGAAAATTAATGCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAATAAGGCGAAGATCAACATGGCAGGCGCAAAGCGCGTTCCTACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AAATAAGGCGAAGATCAACATGGCAGGCGCAAAGCGCGTTCCTACGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCTGCAACCTCCAAGCCCGGACTGAGGCCAAGAACAGCTCTTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 CTGCTGCAACCTCCAAGCCCGGACTGAGGCCAAGAACAGCTCTTGGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGGTAACAAAGTCAGTGAACAACTGCAGGCCAAAATGCCTATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 ATTGGTAACAAAGTCAGTGAACAACTGCAGGCCAAAATGCCTATGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 G         GAAGCAAAACCTTCAGCTACTGGAAAAGTCATTGATAAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100172 GGTA...CAGGAAGCAAAACCTTCAGCTACTGGAAAAGTCATTGATAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTACCAAAACCTCTTGAAAAGGTACCTATGCTGGTGCCAGTGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100307 AACTACCAAAACCTCTTGAAAAGGTACCTATGCTGGTGCCAGTGCCAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGAGCCAGTGCCAGAGCCAGAACCTGAGCCAGAACCTGAGCCTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100357 TCTGAGCCAGTGCCAGAGCCAGAACCTGAGCCAGAACCTGAGCCTGTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAAAAACTTTCGCCTGAGCCTATTTTG         GTTGATACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100407 AGAAGAAAAACTTTCGCCTGAGCCTATTTTGGTA...AAGGTTGATACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTCTCCAAGCCCAATGGAAACATCTGGATGTGCCCCTGCAGAAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103374 CCTCTCCAAGCCCAATGGAAACATCTGGATGTGCCCCTGCAGAAGAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTGTCAGGCTTTCTCTGATGTAATTCTTGCAGTAAATGATGTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103424 CTGTGTCAGGCTTTCTCTGATGTAATTCTTGCAGTAAATGATGTGGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAGATGGAGCTGATCCAAACCTTTGTAGTGAATATGTGAAAGATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103474 AGAAGATGGAGCTGATCCAAACCTTTGTAGTGAATATGTGAAAGATATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGCTTATCTGAGACAACTTGAG         GAAGAGCAAGCAGTCAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103524 ATGCTTATCTGAGACAACTTGAGGTA...CAGGAAGAGCAAGCAGTCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAAAATACCTACTGGGTCGGGAAGTCACTGGAAACATGAGAGCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106363 CCAAAATACCTACTGGGTCGGGAAGTCACTGGAAACATGAGAGCCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATTGACTGGCTAGTACAGGTTCAAATGAAATTCAGGTTGTTGCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106413 AATTGACTGGCTAGTACAGGTTCAAATGAAATTCAGGTTGTTGCAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATGTACATGACTGTCTCCATTATTGATCGGTTCATGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106463 CCATGTACATGACTGTCTCCATTATTGATCGGTTCATGCAGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATAATTGTGTGCCCAAGAAGATGCTGCAGCTGGTTGGTGTCACTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106971 AATAATTGTGTGCCCAAGAAGATGCTGCAGCTGGTTGGTGTCACTGCCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTTATTGCAAGCAAATATGAAGAAATGTACCCTCCAGAAATTGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107021 GTTTATTGCAAGCAAATATGAAGAAATGTACCCTCCAGAAATTGGTGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGCTTTTGTGACTGACAACACTTATACTAAGCACCAAATCAGACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107071 TTGCTTTTGTGACTGACAACACTTATACTAAGCACCAAATCAGACAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAATGAAGATTCTAAGAGCTTTAAACTTTGGTCTGGGTCGGCCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107121 GAAATGAAGATTCTAAGAGCTTTAAACTTTGGTCTGGGTCGGCCTCTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTTGCACTTCCTTCGGAGAGCATCTAAGATTGGAGAG         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107171 TTTGCACTTCCTTCGGAGAGCATCTAAGATTGGAGAGGTA...CAGGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGTCGAGCAACATACTTTGGCCAAATACCTGATGGAACTAACTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107495 ATGTCGAGCAACATACTTTGGCCAAATACCTGATGGAACTAACTATGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACTATGACATGGTGCACTTTCCTCCTTCTCAAATTGCAGCAGGAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107545 GACTATGACATGGTGCACTTTCCTCCTTCTCAAATTGCAGCAGGAGCTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TTGCTTAGCACTGAAAATTCTGGATAATGGTGAATGG         ACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107595 TTGCTTAGCACTGAAAATTCTGGATAATGGTGAATGGGTA...TAGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAACTCTACAACATTACCTGTCATATACTGAAGAATCTCTTCTTCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 CAACTCTACAACATTACCTGTCATATACTGAAGAATCTCTTCTTCCAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATGCAGCACCTGGCTAAGAATGTAGTCATGGTAAATCAAGGACTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 ATGCAGCACCTGGCTAAGAATGTAGTCATGGTAAATCAAGGACTTACAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCACATG         ACTGTCAAGAACAAGTATGCCACATCGAAGCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109437 GCACATGGTG...CAGACTGTCAAGAACAAGTATGCCACATCGAAGCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTAAGATCAGCACTCTACCACAGCTGAATTCTGCACTAGTTCAAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109652 CTAAGATCAGCACTCTACCACAGCTGAATTCTGCACTAGTTCAAGATTTA

   1350     .    :    .    :
   1279 GCCAAGGCTGTGGCAAAGGTG
        |||||||||||||||||||||
 109702 GCCAAGGCTGTGGCAAAGGTG