seq1 = pF1KE2235.tfa, 306 bp
seq2 = pF1KE2235/gi568815596f_197401073.tfa (gi568815596f:197401073_197603256), 202184 bp

>pF1KE2235 306
>gi568815596f:197401073_197603256 (Chr2)

1-168  (100000-100166)   99% ->
169-258  (101967-102056)   100% ->
259-306  (102137-102184)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGACAAGCGTTTAGAAAGTTTCTTCCACTCTTTGACCGAGTATT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCAGGACAAGCGTTTAGAAAGTTTCTTCCACTCTTTGACCGAGTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGAAAGGAGTGCTGCTGAAACTGTAACCAAAGGAGGCATTATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GGTTGAAAGGAGTGCTGCTGAAACTGTAACCAAAGGAGGCATTATGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAAAAATCTCAAGGAAAAGTATTGCAAGCAACAGTAGTCGCTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CAGAAAAATCTCAAGGAAAAGTATTGCAAGCAACAGTAGTCGCTGTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGGTTCTAAAGGAAAG         GGTGGAGAGATTCAACCAGTTAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100149 TCGGGTTCTAAAGGAAAGGTA...AAGGGTGGAGAGATTCAACCAGTTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGAAAGTTGGAGATAAAGTTCTTCTCCCAGAATATGGAGGCACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101990 CGTGAAAGTTGGAGATAAAGTTCTTCTCCCAGAATATGGAGGCACCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGTTCTAGATGACAAG         GATTATTTCCTATTTAGAGATGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102040 TAGTTCTAGATGACAAGGTG...CAGGATTATTTCCTATTTAGAGATGGT

    300     .    :    .    :
    283 GACATTCTTGGAAAGTACGTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||
 102161 GACATTCTTGGAAAGTACGTAGAC