seq1 = pF1KE2235.tfa, 306 bp
seq2 = pF1KE2235/gi568815584f_63501509.tfa (gi568815584f:63501509_63701808), 200300 bp

>pF1KE2235 306
>gi568815584f:63501509_63701808 (Chr14)

1-306  (100001-100303)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGACAAGCGTTTAGAAAGTTTCTTCCACTCTTTGACCGAGTATT
        ||||||||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGACAAGCGTTT   AAGTTTCTTCCACTCTTTGACCGAGTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTGAAAGGAGTGCTGCTGAAACTGTAACCAAAGGAGGCATTATGCTTC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGTTGAAAGGAGTGCTGTTGAAACTGTAACCAAAGGAGGCATTATGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAAAAATCTCAAGGAAAAGTATTGCAAGCAACAGTAGTCGCTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 CAGAAAAATCTCAAGGAAAAGTATTGCAAGCAACAGTAGTCGCTGTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGGGTTCTAAAGGAAAGGGTGGAGAGATTCAACCAGTTAGCGTGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
 100148 TCGGGTTCTAAAGGAAAGGGTGGAGAGATTCAACCAGTTCGTGTGAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGAGATAAAGTTCTTCTCCCAGAATATGGAGGCACCAAAGTAGTTCTAG
        |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
 100198 TGGAGATAAAGTTCTTCTCCCATAACATGGAGGCACCAAAGTAGTTCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGACAAGGATTATTTCCTATTTAGAGATGGTGACATTCTTGGAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100248 ATGACAAGGATTATTTCCTATTTAGAGATGGTGACGTTCTTGGAAAGTAC

    300     .
    301 GTAGAC
        ||| ||
 100298 GTAAAC