seq1 = pF1KE2233.tfa, 1986 bp
seq2 = pF1KE2233/gi568815581r_19809181.tfa (gi568815581r:19809181_20068463), 259283 bp

>pF1KE2233 1986
>gi568815581r:19809181_20068463 (Chr17)

(complement)

1-88  (90785-90872)   100% ->
89-136  (100003-100050)   100% ->
137-319  (105442-105624)   100% ->
320-877  (109893-110450)   100% ->
878-976  (120959-121057)   100% ->
977-1061  (126554-126638)   100% ->
1062-1185  (127454-127577)   100% ->
1186-1322  (128615-128751)   100% ->
1323-1467  (132034-132178)   100% ->
1468-1641  (136486-136659)   100% ->
1642-1751  (143947-144056)   100% ->
1752-1834  (148346-148428)   100% ->
1835-1887  (158486-158538)   100% ->
1888-1986  (159188-159286)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGAGCCGGGCCCTCCCCGCGCCAGTCCCCCCGCACCCTCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  90785 ATGAGGGGAGCCGGGCCCTCCCCGCGCCAGTCCCCCCGCACCCTCCGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACCCGGGCCCCGCCATGTCCTTCTTCCGGCGGAAAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  90835 CGACCCGGGCCCCGCCATGTCCTTCTTCCGGCGGAAAGGTA...TAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGCAAAGAACAAGAGAAGACCTCAGATGTGAAGTCCATTAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100006 AAGGCAAAGAACAAGAGAAGACCTCAGATGTGAAGTCCATTAAAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     CTTCAATATCCGTACATTCCCCACAAAAAAGCACTAAAAATCATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100056 .TAGCTTCAATATCCGTACATTCCCCACAAAAAAGCACTAAAAATCATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGCTGGAGGCTGCAGGACCAAGTCATGTTGCAATCAATGCCATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 CTTGCTGGAGGCTGCAGGACCAAGTCATGTTGCAATCAATGCCATTTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAACATGGACTCCTTTTCAAGTAGCAGGACAGCCACACTTAAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 CCAACATGGACTCCTTTTCAAGTAGCAGGACAGCCACACTTAAGAAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAAGCCACATGGAGGCCGCTCATTTTGGTGACCTGG         GCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105588 CCAAGCCACATGGAGGCCGCTCATTTTGGTGACCTGGGTA...TAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATCTTGTCTGGACTACCAGACTCAAGAGACCAAATCAAGCCTTTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109897 ATCTTGTCTGGACTACCAGACTCAAGAGACCAAATCAAGCCTTTCTAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTTGAACAAGTCTTGCACGACACTATTGTCCTCCCTTACTTCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109947 CCCTTGAACAAGTCTTGCACGACACTATTGTCCTCCCTTACTTCATTCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCATGGAACTTCGGCGAATGGAGCATTTGGTGAAATTTTGGTTAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109997 TTCATGGAACTTCGGCGAATGGAGCATTTGGTGAAATTTTGGTTAGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAAGTTTTCATTCAACAACTTGGTCGCGAATAAGAGCACACAGTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110047 TGAAAGTTTTCATTCAACAACTTGGTCGCGAATAAGAGCACACAGTCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACACAGTGAAGCAGAGCTCACTGGCTGAGCCTGTCTCTCCATCTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110097 ACACAGTGAAGCAGAGCTCACTGGCTGAGCCTGTCTCTCCATCTAAAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATGAAACTACAGCGTCTTTTTTAACTGATTCTCTTGATAAGAGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110147 CATGAAACTACAGCGTCTTTTTTAACTGATTCTCTTGATAAGAGATTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGATTCTGGCTCAGCACAGTTGTTTATGACTCATTCAGAAGGAATTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110197 GGATTCTGGCTCAGCACAGTTGTTTATGACTCATTCAGAAGGAATTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAATAATAGAACTAACAGCACTCAGAATCACTTGCTGCTTTCCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110247 TGAATAATAGAACTAACAGCACTCAGAATCACTTGCTGCTTTCCCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGTGACAGTGCCCATTCTCTCCGTCTTGAAATGGCCAGAGCAGGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110297 TGTGACAGTGCCCATTCTCTCCGTCTTGAAATGGCCAGAGCAGGAACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAAGTTTCCATGGAAACCCAAGAATCTTCCTCTACACTTACAGTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110347 CCAAGTTTCCATGGAAACCCAAGAATCTTCCTCTACACTTACAGTAGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTAGAAATAGTCCCGCTTCTCCACTAAAAGAATTGTCAGGAAAACTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110397 GTAGAAATAGTCCCGCTTCTCCACTAAAAGAATTGTCAGGAAAACTAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAAA         GTATAGAACAAGATGCAGTGAATACTTTTACCAAATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 AAAAGTG...CAGGTATAGAACAAGATGCAGTGAATACTTTTACCAAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TATATCTCCAGATGCTGCTAAACCAATACCAATTACAGAAGCAATGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120996 TATATCTCCAGATGCTGCTAAACCAATACCAATTACAGAAGCAATGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGACATCATAG         CAAGGATTTGTGGAGAAGATGGACAGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121046 ATGACATCATAGGTA...CAGCAAGGATTTGTGGAGAAGATGGACAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GATCCCAACTGTTTCGTTTTGGCACAGTCCATAGTCTTTAGTGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126583 GATCCCAACTGTTTCGTTTTGGCACAGTCCATAGTCTTTAGTGCAATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCAAGA         GCACTTTAGTGAGTTTCTGCGAAGTCACCATTTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126633 GCAAGAGTA...CAGGCACTTTAGTGAGTTTCTGCGAAGTCACCATTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTAAATACCAGATTGAAGTGCTGACCAGTGGAACTGTTTACCTGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127489 GTAAATACCAGATTGAAGTGCTGACCAGTGGAACTGTTTACCTGGCTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTCTCTTCTGTGAGTCAGCCCTCTTTTATTTCTCTGAG         TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 127539 ATTCTCTTCTGTGAGTCAGCCCTCTTTTATTTCTCTGAGGTA...TAGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATGGAAAAAGAGGATGCAGTGAATATCTTACAATTCTGGTTGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128617 CATGGAAAAAGAGGATGCAGTGAATATCTTACAATTCTGGTTGGCAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATAACTTCCAGTCTCAGCTTGCTGCCAAAAAGGGCCAATATGATGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128667 ATAACTTCCAGTCTCAGCTTGCTGCCAAAAAGGGCCAATATGATGGACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGGCACAGAATGATGCCATGATTTTATATGACAA         GTACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128717 GAGGCACAGAATGATGCCATGATTTTATATGACAAGTG...TAGGTACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTCCCTCCAAGCCACACATCCTCTTGGATTTGATGATGTTGTACGATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132040 CTCCCTCCAAGCCACACATCCTCTTGGATTTGATGATGTTGTACGATTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAATTGAATCCAATATCTGCAGGGAAGGTGGGCCACTCCCCAACTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132090 AAATTGAATCCAATATCTGCAGGGAAGGTGGGCCACTCCCCAACTGTTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACAACTCCATTACGTCAGGCCTGGACAACCATGGAGAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132140 ACAACTCCATTACGTCAGGCCTGGACAACCATGGAGAAGGTA...CAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTTTTTGCCTGGCTTTTTGTCCAGCAATCTTTATTATAAATATTTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136488 CTTTTTGCCTGGCTTTTTGTCCAGCAATCTTTATTATAAATATTTGAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATCTCATCCATTCGGTTCGAGGAGATGAATTTCTGGGCGGGAACGTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136538 ATCTCATCCATTCGGTTCGAGGAGATGAATTTCTGGGCGGGAACGTGTCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTGACTGCTCCTGGCTCTGTTGGCCCTCCTGATGAGTCTCACCCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136588 CTGACTGCTCCTGGCTCTGTTGGCCCTCCTGATGAGTCTCACCCAGGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TTCTGACAGCTCTGCGTCTCAG         TCCAGTGTGAAAAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 136638 TTCTGACAGCTCTGCGTCTCAGGTA...TAGTCCAGTGTGAAAAAAGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GTATTAAAATACTGAAAAATTTTGATGAAGCGATAATTGTGGATGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143966 GTATTAAAATACTGAAAAATTTTGATGAAGCGATAATTGTGGATGCGGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGTCTGGATCCAGAATCTTTATATCAACGGACATATGCCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 144016 AGTCTGGATCCAGAATCTTTATATCAACGGACATATGCCGGGTA...TAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAAGATGACATTTGGAAGAGTCAGTGACTTGGGGCAATTCATCCGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148346 GAAGATGACATTTGGAAGAGTCAGTGACTTGGGGCAATTCATCCGAGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CTGAGCCTGAACCTGATGTAAGGAAATCAAAAG         GATCCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 148396 CTGAGCCTGAACCTGATGTAAGGAAATCAAAAGGTT...TAGGATCCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TTCTCACAAGCTATGAAGAAATGGGTGCAAGGAAATACTGATGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 158494 TTCTCACAAGCTATGAAGAAATGGGTGCAAGGAAATACTGATGAGGTA..

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888     GCCCAGGAAGAGCTAGCTTGGAAGATTGCTAAAATGATAGTCAGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158544 .TAGGCCCAGGAAGAGCTAGCTTGGAAGATTGCTAAAATGATAGTCAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ACATTATGCAGCAGGCTCAGTATGATCAACCGTTAGAGAAATCTACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159234 ACATTATGCAGCAGGCTCAGTATGATCAACCGTTAGAGAAATCTACAAAG

   2100 
   1984 TTA
         ||
 159284 GTA