seq1 = pF1KE2223.tfa, 1014 bp
seq2 = pF1KE2223/gi568815595f_50471105.tfa (gi568815595f:50471105_50680230), 209126 bp

>pF1KE2223 1014
>gi568815595f:50471105_50680230 (Chr3)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-320  (100606-100697)   100% ->
321-414  (101011-101104)   98% ->
415-549  (105948-106082)   100% ->
550-614  (106405-106469)   100% ->
615-664  (106722-106771)   100% ->
665-770  (107717-107822)   100% ->
771-866  (108740-108835)   100% ->
867-980  (109012-109125)   100% ->
981-1014  (109277-109310)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTTTGGGGCCGAATGCTGTGGGCCCTCCTGTCTGGCCCAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTTTGGGGCCGAATGCTGTGGGCCCTCCTGTCTGGCCCAGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGGAAGTACCCGGGGCTGGGCCTTCAGCTCATGGCAACCCCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGGAAGTACCCGGGGCTGGGCCTTCAGCTCATGGCAACCCCAACCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCTGGCTGGGTTATCCAGTGCCATAGAACTGGTCAGCCACTGGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCTGGCTGGGTTATCCAGTGCCATAGAACTGGTCAGCCACTGGACTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTTTGAGAAGAGGGGTATCCCTGAGGCCCGGGAATCCAGTGAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCTTTGAGAAGAGGGGTATCCCTGAGGCCCGGGAATCCAGTGAGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGCTCATGTCCTTGGAGCCAAAACA         TTTCAGAGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 CGTGGCTCATGTCCTTGGAGCCAAAACAGTT...CAGTTTCAGAGCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCCGGCACTTTGGACCCAGCCCTTGACCTCTCAGCAACTACAGTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 GGCCGGCACTTTGGACCCAGCCCTTGACCTCTCAGCAACTACAGTGTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGGAGCTGAGTAGCCGTCGATTGCAGAG         GATGCCGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100669 CGGGAGCTGAGTAGCCGTCGATTGCAGAGGTG...CAGGATGCCGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACATCCTTGGAGAGTGGGACTTCCAGGGGCTCAGCCTAAGGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 GTACATCCTTGGAGAGTGGGACTTCCAGGGGCTCAGCCTAAGGATGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCCAGTGTTTATTCCGCGGCCAGAAACAGAG         GAACTGGTT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101073 CCCCAGTGTTTATTCCTCGGCCAGAAACAGAGGTA...CAGGAACTGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTGGGTGCTGGAAGAGGTGGCCCAGAGGTCCCATGCTGTGGGATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105957 GAGTGGGTGCTGGAAGAGGTGGCCCAGAGGTCCCATGCTGTGGGATCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGCAGCCCCCTCATTCTGGAGGTGGGCTGCGGATCAGGAGCCATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106007 AGGCAGCCCCCTCATTCTGGAGGTGGGCTGCGGATCAGGAGCCATCTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAGCCTGCTGAGCCAGCTCCCCCAG         AGCCGAGTCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106057 TCAGCCTGCTGAGCCAGCTCCCCCAGGTG...CAGAGCCGAGTCATTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGATAAGCGGGAAGCTGCTATCTCTCTGACCCATGAGAATGCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106420 GTGGATAAGCGGGAAGCTGCTATCTCTCTGACCCATGAGAATGCTCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615          GCTTCGGTTGCAGGACAGGATTTGGATCATCCACCTCGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106470 GTA...TAGGCTTCGGTTGCAGGACAGGATTTGGATCATCCACCTCGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGACCTCAG         AAAGGAGCTGGACACACCTGCCCTGGGGCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106763 TGACCTCAGGTA...CAGAAAGGAGCTGGACACACCTGCCCTGGGGCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGGACCTGATTGTCAGCAACCCTCCCTACGTCTTCCACCAGGACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107749 ATGGACCTGATTGTCAGCAACCCTCCCTACGTCTTCCACCAGGACATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCAGCTGGCCCCTGAGATCCGCAG         CTATGAAGACCCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107799 GCAGCTGGCCCCTGAGATCCGCAGGTG...CAGCTATGAAGACCCCGCGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTGGATGGTGGGGAGGAGGGCATGGACATCATTACCCACATTCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108757 CCCTGGATGGTGGGGAGGAGGGCATGGACATCATTACCCACATTCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTGGCACCCCGGCTCCTGAAAGACTCTGG         TAGTATCTTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108807 TTGGCACCCCGGCTCCTGAAAGACTCTGGGTA...TAGTAGTATCTTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAAGTGGACCCAAGGCACCCGGAGCTTGTCAGCAGCTGGCTTCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109024 AGAAGTGGACCCAAGGCACCCGGAGCTTGTCAGCAGCTGGCTTCAGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGCCTGACCTGTACCTTAATCTTGTGGCTGTGCGCAGGGACTTCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 GGCCTGACCTGTACCTTAATCTTGTGGCTGTGCGCAGGGACTTCTGTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    979 AG         GCCCCGGTTCCTGCATATCCGGAGGTCTGGGCCA
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109124 AGGTA...CAGGCCCCGGTTCCTGCATATCCGGAGGTCTGGGCCA