seq1 = pF1KE2208.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KE2208/gi568815582r_267678.tfa (gi568815582r:267678_470218), 202541 bp

>pF1KE2208 768
>gi568815582r:267678_470218 (Chr16)

(complement)

1-288  (100001-100288)   100% ->
289-441  (100999-101151)   99% ->
442-576  (101584-101718)   100% ->
577-663  (101805-101891)   100% ->
664-768  (102437-102541)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCTACACAAGTATCCCGTGTGGCTCTGGAAGCGGCTGCAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCTACACAAGTATCCCGTGTGGCTCTGGAAGCGGCTGCAGCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGGCATCTGTTCCCGCCTGCCCGGCCACTACCTGCGCTCCCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGGCATCTGTTCCCGCCTGCCCGGCCACTACCTGCGCTCCCTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCGGACGCCCACTCCCGTGCACTATAGGCCTCATGGGGCCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCGGACGCCCACTCCCGTGCACTATAGGCCTCATGGGGCCAAGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGATCAACCCCAAGAACGGGCAGCGGGAGCGTGTGGAGGACGTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGATCAACCCCAAGAACGGGCAGCGGGAGCGTGTGGAGGACGTGCCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCCATCTACTTTCCCCCCGAATCCCAGCGGGGGTTGTGGGGCGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCCCATCTACTTTCCCCCCGAATCCCAGCGGGGGTTGTGGGGCGGCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTGGATCCTGGGCCAAATATATGCCAACAACGACAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100251 GCTGGATCCTGGGCCAAATATATGCCAACAACGACAAGGTG...CAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCAAGAGGCTGAAGAAAGTGTGGAAGCCACAGCTGTTTGAGCGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 TCCAAGAGGCTGAAGAAAGTGTGGAAGCCACAGCTGTTTGAGCGAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACAGTGAGATCCTGGACAAGAAGTTCACAGTGACTGTGACCATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 CTACAGTGAGATCCTGGACAAGAAGTTCACAGTGACTGTGACCATGCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCTGGACCTCATCGATGAGGCTTACGGGCTCGACTTTTACATCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 101102 CCCTGGACCTCATCGATGAGGCTTATGGGCTCGACTTTTACATCCTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          ACCCCGAAGGAGGACCTGTGCTCCAAGTTTGGGATGGACCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101152 GCA...CAGACCCCGAAGGAGGACCTGTGCTCCAAGTTTGGGATGGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGCGAGGGATGCTGCTGCGGCTTGCCCGGCAGGACCCCCAGCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101625 GAAGCGAGGGATGCTGCTGCGGCTTGCCCGGCAGGACCCCCAGCTGCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGAGGACCCCGAGCGGCGGGCAGCCATCTACGACAAGTACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101675 CCGAGGACCCCGAGCGGCGGGCAGCCATCTACGACAAGTACAAGGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577    GAATTTGCCATCCCAGAGGAGGAGGCAGAGTGGGTGGGCCTCACGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101802 TAGGAATTTGCCATCCCAGAGGAGGAGGCAGAGTGGGTGGGCCTCACGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGGAGGCCATTGAGAAGCAGAGACTTTTGGAGGAGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101852 GGAGGAGGCCATTGAGAAGCAGAGACTTTTGGAGGAGAAGGTG...CAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCTGTACCCCTGTTCAAGATCTATGTGGCGGAGCTGATCCAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102438 ACCCTGTACCCCTGTTCAAGATCTATGTGGCGGAGCTGATCCAGCAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGCAGCAGGCACTGTCAGAGCCGGCGGTGGTGCAGAAGAGAGCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102488 CAGCAGCAGGCACTGTCAGAGCCGGCGGTGGTGCAGAAGAGAGCCAGTGG

    800 
    765 CCAG
        ||||
 102538 CCAG