seq1 = pF1KE2185.tfa, 846 bp
seq2 = pF1KE2185/gi568815597r_117047661.tfa (gi568815597r:117047661_117270173), 222513 bp

>pF1KE2185 846
>gi568815597r:117047661_117270173 (Chr1)

(complement)

22-97  (99991-100067)   96% ->
98-445  (113253-113600)   100% ->
446-724  (116805-117083)   100% ->
725-846  (122392-122513)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     22 CTCTT CTGGAGCATAATTAGCATCATCATTATTCTGGCTGGAGCAATTG
        |||||-| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99991 CTCTTCCCGTAGCATAATTAGCATCATCATTATTCTGGCTGGAGCAATTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     71 CACTCATCATTGGCTTTGGTATTTCAG         GGAGACACTCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100041 CACTCATCATTGGCTTTGGTATTTCAGGTA...CAGGGAGACACTCCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 ACAGTCACTACTGTCGCCTCAGCTGGGAACATTGGGGAGGATGGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113267 ACAGTCACTACTGTCGCCTCAGCTGGGAACATTGGGGAGGATGGAATCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 GAGCTGCACTTTTGAACCTGACATCAAACTTTCTGATATCGTGATACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113317 GAGCTGCACTTTTGAACCTGACATCAAACTTTCTGATATCGTGATACAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212 GGCTGAAGGAAGGTGTTTTAGGCTTGGTCCATGAGTTCAAAGAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113367 GGCTGAAGGAAGGTGTTTTAGGCTTGGTCCATGAGTTCAAAGAAGGCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    262 GATGAGCTGTCGGAGCAGGATGAAATGTTCAGAGGCCGGACAGCAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113417 GATGAGCTGTCGGAGCAGGATGAAATGTTCAGAGGCCGGACAGCAGTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    312 TGCTGATCAAGTGATAGTTGGCAATGCCTCTTTGCGGCTGAAAAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113467 TGCTGATCAAGTGATAGTTGGCAATGCCTCTTTGCGGCTGAAAAACGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    362 AACTCACAGATGCTGGCACCTACAAATGTTATATCATCACTTCTAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113517 AACTCACAGATGCTGGCACCTACAAATGTTATATCATCACTTCTAAAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    412 AAGGGGAATGCTAACCTTGAGTATAAAACTGGAG         CCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113567 AAGGGGAATGCTAACCTTGAGTATAAAACTGGAGGTG...CAGCCTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 CATGCCGGAAGTGAATGTGGACTATAATGCCAGCTCAGAGACCTTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116812 CATGCCGGAAGTGAATGTGGACTATAATGCCAGCTCAGAGACCTTGCGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 GTGAGGCTCCCCGATGGTTCCCCCAGCCCACAGTGGTCTGGGCATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116862 GTGAGGCTCCCCGATGGTTCCCCCAGCCCACAGTGGTCTGGGCATCCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553 GTTGACCAGGGAGCCAACTTCTCGGAAGTCTCCAATACCAGCTTTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116912 GTTGACCAGGGAGCCAACTTCTCGGAAGTCTCCAATACCAGCTTTGAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603 GAACTCTGAGAATGTGACCATGAAGGTTGTGTCTGTGCTCTACAATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116962 GAACTCTGAGAATGTGACCATGAAGGTTGTGTCTGTGCTCTACAATGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653 CGATCAACAACACATACTCCTGTATGATTGAAAATGACATTGCCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117012 CGATCAACAACACATACTCCTGTATGATTGAAAATGACATTGCCAAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703 ACAGGGGATATCAAAGTGACAG         AATCGGAGATCAAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117062 ACAGGGGATATCAAAGTGACAGGTG...CAGAATCGGAGATCAAAAGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744 GAGTCACCTACAGCTGCTAAACTCAAAGGCTTCTCTGTGTGTCTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122411 GAGTCACCTACAGCTGCTAAACTCAAAGGCTTCTCTGTGTGTCTCTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 TCTTTGCCATCAGCTGGGCACTTCTGCCTCTCAGCCCTTACCTGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122461 TCTTTGCCATCAGCTGGGCACTTCTGCCTCTCAGCCCTTACCTGATGCTA

    850 
    844 AAA
        |||
 122511 AAA