seq1 = pF1KE2174.tfa, 840 bp
seq2 = pF1KE2174/gi568815579f_55549205.tfa (gi568815579f:55549205_55752743), 203539 bp

>pF1KE2174 840
>gi568815579f:55549205_55752743 (Chr19)

1-31  (99843-99873)   100% ->
32-136  (100001-100105)   100% ->
137-313  (100204-100380)   100% ->
314-526  (102079-102291)   100% ->
527-840  (103226-103539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGACCGGAGCAGTCGGAGGCGGACAA         TGAAGGACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99843 ATGAATGACCGGAGCAGTCGGAGGCGGACAAGTG...CAGTGAAGGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAGACCTTCGAGATCTCCATTCCCTTCGATGAGGCACCCCACCTAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 TGAGACCTTCGAGATCTCCATTCCCTTCGATGAGGCACCCCACCTAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGATCTTTTACAGTCTGAGCCCCTCTCGGAGAAACTTCGAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100061 CACAGATCTTTTACAGTCTGAGCCCCTCTCGGAGAAACTTCGAGGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     AGCCTCCGGAGGCTGCGTCCTCCGCCCTGGCTCTGATGAACAGCGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 .TAGAGCCTCCGGAGGCTGCGTCCTCCGCCCTGGCTCTGATGAACAGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGACCCAGCTGCACATGGCTCTGGAGAGGAACTCCTGGCTGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 CAAGACCCAGCTGCACATGGCTCTGGAGAGGAACTCCTGGCTGCAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCATCGAGGACCTGGAGGAAGAGAGGGACTTCCTGCGGTGCCAGCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 GCATCGAGGACCTGGAGGAAGAGAGGGACTTCCTGCGGTGCCAGCTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAATTCATCTCTTCTGCTCGGATGGAGGCAG         AGGACCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100350 AAATTCATCTCTTCTGCTCGGATGGAGGCAGGTG...CAGAGGACCACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGGATGAAGCCTGGGCCCAGGCGGATGGAGGGGGACAGCCGTGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102089 CCGGATGAAGCCTGGGCCCAGGCGGATGGAGGGGGACAGCCGTGGTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGGGGCGAGGCCTCGGACCCTGAGTCAGCAGCCTCCTCCCTCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102139 CTGGGGGCGAGGCCTCGGACCCTGAGTCAGCAGCCTCCTCCCTCAGCGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCGTCCGAAGAAGGCAGCGCCAGTGAGAGGAGGCGGCAGAAGCAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102189 GCGTCCGAAGAAGGCAGCGCCAGTGAGAGGAGGCGGCAGAAGCAGAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGTGCTAGTCGGAGGCGCTTTGGGAAGCCCAAGGCCCGGGAGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102239 AGGTGCTAGTCGGAGGCGCTTTGGGAAGCCCAAGGCCCGGGAGAGGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAG         TGAAGGACGCCGACGGGGTCCTCTGCCGGTACAAGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102289 GAGGTG...CAGTGAAGGACGCCGACGGGGTCCTCTGCCGGTACAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCTGGGCACCTTCCAGAAGCTCAAGAGCATGTCGCGGGCCTTCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103264 ATCCTGGGCACCTTCCAGAAGCTCAAGAGCATGTCGCGGGCCTTCGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCACCGCGTGGACAGGAACACCGTGGCGCTGACCACGCCCATCGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103314 CCACCGCGTGGACAGGAACACCGTGGCGCTGACCACGCCCATCGCCGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTCATTGTGGCCCCCGAGAAGCTGGCCGAGGTGGGCGAGTTCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103364 TGCTCATTGTGGCCCCCGAGAAGCTGGCCGAGGTGGGCGAGTTCGACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCCAAGGAGCGCCTGCTCGAGTACTCCCGCCGCTGCTTTCTGGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 TCCAAGGAGCGCCTGCTCGAGTACTCCCGCCGCTGCTTTCTGGCCCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGACGAGACGCTCAAGAAGGTGCAGGCGCTCAAGAAGAGCAAGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 CGACGAGACGCTCAAGAAGGTGCAGGCGCTCAAGAAGAGCAAGCTGCTGC

    850     .    :    .    :    .
    815 TGCCCATCACCTACCGCTTCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||
 103514 TGCCCATCACCTACCGCTTCAAGCGG