seq1 = pF1KE2129.tfa, 2793 bp
seq2 = pF1KE2129/gi568815587r_101352958.tfa (gi568815587r:101352958_101683503), 330546 bp

>pF1KE2129 2793
>gi568815587r:101352958_101683503 (Chr11)

(complement)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-945  (178706-179480)   100% ->
946-1128  (191766-191948)   100% ->
1129-1293  (194403-194567)   100% ->
1294-1510  (200339-200555)   100% ->
1511-1744  (206970-207203)   100% ->
1745-2009  (209731-209995)   100% ->
2010-2205  (211172-211367)   100% ->
2206-2409  (212118-212321)   100% ->
2410-2484  (214003-214077)   100% ->
2485-2568  (228403-228486)   98% ->
2569-2644  (229779-229854)   100% ->
2645-2793  (230398-230546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCAGAGCCCGGCGTTCGGGCCCCGGAGGGGCAGTTCTCCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCAGAGCCCGGCGTTCGGGCCCCGGAGGGGCAGTTCTCCCCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTGCCGGAGCCGCTGCGCGGCGCAACGAGAGCCAGGACTATCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTGCCGGAGCCGCTGCGCGGCGCAACGAGAGCCAGGACTATCTGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACTCGGAGCTGGGAGAAGACGGCTGCCCGCAAGCCCCGCTGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACTCGGAGCTGGGAGAAGACGGCTGCCCGCAAGCCCCGCTGCCTTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGGCTACTACCCCTGCTT         CCGGGGATCTGACAACAGACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 TACGGCTACTACCCCTGCTTGTG...CAGCCGGGGATCTGACAACAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTCACCGGCGGCAGACAGTTCTCCGTGAGAAGGGGAGAAGGTTAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178727 GGCTCACCGGCGGCAGACAGTTCTCCGTGAGAAGGGGAGAAGGTTAGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCGAGGACCAGCATACATGTTTAGTGATCGCTCCACAAGCCTATCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178777 ATCGAGGACCAGCATACATGTTTAGTGATCGCTCCACAAGCCTATCTATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGAGGAACGCTTTTTGGATGCAGCTGAATATGGTAACATCCCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178827 GAGGAGGAACGCTTTTTGGATGCAGCTGAATATGGTAACATCCCAGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGAAGATGTTAGAAGAATGCCACTCACTCAACGTTAACTGTGTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178877 GCGGAAGATGTTAGAAGAATGCCACTCACTCAACGTTAACTGTGTGGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACATGGGCCAGAATGCCCTACAGTTGGCAGTGGCCAATGAGCATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178927 ACATGGGCCAGAATGCCCTACAGTTGGCAGTGGCCAATGAGCATCTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATTACAGAACTTCTTCTCAAGAAAGAAAACCTCTCTCGAGTTGGGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178977 ATTACAGAACTTCTTCTCAAGAAAGAAAACCTCTCTCGAGTTGGGGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTGCTTCTAGCTATTAGTAAAGGTTATGTTCGGATTGTGGAAGCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179027 TTTGCTTCTAGCTATTAGTAAAGGTTATGTTCGGATTGTGGAAGCAATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCAGTCATCCGGCTTTTGCTGAAGGCAAGAGGTTAGCAACCAGCCCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179077 TCAGTCATCCGGCTTTTGCTGAAGGCAAGAGGTTAGCAACCAGCCCTAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGTCTGAACTCCAGCAAGATGATTTTTATGCCTATGATGAAGATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179127 CAGTCTGAACTCCAGCAAGATGATTTTTATGCCTATGATGAAGATGGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACGGTTCTCCCATGATGTGACTCCAATCATTCTGGCTGCCCACTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179177 ACGGTTCTCCCATGATGTGACTCCAATCATTCTGGCTGCCCACTGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AATATGAAATTGTGCATACCCTCCTGCGGAAGGGTGCTAGGATTGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179227 AATATGAAATTGTGCATACCCTCCTGCGGAAGGGTGCTAGGATTGAACGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCTCATGATTATTTCTGCAAGTGCAATGACTGCAACCAGAAACAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179277 CCTCATGATTATTTCTGCAAGTGCAATGACTGCAACCAGAAACAGAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGACTCGTTTAGCCACTCCAGATCTAGGATTAATGCCTATAAAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179327 TGACTCGTTTAGCCACTCCAGATCTAGGATTAATGCCTATAAAGGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAAGTCCGGCTTACCTGTCATTGTCTAGTGAAGATCCAGTCATGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179377 CAAGTCCGGCTTACCTGTCATTGTCTAGTGAAGATCCAGTCATGACGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTAGAACTTAGCAATGAACTGGCAGTTCTGGCCAATATTGAGAAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179427 TTAGAACTTAGCAATGAACTGGCAGTTCTGGCCAATATTGAGAAAGAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAG         AATGACTACAAAAAACTGTCAATGCAGTGCAAAGACT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179477 CAAGGTA...TAGAATGACTACAAAAAACTGTCAATGCAGTGCAAAGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTGTTGTTGGACTCCTTGATCTGTGCAGAAACACTGAAGAAGTCGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191803 TTGTTGTTGGACTCCTTGATCTGTGCAGAAACACTGAAGAAGTCGAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATTCTGAATGGGGATGTTGAAACGCTCCAGAGTGGTGATCACGGTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191853 ATTCTGAATGGGGATGTTGAAACGCTCCAGAGTGGTGATCACGGTCGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAATCTCAGCCGTTTAAAACTTGCCATTAAATATGAAGTAAAAAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 191903 AAATCTCAGCCGTTTAAAACTTGCCATTAAATATGAAGTAAAAAAAGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129      TTTGTAGCTCATCCAAACTGCCAACAGCAACTTCTCTCCATTTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191953 ..TAGTTTGTAGCTCATCCAAACTGCCAACAGCAACTTCTCTCCATTTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TATGAGAATCTTTCTGGTTTACGACAGCAGACAATGGCGGTCAAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194448 TATGAGAATCTTTCTGGTTTACGACAGCAGACAATGGCGGTCAAGTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGTGGTCCTTGCTGTTGCCATTGGACTGCCCTTCCTGGCTCTCATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194498 TGTGGTCCTTGCTGTTGCCATTGGACTGCCCTTCCTGGCTCTCATTTACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GGTTTGCTCCATGCAGCAAG         ATGGGGAAGATAATGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 194548 GGTTTGCTCCATGCAGCAAGGTA...CAGATGGGGAAGATAATGCGTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCATTCATGAAGTTTGTAGCACACGCAGCCTCCTTCACCATTTTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200360 CCATTCATGAAGTTTGTAGCACACGCAGCCTCCTTCACCATTTTTCTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ACTGCTAGTCATGAATGCAGCTGACAGATTTGAAGGCACAAAACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200410 ACTGCTAGTCATGAATGCAGCTGACAGATTTGAAGGCACAAAACTCCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CTAATGAAACCAGCACAGATAATGCAAAACAGCTGTTCAGGATGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200460 CTAATGAAACCAGCACAGATAATGCAAAACAGCTGTTCAGGATGAAAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TCCTGCTTCTCATGGATGGAGATGCTCATTATATCCTGGGTAATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 200510 TCCTGCTTCTCATGGATGGAGATGCTCATTATATCCTGGGTAATAGGTA.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511      GCATGATATGGGCTGAATGTAAAGAAATCTGGACTCAGGGCCCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200560 ..CAGGCATGATATGGGCTGAATGTAAAGAAATCTGGACTCAGGGCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGAATATTTGTTTGAGTTGTGGAACATGCTTGATTTTGGTATGTTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207015 AGGAATATTTGTTTGAGTTGTGGAACATGCTTGATTTTGGTATGTTAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATTTTCGCAGCATCATTCATTGCGAGATTCATGGCATTTTGGCATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207065 ATTTTCGCAGCATCATTCATTGCGAGATTCATGGCATTTTGGCATGCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CAAAGCCCAGAGCATCATTGACGCAAATGATACTTTGAAGGACTTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207115 CAAAGCCCAGAGCATCATTGACGCAAATGATACTTTGAAGGACTTGACGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AAGTAACATTGGGAGACAATGTGAAATACTACAATTTGG         CC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 207165 AAGTAACATTGGGAGACAATGTGAAATACTACAATTTGGGTG...TAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 AGGATAAAGTGGGACCCCTCTGATCCTCAAATAATATCTGAAGGTCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209733 AGGATAAAGTGGGACCCCTCTGATCCTCAAATAATATCTGAAGGTCTTTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TGCAATTGCTGTAGTTTTAAGTTTCTCTAGGATAGCTTATATTTTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209783 TGCAATTGCTGTAGTTTTAAGTTTCTCTAGGATAGCTTATATTTTACCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CAAATGAAAGCTTTGGACCTCTGCAGATATCACTTGGAAGAACAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209833 CAAATGAAAGCTTTGGACCTCTGCAGATATCACTTGGAAGAACAGTCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GACATCTTCAAGTTCATGGTCATATTCATTATGGTGTTTGTGGCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209883 GACATCTTCAAGTTCATGGTCATATTCATTATGGTGTTTGTGGCCTTTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GATTGGAATGTTCAATCTCTACTCCTACTACATTGGTGCAAAACAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209933 GATTGGAATGTTCAATCTCTACTCCTACTACATTGGTGCAAAACAAAATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 AAGCCTTCACAAC         AGTTGAAGAGAGTTTTAAGACACTGTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 209983 AAGCCTTCACAACGTA...CAGAGTTGAAGAGAGTTTTAAGACACTGTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 TGGGCTATATTTGGACTTTCTGAAGTGAAATCAGTGGTCATCAACTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211200 TGGGCTATATTTGGACTTTCTGAAGTGAAATCAGTGGTCATCAACTATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CCACAAATTCATTGAAAACATTGGTTACGTTCTTTATGGAGTCTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211250 CCACAAATTCATTGAAAACATTGGTTACGTTCTTTATGGAGTCTATAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 TTACGATGGTCATTGTTTTGCTAAATATGTTAATTGCCATGATCAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211300 TTACGATGGTCATTGTTTTGCTAAATATGTTAATTGCCATGATCAACAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 TCATTCCAGGAAATTGAG         GATGACGCTGATGTGGAGTGGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 211350 TCATTCCAGGAAATTGAGGTA...TAGGATGACGCTGATGTGGAGTGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 ATTTGCAAGGGCCAAACTCTGGTTTTCCTACTTTGAGGAGGGCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212141 ATTTGCAAGGGCCAAACTCTGGTTTTCCTACTTTGAGGAGGGCAGAACAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 TTCCTGTACCCTTCAATCTGGTGCCGAGTCCAAAGTCCCTGTTTTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212191 TTCCTGTACCCTTCAATCTGGTGCCGAGTCCAAAGTCCCTGTTTTATCTC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 TTACTGAAGCTTAAAAAATGGATTTCTGAGCTGTTCCAGGGCCATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212241 TTACTGAAGCTTAAAAAATGGATTTCTGAGCTGTTCCAGGGCCATAAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 AGGTTTCCAGGAAGATGCAGAGATGAACAAG         ATAAATGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 212291 AGGTTTCCAGGAAGATGCAGAGATGAACAAGGTA...AAGATAAATGAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 AAAAGAAACTTGGAATTTTAGGAAGTCATGAAGACCTTTCAAAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214013 AAAAGAAACTTGGAATTTTAGGAAGTCATGAAGACCTTTCAAAATTATCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 CTTGACAAAAAACAG         GTTGGGCACAATAAACAACCAAGTAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 214063 CTTGACAAAAAACAGGTA...CAGGTTGGGCACAATAAACAACCAAGTAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2511 AAGGAGCTCAGAAGATTTTCATCTAAATAGTTTCAATAATCCTCCAAGAC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 228429 AAGGAGCTCAGAAGATTTCCATCTAAATAGTTTCAATAATCCTCCAAGAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2561 AATATCAG         AAAATAATGAAAAGGCTCATTAAAAGATATGTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 228479 AATATCAGGTA...TAGAAAATAATGAAAAGGCTCATTAAAAGATATGTA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 CTGCAGGCCCAGATAGATAAGGAGAGTGATGAAGTGAACGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 229812 CTGCAGGCCCAGATAGATAAGGAGAGTGATGAAGTGAACGAAGGTG...A

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2645   GGGAACTGAAGGAAATTAAGCAGGACATCTCAAGTCTCCGCTATGAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230396 AGGGGAACTGAAGGAAATTAAGCAGGACATCTCAAGTCTCCGCTATGAAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 TCCTTGAAGAAAAATCTCAGAATACAGAAGACCTAGCAGAACTTATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230446 TCCTTGAAGAAAAATCTCAGAATACAGAAGACCTAGCAGAACTTATTAGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2743 GAACTTGGAGAGAAATTATCCATGGAACCAAATCAAGAGGAAACCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230496 GAACTTGGAGAGAAATTATCCATGGAACCAAATCAAGAGGAAACCAATAG

   2900 
   2793 A
        |
 230546 A