seq1 = pF1KE2116.tfa, 2625 bp
seq2 = pF1KE2116/gi568815583r_25239140.tfa (gi568815583r:25239140_25505502), 266363 bp

>pF1KE2116 2625
>gi568815583r:25239140_25505502 (Chr15)

(complement)

21-71  (99993-100042)   92% ->
72-370  (129740-130038)   100% ->
371-1617  (133691-134937)   100% ->
1618-1762  (144976-145120)   100% ->
1763-1968  (148607-148812)   100% ->
1969-2133  (149447-149611)   100% ->
2134-2289  (150820-150975)   100% ->
2290-2363  (151077-151150)   100% ->
2364-2507  (165275-165418)   100% ->
2508-2625  (166246-166363)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     21 TTATTGGAAATCAGGAGAACCTCAGTCTGACGACATTGAAGCTAGCCGAA
        ||-||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99993 TT TTACAGATCAGGAGAACCTCAGTCTGACGACATTGAAGCTAGCCGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     71 T         GAAGCGAGCAGCTGCAAAGCATCTAATAGAACGCTACTAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 TGTA...CAGGAAGCGAGCAGCTGCAAAGCATCTAATAGAACGCTACTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 CACCAGTTAACTGAGGGCTGTGGAAATGAAGCCTGCACGAATGAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129780 CACCAGTTAACTGAGGGCTGTGGAAATGAAGCCTGCACGAATGAGTTTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 TGCTTCCTGTCCAACTTTTCTTCGTATGGATAATAATGCAGCAGCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129830 TGCTTCCTGTCCAACTTTTCTTCGTATGGATAATAATGCAGCAGCTATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    212 AAGCCCTCGAGCTTTATAAGATTAATGCAAAACTCTGTGATCCTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129880 AAGCCCTCGAGCTTTATAAGATTAATGCAAAACTCTGTGATCCTCATCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    262 TCCAAGAAAGGAGCAAGCTCAGCTTACCTTGAGAACTCGAAAGGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129930 TCCAAGAAAGGAGCAAGCTCAGCTTACCTTGAGAACTCGAAAGGTGCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    312 CAACAACTCCTGCTCTGAGATAAAAATGAACAAGAAAGGCGCTAGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129980 CAACAACTCCTGCTCTGAGATAAAAATGAACAAGAAAGGCGCTAGAATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    362 ATTTTAAAG         ATGTGACTTACTTAACAGAAGAGAAGGTATAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 130030 ATTTTAAAGGTA...TAGATGTGACTTACTTAACAGAAGAGAAGGTATAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    403 GAAATTCTTGAATTATGTAGAGAAAGAGAGGATTATTCCCCTTTAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133723 GAAATTCTTGAATTATGTAGAGAAAGAGAGGATTATTCCCCTTTAATCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    453 TGTTATTGGAAGAGTTTTTTCTAGTGCTGAGGCATTGGTACAGAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133773 TGTTATTGGAAGAGTTTTTTCTAGTGCTGAGGCATTGGTACAGAGCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503 GGAAAGTTAAACAACACACCAAGGAAGAACTGAAATCTCTTCAAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133823 GGAAAGTTAAACAACACACCAAGGAAGAACTGAAATCTCTTCAAGCAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    553 GATGAAGACAAAGATGAAGATGAAAAGGAAAAAGCTGCATGTTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133873 GATGAAGACAAAGATGAAGATGAAAAGGAAAAAGCTGCATGTTCTGCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603 TGCTATGGAAGAAGACTCAGAAGCATCTTCCTCAAGGATAGGTGATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133923 TGCTATGGAAGAAGACTCAGAAGCATCTTCCTCAAGGATAGGTGATAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653 CACAGGGAGACAACAATTTGCAAAAATTAGGCCCTGATGATGTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133973 CACAGGGAGACAACAATTTGCAAAAATTAGGCCCTGATGATGTGTCTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703 GATATTGATGCCATTAGAAGGGTCTACACCAGATTGCTCTCTAATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134023 GATATTGATGCCATTAGAAGGGTCTACACCAGATTGCTCTCTAATGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 AATTGAAACTGCCTTTCTCAATGCACTTGTATATTTGTCACCTAACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134073 AATTGAAACTGCCTTTCTCAATGCACTTGTATATTTGTCACCTAACGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 AATGTGACTTGACGTATCACAATGTATACTCTCGAGATCCTAATTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134123 AATGTGACTTGACGTATCACAATGTATACTCTCGAGATCCTAATTATCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853 AATTTGTTCATTATCGTAATGGAGAATAGAAATCTCCACAGTCCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134173 AATTTGTTCATTATCGTAATGGAGAATAGAAATCTCCACAGTCCTGAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 TCTGGAAATGGCTTTGCCATTATTTTGCAAAGCGATGAGCAAGCTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134223 TCTGGAAATGGCTTTGCCATTATTTTGCAAAGCGATGAGCAAGCTACCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 TTGCAGCCCAAGGAAAACTGATCAGACTGTGGTCTAAATACAATGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134273 TTGCAGCCCAAGGAAAACTGATCAGACTGTGGTCTAAATACAATGCAGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 CAGATTCGGAGAATGATGGAGACATTTCAGCAACTTATTACTTATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134323 CAGATTCGGAGAATGATGGAGACATTTCAGCAACTTATTACTTATAAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 CATAAGCAATGAATTTAACAGTCGAAATCTAGTGAATGATGATGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134373 CATAAGCAATGAATTTAACAGTCGAAATCTAGTGAATGATGATGATGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103 TTGTTGCTGCTTCGAAGTGCTTGAAAATGGTTTACTATGCAAATGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134423 TTGTTGCTGCTTCGAAGTGCTTGAAAATGGTTTACTATGCAAATGTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153 GGAGGGGAAGTGGACACAAATCACAATGAAGAAGATGATGAAGAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134473 GGAGGGGAAGTGGACACAAATCACAATGAAGAAGATGATGAAGAGCCCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203 CCCTGAGTCCAGCGAGCTGACACTTCAGGAACTTTTGGGAGAAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134523 CCCTGAGTCCAGCGAGCTGACACTTCAGGAACTTTTGGGAGAAGAAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1253 GAAACAAGAAAGGTCCTCGAGTGGACCCCCTGGAAACTGAACTTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134573 GAAACAAGAAAGGTCCTCGAGTGGACCCCCTGGAAACTGAACTTGGTGTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303 AAAACCCTGGATTGTCGAAAACCACTTATCCCTTTTGAAGAGTTTATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134623 AAAACCCTGGATTGTCGAAAACCACTTATCCCTTTTGAAGAGTTTATTAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1353 TGAACCACTGAATGAGGTTCTAGAAATGGATAAAGATTATACTTTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134673 TGAACCACTGAATGAGGTTCTAGAAATGGATAAAGATTATACTTTTTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1403 AAGTAGAAACAGAGAACAAATTCTCTTTTATGACATGTCCCTTTATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134723 AAGTAGAAACAGAGAACAAATTCTCTTTTATGACATGTCCCTTTATATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1453 AATGCTGTCACAAAGAATTTGGGATTATATTATGACAATAGAATTCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134773 AATGCTGTCACAAAGAATTTGGGATTATATTATGACAATAGAATTCGCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1503 GTACAGTGAACGAAGAATCACTGTTCTCTACAGCTTAGTTCAAGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134823 GTACAGTGAACGAAGAATCACTGTTCTCTACAGCTTAGTTCAAGGACAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1553 AGTTGAATCCATATTTGAGACTCAAAGTTAGACGTGACCATATCATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134873 AGTTGAATCCATATTTGAGACTCAAAGTTAGACGTGACCATATCATAGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1603 GATGCACTTGTCCGG         CTAGAGATGATCGCTATGGAAAATCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134923 GATGCACTTGTCCGGGTA...TAGCTAGAGATGATCGCTATGGAAAATCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644 TGCAGACTTGAAGAAGCAGTTGTATGTGGAATTTGAAGGAGAACAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145002 TGCAGACTTGAAGAAGCAGTTGTATGTGGAATTTGAAGGAGAACAAGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1694 TTGATGAGGGAGGTGTTTCCAAAGAATTTTTTCAGCTGGTTGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145052 TTGATGAGGGAGGTGTTTCCAAAGAATTTTTTCAGCTGGTTGTGGAGGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744 ATCTTCAATCCAGATATTG         GTATGTTCACATACGATGAATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145102 ATCTTCAATCCAGATATTGGTA...TAGGTATGTTCACATACGATGAATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1785 TACAAAATTGTTTTGGTTTAATCCATCTTCTTTTGAAACTGAGGGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148629 TACAAAATTGTTTTGGTTTAATCCATCTTCTTTTGAAACTGAGGGTCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1835 TTACTCTGATTGGCATAGTACTGGGTCTGGCTATTTACAATAACTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148679 TTACTCTGATTGGCATAGTACTGGGTCTGGCTATTTACAATAACTGTATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885 CTGGATGTACATTTTCCCATGGTTGTCTACAGGAAGCTAATGGGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148729 CTGGATGTACATTTTCCCATGGTTGTCTACAGGAAGCTAATGGGGAAAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1935 AGGAACTTTTCGTGACTTGGGAGACTCTCACCCA         GTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 148779 AGGAACTTTTCGTGACTTGGGAGACTCTCACCCAGTA...TAGGTTCTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1976 ATCAGAGTTTAAAAGATTTATTGGAGTATGAAGGGAATGTGGAAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149454 ATCAGAGTTTAAAAGATTTATTGGAGTATGAAGGGAATGTGGAAGATGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2026 ATGATGATCACTTTCCAGATATCACAGACAGATCTTTTTGGTAACCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149504 ATGATGATCACTTTCCAGATATCACAGACAGATCTTTTTGGTAACCCAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2076 GATGTATGATCTAAAGGAAAATGGTGATAAAATTCCAATTACAAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149554 GATGTATGATCTAAAGGAAAATGGTGATAAAATTCCAATTACAAATGAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2126 ACAGGAAG         GAATTTGTCAATCTTTATTCTGACTACATTCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149604 ACAGGAAGGTA...CAGGAATTTGTCAATCTTTATTCTGACTACATTCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2167 AATAAATCAGTAGAAAAACAGTTCAAGGCTTTTCGGAGAGGTTTTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150853 AATAAATCAGTAGAAAAACAGTTCAAGGCTTTTCGGAGAGGTTTTCATAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2217 GGTGACCAATGAATCTCCCTTAAAGTACTTATTCAGACCAGAAGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150903 GGTGACCAATGAATCTCCCTTAAAGTACTTATTCAGACCAGAAGAAATTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2267 AATTGCTTATATGTGGAAGCCGG         AATCTAGATTTCCAAGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 150953 AATTGCTTATATGTGGAAGCCGGGTA...CAGAATCTAGATTTCCAAGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2308 CTAGAAGAAACTACAGAATATGACGGTGGCTATACCAGGGACTCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151095 CTAGAAGAAACTACAGAATATGACGGTGGCTATACCAGGGACTCTGTTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2358 GATTAG         GGAGTTCTGGGAAATCGTTCATTCATTTACAGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151145 GATTAGGTG...TAGGGAGTTCTGGGAAATCGTTCATTCATTTACAGATG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2399 AACAGAAAAGACTCTTCTTGCAGTTTACAACGGGCACAGACAGAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165310 AACAGAAAAGACTCTTCTTGCAGTTTACAACGGGCACAGACAGAGCACCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2449 GTGGGAGGACTAGGAAAATTAAAGATGATTATAGCCAAAAATGGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165360 GTGGGAGGACTAGGAAAATTAAAGATGATTATAGCCAAAAATGGCCCAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2499 CACAGAAAG         GTTACCTACATCTCATACTTGCTTTAATGTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 165410 CACAGAAAGGTA...TAGGTTACCTACATCTCATACTTGCTTTAATGTGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2540 TTTTACTTCCGGAATACTCAAGCAAAGAAAAACTTAAAGAGAGATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166278 TTTTACTTCCGGAATACTCAAGCAAAGAAAAACTTAAAGAGAGATTGTTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .
   2590 AAGGCCATCACGTATGCCAAAGGATTTGGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166328 AAGGCCATCACGTATGCCAAAGGATTTGGCATGCTG