seq1 = pF1KE2114.tfa, 2646 bp
seq2 = pF1KE2114/gi568815582f_68638295.tfa (gi568815582f:68638295_68933496), 295202 bp

>pF1KE2114 2646
>gi568815582f:68638295_68933496 (Chr16)

1-48  (99122-99169)   100% ->
49-163  (100003-100117)   100% ->
164-387  (163376-163599)   100% ->
388-531  (170130-170273)   100% ->
532-687  (170399-170554)   100% ->
688-832  (171903-172047)   100% ->
833-1008  (173390-173565)   100% ->
1009-1137  (173841-173969)   100% ->
1138-1320  (175019-175201)   100% ->
1321-1565  (177221-177465)   100% ->
1566-1711  (180986-181131)   100% ->
1712-1936  (183707-183931)   100% ->
1937-2164  (185105-185332)   100% ->
2165-2295  (189880-190010)   100% ->
2296-2439  (191360-191503)   100% ->
2440-2646  (194996-195202)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCTTGGAGCCGCAGCCTCTCGGCGCTGCTGCTGCTGCTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
  99122 ATGGGCCCTTGGAGCCGCAGCCTCTCGGCGCTGCTGCTGCTGCTGCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTCTCCTCTTGGCTCTGCCAGGAGCCGGAGCCCTGCCACCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99172 A...CAGGTCTCCTCTTGGCTCTGCCAGGAGCCGGAGCCCTGCCACCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTTGACGCCGAGAGCTACACGTTCACGGTGCCCCGGCGCCACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GCTTTGACGCCGAGAGCTACACGTTCACGGTGCCCCGGCGCCACCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCCGCGTCCTGGGCAGAG         TGAATTTTGAAGATTGCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100096 AGAGGCCGCGTCCTGGGCAGAGGTG...CAGTGAATTTTGAAGATTGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGTCGACAAAGGACAGCCTATTTTTCCCTCGACACCCGATTCAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163395 CGGTCGACAAAGGACAGCCTATTTTTCCCTCGACACCCGATTCAAAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACAGATGGTGTGATTACAGTCAAAAGGCCTCTACGGTTTCATAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163445 GCACAGATGGTGTGATTACAGTCAAAAGGCCTCTACGGTTTCATAACCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGATCCATTTCTTGGTCTACGCCTGGGACTCCACCTACAGAAAGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163495 CAGATCCATTTCTTGGTCTACGCCTGGGACTCCACCTACAGAAAGTTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCAAAGTCACGCTGAATACAGTGGGGCACCACCACCGCCCCCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163545 CACCAAAGTCACGCTGAATACAGTGGGGCACCACCACCGCCCCCCGCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCAG         GCCTCCGTTTCTGGAATCCAAGCAGAATTGCTCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163595 ATCAGGTA...TAGGCCTCCGTTTCTGGAATCCAAGCAGAATTGCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTCCCAACTCCTCTCCTGGCCTCAGAAGACAGAAGAGAGACTGGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170166 TTTCCCAACTCCTCTCCTGGCCTCAGAAGACAGAAGAGAGACTGGGTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCTCCCATCAGCTGCCCAGAAAATGAAAAAGGCCCATTTCCTAAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170216 TCCTCCCATCAGCTGCCCAGAAAATGAAAAAGGCCCATTTCCTAAAAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTTCAG         ATCAAATCCAACAAAGACAAAGAAGGCAAGGTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 170266 TGGTTCAGGTA...CAGATCAAATCCAACAAAGACAAAGAAGGCAAGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTACAGCATCACTGGCCAAGGAGCTGACACACCCCCTGTTGGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170432 TTCTACAGCATCACTGGCCAAGGAGCTGACACACCCCCTGTTGGTGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATTATTGAAAGAGAAACAGGATGGCTGAAGGTGACAGAGCCTCTGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170482 TATTATTGAAAGAGAAACAGGATGGCTGAAGGTGACAGAGCCTCTGGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGAACGCATTGCCACATACACT         CTCTTCTCTCACGCTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 170532 GAGAACGCATTGCCACATACACTGTA...CAGCTCTTCTCTCACGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCATCCAACGGGAATGCAGTTGAGGATCCAATGGAGATTTTGATCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171921 TCATCCAACGGGAATGCAGTTGAGGATCCAATGGAGATTTTGATCACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AACCGATCAGAATGACAACAAGCCCGAATTCACCCAGGAGGTCTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171971 AACCGATCAGAATGACAACAAGCCCGAATTCACCCAGGAGGTCTTTAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGTCTGTCATGGAAGGTGCTCTTCCAG         GAACCTCTGTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172021 GGTCTGTCATGGAAGGTGCTCTTCCAGGTA...CAGGAACCTCTGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGTCACAGCCACAGACGCGGACGATGATGTGAACACCTACAATGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173404 GAGGTCACAGCCACAGACGCGGACGATGATGTGAACACCTACAATGCCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCGCTTACACCATCCTCAGCCAAGATCCTGAGCTCCCTGACAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173454 CATCGCTTACACCATCCTCAGCCAAGATCCTGAGCTCCCTGACAAAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGTTCACCATTAACAGGAACACAGGAGTCATCAGTGTGGTCACCACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173504 TGTTCACCATTAACAGGAACACAGGAGTCATCAGTGTGGTCACCACTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGACCGAGAG         AGTTTCCCTACGTATACCCTGGTGGTTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 173554 CTGGACCGAGAGGTC...CAGAGTTTCCCTACGTATACCCTGGTGGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCTGCTGACCTTCAAGGTGAGGGGTTAAGCACAACAGCAACAGCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173870 AGCTGCTGACCTTCAAGGTGAGGGGTTAAGCACAACAGCAACAGCTGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCACAGTCACTGACACCAACGATAATCCTCCGATCTTCAATCCCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173920 TCACAGTCACTGACACCAACGATAATCCTCCGATCTTCAATCCCACCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138          TACAAGGGTCAGGTGCCTGAGAACGAGGCTAACGTCGTAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173970 GTA...CAGTACAAGGGTCAGGTGCCTGAGAACGAGGCTAACGTCGTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CACCACACTGAAAGTGACTGATGCTGATGCCCCCAATACCCCAGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175060 CACCACACTGAAAGTGACTGATGCTGATGCCCCCAATACCCCAGCGTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGCTGTATACACCATATTGAATGATGATGGTGGACAATTTGTCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175110 AGGCTGTATACACCATATTGAATGATGATGGTGGACAATTTGTCGTCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACAAATCCAGTGAACAACGATGGCATTTTGAAAACAGCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 175160 ACAAATCCAGTGAACAACGATGGCATTTTGAAAACAGCAAAGGTT...TA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321  GGCTTGGATTTTGAGGCCAAGCAGCAGTACATTCTACACGTAGCAGTGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177220 GGGCTTGGATTTTGAGGCCAAGCAGCAGTACATTCTACACGTAGCAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CGAATGTGGTACCTTTTGAGGTCTCTCTCACCACCTCCACAGCCACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177270 CGAATGTGGTACCTTTTGAGGTCTCTCTCACCACCTCCACAGCCACCGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCGTGGATGTGCTGGATGTGAATGAAGCCCCCATCTTTGTGCCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177320 ACCGTGGATGTGCTGGATGTGAATGAAGCCCCCATCTTTGTGCCTCCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAAGAGAGTGGAAGTGTCCGAGGACTTTGGCGTGGGCCAGGAAATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177370 AAAGAGAGTGGAAGTGTCCGAGGACTTTGGCGTGGGCCAGGAAATCACAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCTACACTGCCCAGGAGCCAGACACATTTATGGAACAGAAAATAAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 177420 CCTACACTGCCCAGGAGCCAGACACATTTATGGAACAGAAAATAACGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566      ATATCGGATTTGGAGAGACACTGCCAACTGGCTGGAGATTAATCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177470 ..CAGATATCGGATTTGGAGAGACACTGCCAACTGGCTGGAGATTAATCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGACACTGGTGCCATTTCCACTCGGGCTGAGCTGGACAGGGAGGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181031 GGACACTGGTGCCATTTCCACTCGGGCTGAGCTGGACAGGGAGGATTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGCACGTGAAGAACAGCACGTACACAGCCCTAATCATAGCTACAGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181081 AGCACGTGAAGAACAGCACGTACACAGCCCTAATCATAGCTACAGACAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 G         GTTCTCCAGTTGCTACTGGAACAGGGACACTTCTGCTGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181131 GGTA...TAGGTTCTCCAGTTGCTACTGGAACAGGGACACTTCTGCTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CCTGTCTGATGTGAATGACAACGCCCCCATACCAGAACCTCGAACTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183747 CCTGTCTGATGTGAATGACAACGCCCCCATACCAGAACCTCGAACTATAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TCTTCTGTGAGAGGAATCCAAAGCCTCAGGTCATAAACATCATTGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183797 TCTTCTGTGAGAGGAATCCAAAGCCTCAGGTCATAAACATCATTGATGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GACCTTCCTCCCAATACATCTCCCTTCACAGCAGAACTAACACACGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183847 GACCTTCCTCCCAATACATCTCCCTTCACAGCAGAACTAACACACGGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GAGTGCCAACTGGACCATTCAGTACAACGACCCAA         CCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 183897 GAGTGCCAACTGGACCATTCAGTACAACGACCCAAGTG...CAGCCCAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AATCTATCATTTTGAAGCCAAAGATGGCCTTAGAGGTGGGTGACTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185111 AATCTATCATTTTGAAGCCAAAGATGGCCTTAGAGGTGGGTGACTACAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 ATCAATCTCAAGCTCATGGATAACCAGAATAAAGACCAAGTGACCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185161 ATCAATCTCAAGCTCATGGATAACCAGAATAAAGACCAAGTGACCACCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AGAGGTCAGCGTGTGTGACTGTGAAGGGGCCGCTGGCGTCTGTAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185211 AGAGGTCAGCGTGTGTGACTGTGAAGGGGCCGCTGGCGTCTGTAGGAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CACAGCCTGTCGAAGCAGGATTGCAAATTCCTGCCATTCTGGGGATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185261 CACAGCCTGTCGAAGCAGGATTGCAAATTCCTGCCATTCTGGGGATTCTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GGAGGAATTCTTGCTTTGCTAA         TTCTGATTCTGCTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 185311 GGAGGAATTCTTGCTTTGCTAAGTA...CAGTTCTGATTCTGCTGCTCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GCTGTTTCTTCGGAGGAGAGCGGTGGTCAAAGAGCCCTTACTGCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189899 GCTGTTTCTTCGGAGGAGAGCGGTGGTCAAAGAGCCCTTACTGCCCCCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AGGATGACACCCGGGACAACGTTTATTACTATGATGAAGAAGGAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189949 AGGATGACACCCGGGACAACGTTTATTACTATGATGAAGAAGGAGGCGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GAAGAGGACCAG         GACTTTGACTTGAGCCAGCTGCACAGGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 189999 GAAGAGGACCAGGTG...AAGGACTTTGACTTGAGCCAGCTGCACAGGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CCTGGACGCTCGGCCTGAAGTGACTCGTAACGACGTTGCACCAACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191389 CCTGGACGCTCGGCCTGAAGTGACTCGTAACGACGTTGCACCAACCCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 TGAGTGTCCCCCGGTATCTTCCCCGCCCTGCCAATCCCGATGAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191439 TGAGTGTCCCCCGGTATCTTCCCCGCCCTGCCAATCCCGATGAAATTGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 AATTTTATTGATGAA         AATCTGAAAGCGGCTGATACTGACCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 191489 AATTTTATTGATGAAGTA...TAGAATCTGAAAGCGGCTGATACTGACCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CACAGCCCCGCCTTATGATTCTCTGCTCGTGTTTGACTATGAAGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195022 CACAGCCCCGCCTTATGATTCTCTGCTCGTGTTTGACTATGAAGGAAGCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 GTTCCGAAGCTGCTAGTCTGAGCTCCCTGAACTCCTCAGAGTCAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195072 GTTCCGAAGCTGCTAGTCTGAGCTCCCTGAACTCCTCAGAGTCAGACAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 GACCAGGACTATGACTACTTGAACGAATGGGGCAATCGCTTCAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195122 GACCAGGACTATGACTACTTGAACGAATGGGGCAATCGCTTCAAGAAGCT

   2750     .    :    .    :    .    :
   2616 GGCTGACATGTACGGAGGCGGCGAGGACGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 195172 GGCTGACATGTACGGAGGCGGCGAGGACGAC