seq1 = pF1KE2105.tfa, 2517 bp
seq2 = pF1KE2105/gi568815589f_117604473.tfa (gi568815589f:117604473_117814645), 210173 bp

>pF1KE2105 2517
>gi568815589f:117604473_117814645 (Chr9)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-260  (104091-104257)   100% ->
261-2517  (107917-110173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCTGCCTCGCGCCTGGCTGGGACTCTGATCCCAGCCATGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCTGCCTCGCGCCTGGCTGGGACTCTGATCCCAGCCATGGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCTCCTGCGTGAGACCAGAAAGCTGGGAGCCCTGCGTGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 CCTCTCCTGCGTGAGACCAGAAAGCTGGGAGCCCTGCGTGGAGGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GTGGTTCCTAATATTACTTATCAATGCATGGAGCTGAATTTCTACAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104089 AGGTGGTTCCTAATATTACTTATCAATGCATGGAGCTGAATTTCTACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCCGACAACCTCCCCTTCTCAACCAAGAACCTGGACCTGAGCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104139 ATCCCCGACAACCTCCCCTTCTCAACCAAGAACCTGGACCTGAGCTTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCCTGAGGCATTTAGGCAGCTATAGCTTCTTCAGTTTCCCAGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104189 TCCCCTGAGGCATTTAGGCAGCTATAGCTTCTTCAGTTTCCCAGAACTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTGCTGGATTTATCCAG         GTGTGAAATCCAGACAATTGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104239 AGGTGCTGGATTTATCCAGGTA...TAGGTGTGAAATCCAGACAATTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGGGGCATATCAGAGCCTAAGCCACCTCTCTACCTTAATATTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107939 GATGGGGCATATCAGAGCCTAAGCCACCTCTCTACCTTAATATTGACAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAACCCCATCCAGAGTTTAGCCCTGGGAGCCTTTTCTGGACTATCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107989 AAACCCCATCCAGAGTTTAGCCCTGGGAGCCTTTTCTGGACTATCAAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACAGAAGCTGGTGGCTGTGGAGACAAATCTAGCATCTCTAGAGAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108039 TACAGAAGCTGGTGGCTGTGGAGACAAATCTAGCATCTCTAGAGAACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCCATTGGACATCTCAAAACTTTGAAAGAACTTAATGTGGCTCACAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108089 CCCATTGGACATCTCAAAACTTTGAAAGAACTTAATGTGGCTCACAATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATCCAATCTTTCAAATTACCTGAGTATTTTTCTAATCTGACCAATCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108139 TATCCAATCTTTCAAATTACCTGAGTATTTTTCTAATCTGACCAATCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCACTTGGACCTTTCCAGCAACAAGATTCAAAGTATTTATTGCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108189 AGCACTTGGACCTTTCCAGCAACAAGATTCAAAGTATTTATTGCACAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGCGGGTTCTACATCAAATGCCCCTACTCAATCTCTCTTTAGACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108239 TTGCGGGTTCTACATCAAATGCCCCTACTCAATCTCTCTTTAGACCTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTGAACCCTATGAACTTTATCCAACCAGGTGCATTTAAAGAAATTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108289 CCTGAACCCTATGAACTTTATCCAACCAGGTGCATTTAAAGAAATTAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTCATAAGCTGACTTTAAGAAATAATTTTGATAGTTTAAATGTAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108339 TTCATAAGCTGACTTTAAGAAATAATTTTGATAGTTTAAATGTAATGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACTTGTATTCAAGGTCTGGCTGGTTTAGAAGTCCATCGTTTGGTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108389 ACTTGTATTCAAGGTCTGGCTGGTTTAGAAGTCCATCGTTTGGTTCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAATTTAGAAATGAAGGAAACTTGGAAAAGTTTGACAAATCTGCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108439 AGAATTTAGAAATGAAGGAAACTTGGAAAAGTTTGACAAATCTGCTCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGGCCTGTGCAATTTGACCATTGAAGAATTCCGATTAGCATACTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108489 AGGGCCTGTGCAATTTGACCATTGAAGAATTCCGATTAGCATACTTAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TACTACCTCGATGATATTATTGACTTATTTAATTGTTTGACAAATGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108539 TACTACCTCGATGATATTATTGACTTATTTAATTGTTTGACAAATGTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTCATTTTCCCTGGTGAGTGTGACTATTGAAAGGGTAAAAGACTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108589 TTCATTTTCCCTGGTGAGTGTGACTATTGAAAGGGTAAAAGACTTTTCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATAATTTCGGATGGCAACATTTAGAATTAGTTAACTGTAAATTTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108639 ATAATTTCGGATGGCAACATTTAGAATTAGTTAACTGTAAATTTGGACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTTCCCACATTGAAACTCAAATCTCTCAAAAGGCTTACTTTCACTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108689 TTTCCCACATTGAAACTCAAATCTCTCAAAAGGCTTACTTTCACTTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAAAGGTGGGAATGCTTTTTCAGAAGTTGATCTACCAAGCCTTGAGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108739 CAAAGGTGGGAATGCTTTTTCAGAAGTTGATCTACCAAGCCTTGAGTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TAGATCTCAGTAGAAATGGCTTGAGTTTCAAAGGTTGCTGTTCTCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108789 TAGATCTCAGTAGAAATGGCTTGAGTTTCAAAGGTTGCTGTTCTCAAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GATTTTGGGACAACCAGCCTAAAGTATTTAGATCTGAGCTTCAATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108839 GATTTTGGGACAACCAGCCTAAAGTATTTAGATCTGAGCTTCAATGGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TATTACCATGAGTTCAAACTTCTTGGGCTTAGAACAACTAGAACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108889 TATTACCATGAGTTCAAACTTCTTGGGCTTAGAACAACTAGAACATCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ATTTCCAGCATTCCAATTTGAAACAAATGAGTGAGTTTTCAGTATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108939 ATTTCCAGCATTCCAATTTGAAACAAATGAGTGAGTTTTCAGTATTCCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCACTCAGAAACCTCATTTACCTTGACATTTCTCATACTCACACCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108989 TCACTCAGAAACCTCATTTACCTTGACATTTCTCATACTCACACCAGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGCTTTCAATGGCATCTTCAATGGCTTGTCCAGTCTCGAAGTCTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109039 TGCTTTCAATGGCATCTTCAATGGCTTGTCCAGTCTCGAAGTCTTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TGGCTGGCAATTCTTTCCAGGAAAACTTCCTTCCAGATATCTTCACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109089 TGGCTGGCAATTCTTTCCAGGAAAACTTCCTTCCAGATATCTTCACAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CTGAGAAACTTGACCTTCCTGGACCTCTCTCAGTGTCAACTGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109139 CTGAGAAACTTGACCTTCCTGGACCTCTCTCAGTGTCAACTGGAGCAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GTCTCCAACAGCATTTAACTCACTCTCCAGTCTTCAGGTACTAAATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109189 GTCTCCAACAGCATTTAACTCACTCTCCAGTCTTCAGGTACTAAATATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GCCACAACAACTTCTTTTCATTGGATACGTTTCCTTATAAGTGTCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109239 GCCACAACAACTTCTTTTCATTGGATACGTTTCCTTATAAGTGTCTGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TCCCTCCAGGTTCTTGATTACAGTCTCAATCACATAATGACTTCCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109289 TCCCTCCAGGTTCTTGATTACAGTCTCAATCACATAATGACTTCCAAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 ACAGGAACTACAGCATTTTCCAAGTAGTCTAGCTTTCTTAAATCTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109339 ACAGGAACTACAGCATTTTCCAAGTAGTCTAGCTTTCTTAAATCTTACTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 AGAATGACTTTGCTTGTACTTGTGAACACCAGAGTTTCCTGCAATGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109389 AGAATGACTTTGCTTGTACTTGTGAACACCAGAGTTTCCTGCAATGGATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 AAGGACCAGAGGCAGCTCTTGGTGGAAGTTGAACGAATGGAATGTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109439 AAGGACCAGAGGCAGCTCTTGGTGGAAGTTGAACGAATGGAATGTGCAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 ACCTTCAGATAAGCAGGGCATGCCTGTGCTGAGTTTGAATATCACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109489 ACCTTCAGATAAGCAGGGCATGCCTGTGCTGAGTTTGAATATCACCTGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 AGATGAATAAGACCATCATTGGTGTGTCGGTCCTCAGTGTGCTTGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 AGATGAATAAGACCATCATTGGTGTGTCGGTCCTCAGTGTGCTTGTAGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TCTGTTGTAGCAGTTCTGGTCTATAAGTTCTATTTTCACCTGATGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109589 TCTGTTGTAGCAGTTCTGGTCTATAAGTTCTATTTTCACCTGATGCTTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TGCTGGCTGCATAAAGTATGGTAGAGGTGAAAACATCTATGATGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109639 TGCTGGCTGCATAAAGTATGGTAGAGGTGAAAACATCTATGATGCCTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 TTATCTACTCAAGCCAGGATGAGGACTGGGTAAGGAATGAGCTAGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109689 TTATCTACTCAAGCCAGGATGAGGACTGGGTAAGGAATGAGCTAGTAAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 AATTTAGAAGAAGGGGTGCCTCCATTTCAGCTCTGCCTTCACTACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109739 AATTTAGAAGAAGGGGTGCCTCCATTTCAGCTCTGCCTTCACTACAGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 CTTTATTCCCGGTGTGGCCATTGCTGCCAACATCATCCATGAAGGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 CTTTATTCCCGGTGTGGCCATTGCTGCCAACATCATCCATGAAGGTTTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 ATAAAAGCCGAAAGGTGATTGTTGTGGTGTCCCAGCACTTCATCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109839 ATAAAAGCCGAAAGGTGATTGTTGTGGTGTCCCAGCACTTCATCCAGAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 CGCTGGTGTATCTTTGAATATGAGATTGCTCAGACCTGGCAGTTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109889 CGCTGGTGTATCTTTGAATATGAGATTGCTCAGACCTGGCAGTTTCTGAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 CAGTCGTGCTGGTATCATCTTCATTGTCCTGCAGAAGGTGGAGAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 CAGTCGTGCTGGTATCATCTTCATTGTCCTGCAGAAGGTGGAGAAGACCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 TGCTCAGGCAGCAGGTGGAGCTGTACCGCCTTCTCAGCAGGAACACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109989 TGCTCAGGCAGCAGGTGGAGCTGTACCGCCTTCTCAGCAGGAACACTTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 CTGGAGTGGGAGGACAGTGTCCTGGGGCGGCACATCTTCTGGAGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110039 CTGGAGTGGGAGGACAGTGTCCTGGGGCGGCACATCTTCTGGAGACGACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CAGAAAAGCCCTGCTGGATGGTAAATCATGGAATCCAGAAGGAACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110089 CAGAAAAGCCCTGCTGGATGGTAAATCATGGAATCCAGAAGGAACAGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .
   2483 GTACAGGATGCAATTGGCAGGAAGCAACATCTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110139 GTACAGGATGCAATTGGCAGGAAGCAACATCTATC