seq1 = pF1KE2098.tfa, 2436 bp
seq2 = pF1KE2098/gi568815597r_46178868.tfa (gi568815597r:46178868_46403322), 224455 bp

>pF1KE2098 2436
>gi568815597r:46178868_46403322 (Chr1)

(complement)

1-199  (100001-100199)   100% ->
200-286  (104953-105039)   100% ->
287-357  (105690-105760)   100% ->
358-1495  (116824-117961)   100% ->
1496-1756  (121938-122198)   100% ->
1757-1921  (122763-122927)   100% ->
1922-2020  (123033-123131)   100% ->
2021-2143  (123709-123831)   100% ->
2144-2219  (124066-124141)   100% ->
2220-2436  (124239-124455)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCCCGAGGCCTGGCGCGCCCGGAGTTGCTGGTTCTGTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCCCGAGGCCTGGCGCGCCCGGAGTTGCTGGTTCTGTGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGCGGCAACGACCATGGAGGCCACGTCCCGGGAGGCGGCGCCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGCGGCAACGACCATGGAGGCCACGTCCCGGGAGGCGGCGCCAGCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCTCGGCCTCGGGCCCCAACGCTCCCCCCGCCCTGTTCGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGCTCGGCCTCGGGCCCCAACGCTCCCCCCGCCCTGTTCGAGCTGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCGGGCGGTGAGCGCCCATATGGGGGTTCTGGAGAGCGGGGTGTGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 GGGCGGGCGGTGAGCGCCCATATGGGGGTTCTGGAGAGCGGGGTGTGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         CCCTCCCAGGCCCAATACTTCAAAGCATCCTACCTCTGCTCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TA...TAGCCCTCCCAGGCCCAATACTTCAAAGCATCCTACCTCTGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATATATATTACTTGGAGAGGATTGAGGAAACTGCCCTCAAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104995 ATATATATTACTTGGAGAGGATTGAGGAAACTGCCCTCAAGAAAGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     GCCTCTCAACTCAGGCCATCTGGCGCCGACTCTGGGATGAACTGAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105045 .CAGGCCTCTCAACTCAGGCCATCTGGCGCCGACTCTGGGATGAACTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGACAAGGCCTTCCAGTTTGGAA         AGTGTGACATGTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105736 GAAGACAAGGCCTTCCAGTTTGGAAGTA...CAGAGTGTGACATGTTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGCCAAGTTTATGGAGGCCTTTTTTTCCCATGTTCTACGTGGGACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116840 GAGCCAAGTTTATGGAGGCCTTTTTTTCCCATGTTCTACGTGGGACCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGTGTCTTCTGACAGGCGTCTTTGTGATCAGCGGTTCTCACCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116890 GATGTGTCTTCTGACAGGCGTCTTTGTGATCAGCGGTTCTCACCTCTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCACAGCTCCCGCCATGTCCGACAGCTCACCATCTGTAACATGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116940 GCACAGCTCCCGCCATGTCCGACAGCTCACCATCTGTAACATGCTGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCAACCGAGCTGGTGGCTGAGCCCAACCGCAGGGTTCTGGAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116990 GTGCAACCGAGCTGGTGGCTGAGCCCAACCGCAGGGTTCTGGAGACCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAGCTCCCTGCACACTCTCAAGTTCCGCCACCTGCTGTTCTCTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117040 GCCAGCTCCCTGCACACTCTCAAGTTCCGCCACCTGCTGTTCTCTGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCTGCTCAGCAGTCACTTCGGCAGCTGTTGCATCAGCTCATTCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117090 GGCTGCTCAGCAGTCACTTCGGCAGCTGTTGCATCAGCTCATTCACCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGCTGTCAGTCAAGTGTCGCTATACTCCTGGCCTGTGCCTGAGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117140 GGGCTGTCAGTCAAGTGTCGCTATACTCCTGGCCTGTGCCTGAGTCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTTTTCATCCTTATTCTCACCATGAGTGCTGGCTTCTGGCAACCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117190 CTTTTCATCCTTATTCTCACCATGAGTGCTGGCTTCTGGCAACCAGGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGGTGGCCCACCCTGCCGCCTCTGTGGAGAGGCCTCCCGAGGCCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117240 TGGTGGCCCACCCTGCCGCCTCTGTGGAGAGGCCTCCCGAGGCCGGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CATCCCGAGATGAAGGGTCCCTCTTATTGGGCTCACGTCGGCCCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117290 CATCCCGAGATGAAGGGTCCCTCTTATTGGGCTCACGTCGGCCCCGCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GATGCTGCTGAGCGATGTGCTGCAGCCCTGATGGCCAGCCGGCGTAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117340 GATGCTGCTGAGCGATGTGCTGCAGCCCTGATGGCCAGCCGGCGTAAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAAGCCAAGCAGATGCCCAGAGCTGCACCTGCCACTCGGGTAACACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117390 TGAAGCCAAGCAGATGCCCAGAGCTGCACCTGCCACTCGGGTAACACGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GGAGCACACAGGAGAGCCTGACAGCAGGCGGAACAGACCTTAAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117440 GGAGCACACAGGAGAGCCTGACAGCAGGCGGAACAGACCTTAAGAGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CTGCACCCCCCAGCCACCTCCCATGAGGCTCCTGGCACCAAGCGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117490 CTGCACCCCCCAGCCACCTCCCATGAGGCTCCTGGCACCAAGCGGTCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTCTGCTCCAGCAGCCACCTCCTCTGCCTCTTCTTCTACATCCTCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117540 TTCTGCTCCAGCAGCCACCTCCTCTGCCTCTTCTTCTACATCCTCATACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AACGGGCACCAGCTAGCTCAGCCCCACAGCCTAAGCCCCTAAAGCGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117590 AACGGGCACCAGCTAGCTCAGCCCCACAGCCTAAGCCCCTAAAGCGTTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAGCGAGCTGCAGGGAAGAAGGGTGCTCGCACCCGTCAGGGGCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117640 AAGCGAGCTGCAGGGAAGAAGGGTGCTCGCACCCGTCAGGGGCCTGGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGAGTCTGAAGACCTGTATGACTTCGTTTTTATTGTGGCTGGCGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117690 AGAGTCTGAAGACCTGTATGACTTCGTTTTTATTGTGGCTGGCGAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AGGATGGCGAAGAGATGGAGATTGGGGAAGTGGCTTGTGGAGCTTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117740 AGGATGGCGAAGAGATGGAGATTGGGGAAGTGGCTTGTGGAGCTTTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GGATCAGATCCCAGCTGCCTGGGGCTTCCAGCACTGGAAGCTTCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117790 GGATCAGATCCCAGCTGCCTGGGGCTTCCAGCACTGGAAGCTTCACAAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 ATTCCGCAGCATCTCCACCTTGGAGCTATTCACAGTTCCACTCTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117840 ATTCCGCAGCATCTCCACCTTGGAGCTATTCACAGTTCCACTCTCCACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGCAGCCCTGACACTATGCCACCTGCTGAGCTCCTGGGTGTCACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117890 AGGCAGCCCTGACACTATGCCACCTGCTGAGCTCCTGGGTGTCACTGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGCCTCACACTCTCCTACAATG         GCCTGGGCTCTAACATCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117940 AGCCTCACACTCTCCTACAATGGTG...TAGGCCTGGGCTCTAACATCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCGCCTGCTAGACAGCCTGCGGGCCCTGTCAGGCCAGGCTGGATGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121957 CCGCCTGCTAGACAGCCTGCGGGCCCTGTCAGGCCAGGCTGGATGTCGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCCGTGCCCTGCATCTCAGTGACCTGTTCTCACCACTGCCCATCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122007 TCCGTGCCCTGCATCTCAGTGACCTGTTCTCACCACTGCCCATCCTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTGACACGTGCTATCGTGCGAGCACTGCCCCTGCTACGGGTCCTCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122057 CTGACACGTGCTATCGTGCGAGCACTGCCCCTGCTACGGGTCCTCTCTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TCGTGTTGACCACCCAAGCCAGCGGGACAACCCTGGTGTGCCAGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122107 TCGTGTTGACCACCCAAGCCAGCGGGACAACCCTGGTGTGCCAGGGAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CAGGGCCCCCTAGCCACATAATAGGCGATGAGGAGATACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122157 CAGGGCCCCCTAGCCACATAATAGGCGATGAGGAGATACCAGGTG...CA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757  AAAACTGCCTGGAGCAGTTGGAGATGGGATTTCCACGGGGAGCCCAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122762 GAAAACTGCCTGGAGCAGTTGGAGATGGGATTTCCACGGGGAGCCCAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AGCCCCACTGCTGTGCTCCGTTCTGAAGGCCTCGGGTTCTCTGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122812 AGCCCCACTGCTGTGCTCCGTTCTGAAGGCCTCGGGTTCTCTGCAGCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TGTCCCTGGATAGTGCCACCTTTGCCTCTCCCCAGGATTTTGGGCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122862 TGTCCCTGGATAGTGCCACCTTTGCCTCTCCCCAGGATTTTGGGCTTGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 TTGCAAACACTCAAAG         AGTACAACCTAGCCCTGAAAAGACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122912 TTGCAAACACTCAAAGGTA...CAGAGTACAACCTAGCCCTGAAAAGACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 GAGCTTCCATGACATGAATCTCGCTGACTGTCAGAGCGAGGTGCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123058 GAGCTTCCATGACATGAATCTCGCTGACTGTCAGAGCGAGGTGCTCTTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 TGCTACAGAATCTGACTCTGCAAG         AGATTACCTTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123108 TGCTACAGAATCTGACTCTGCAAGGTA...CAGAGATTACCTTCTCCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 TGCCGTCTGTTTGAGAAGCGCCCAGCCCAATTTCTGCCTGAGATGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123726 TGCCGTCTGTTTGAGAAGCGCCCAGCCCAATTTCTGCCTGAGATGGTTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TGCTATGAAGGGCAACTCCACACTGAAGGGCCTCCGGCTGCCAGGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123776 TGCTATGAAGGGCAACTCCACACTGAAGGGCCTCCGGCTGCCAGGGAACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 GCCTGG         GGAATGCTGGCCTGCTGGCCTTGGCAGATGTTTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123826 GCCTGGGTG...CAGGGAATGCTGGCCTGCTGGCCTTGGCAGATGTTTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 TCAGAGGATTCATCCTCCTCTCTCTGTCAGCTGGACATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124101 TCAGAGGATTCATCCTCCTCTCTCTGTCAGCTGGACATCAGGTA...CAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TTCCAACTGCATCAAGCCAGATGGGCTTCTGGAGTTCGCCAAGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124239 TTCCAACTGCATCAAGCCAGATGGGCTTCTGGAGTTCGCCAAGCGGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 AGCGCTGGGGCCGTGGAGCCTTTGGTCACCTGCGCCTCTTCCAAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124289 AGCGCTGGGGCCGTGGAGCCTTTGGTCACCTGCGCCTCTTCCAAAACTGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 CTGGACCAGGATGCAGTCACAGCCAGGGAAGCCATCCGGCGGCTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124339 CTGGACCAGGATGCAGTCACAGCCAGGGAAGCCATCCGGCGGCTCCGGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 TACCTGCCATGTGGTTAGCGACTCATGGGACTCATCCCAGGCCTTCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124389 TACCTGCCATGTGGTTAGCGACTCATGGGACTCATCCCAGGCCTTCGCAG

   2500     .    :    .
   2420 ATTATGTTAGCACCATG
        |||||||||||||||||
 124439 ATTATGTTAGCACCATG