seq1 = pF1KE2091.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KE2091/gi568815587f_64259236.tfa (gi568815587f:64259236_64471410), 212175 bp

>pF1KE2091 2295
>gi568815587f:64259236_64471410 (Chr11)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-127  (100143-100214)   100% ->
128-346  (100928-101146)   100% ->
347-462  (101242-101357)   100% ->
463-570  (101899-102006)   100% ->
571-651  (102234-102314)   100% ->
652-755  (102407-102510)   100% ->
756-906  (102617-102767)   100% ->
907-1071  (106066-106230)   100% ->
1072-1200  (108897-109025)   100% ->
1201-1313  (109254-109366)   100% ->
1314-1407  (109469-109562)   100% ->
1408-1581  (110211-110384)   100% ->
1582-1776  (110464-110658)   100% ->
1777-1936  (110990-111149)   100% ->
1937-2100  (111328-111491)   100% ->
2101-2295  (112048-112242)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACGAGGACGACGATGAGAGCTGCGCCGTGGAGCTGCGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACGAGGACGACGATGAGAGCTGCGCCGTGGAGCTGCGGATCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAG         CCAACCTGACCGGGCACGAGGAGAAGGTGAGCGTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGGTG...CAGCCAACCTGACCGGGCACGAGGAGAAGGTGAGCGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAACTTCGAGCTGCTCAAGGTGCTGGGCACGGGAG         CCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100179 AGAACTTCGAGCTGCTCAAGGTGCTGGGCACGGGAGGTG...CAGCCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGCAAGGTGTTCCTGGTGCGGAAGGCGGGCGGGCACGACGCGGGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100933 GGCAAGGTGTTCCTGGTGCGGAAGGCGGGCGGGCACGACGCGGGGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTACGCCATGAAGGTGCTGCGCAAGGCGGCGCTGGTGCAGCGCGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100983 GTACGCCATGAAGGTGCTGCGCAAGGCGGCGCTGGTGCAGCGCGCCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCAAGAGCACACGCGCACCGAGCGCTCGGTGCTGGAGCTGGTGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101033 CGCAAGAGCACACGCGCACCGAGCGCTCGGTGCTGGAGCTGGTGCGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGCCCTTCCTGGTCACGCTGCACTACGCTTTCCAGACGGATGCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101083 GCGCCCTTCCTGGTCACGCTGCACTACGCTTTCCAGACGGATGCCAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCACCTCATCCTGG         ACTATGTGAGCGGCGGGGAGATGTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101133 GCACCTCATCCTGGGTG...CAGACTATGTGAGCGGCGGGGAGATGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCACCTCTACCAGCGCCAGTACTTCAAGGAGGCTGAGGTGCGCGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101269 CCCACCTCTACCAGCGCCAGTACTTCAAGGAGGCTGAGGTGCGCGTGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGGGTGAGATCGTGCTGGCCCTGGAACACCTGCACAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101319 GGGGGTGAGATCGTGCTGGCCCTGGAACACCTGCACAAGGTG...CAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGGCATCATTTACCGAGACCTGAAACTGGAGAATGTGCTGCTGGACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CGGCATCATTTACCGAGACCTGAAACTGGAGAATGTGCTGCTGGACTCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGCCACATTGTCCTCACGGACTTCGGGCTGAGCAAGGAGTTCCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 AGGGCCACATTGTCCTCACGGACTTCGGGCTGAGCAAGGAGTTCCTGACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAG         AAAGAGCGGACCTTCTCCTTCTGTGGCACCATCGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 GAGGAGGTG...CAGAAAGAGCGGACCTTCTCCTTCTGTGGCACCATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTACATGGCCCCCGAAATCATCCGTAGCAAGACGGGGCATGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102269 GTACATGGCCCCCGAAATCATCCGTAGCAAGACGGGGCATGGCAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652      GCTGTGGACTGGTGGAGCCTGGGCATCTTGCTCTTCGAGCTGCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102319 ..CAGGCTGTGGACTGGTGGAGCCTGGGCATCTTGCTCTTCGAGCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACGGGGGCCTCGCCCTTCACCCTGGAGGGCGAGAGGAACACGCAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102452 ACGGGGGCCTCGCCCTTCACCCTGGAGGGCGAGAGGAACACGCAGGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTGTCTCG         ACGGATCCTGAAGTGCTCCCCTCCCTTCCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 GGTGTCTCGGTG...CAGACGGATCCTGAAGTGCTCCCCTCCCTTCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCGGATCGGGCCCGTGGCGCAGGACCTGCTGCAGCGGCTGCTTTGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102649 CTCGGATCGGGCCCGTGGCGCAGGACCTGCTGCAGCGGCTGCTTTGTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATCCTAAGAAGCGATTGGGCGCGGGGCCCCAGGGGGCACAAGAAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102699 GATCCTAAGAAGCGATTGGGCGCGGGGCCCCAGGGGGCACAAGAAGTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAACCATCCCTTCTTCCAG         GGCCTCGATTGGGTGGCTCTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102749 GAACCATCCCTTCTTCCAGGTG...CAGGGCCTCGATTGGGTGGCTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCCAGGAAGATTCCAGCCCCATTCCGGCCCCAAATCCGCTCAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106088 CTGCCAGGAAGATTCCAGCCCCATTCCGGCCCCAAATCCGCTCAGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGTGGGCAACTTTGCGGAGGAATTCACTCGGCTGGAGCCTGTCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106138 GATGTGGGCAACTTTGCGGAGGAATTCACTCGGCTGGAGCCTGTCTACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACCCCCTGGCAGCCCCCCACCTGGGGACCCCCGAATCTTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106188 ACCCCCTGGCAGCCCCCCACCTGGGGACCCCCGAATCTTTCAGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072   GGATACTCCTTTGTGGCACCCTCCATTCTCTTTGACCACAACAACGCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108895 AGGGATACTCCTTTGTGGCACCCTCCATTCTCTTTGACCACAACAACGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGATGACCGATGGGCTGGAAGCGCCTGGTGCTGGAGACCGGCCAGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108945 GTGATGACCGATGGGCTGGAAGCGCCTGGTGCTGGAGACCGGCCAGGTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCAGCGGTGGCCAGGAGCGCTATGATGCAG         TACGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108995 GGCAGCGGTGGCCAGGAGCGCTATGATGCAGGTG...CAGTACGAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCTGCGGGAGCCTGCGCTGGGCCAGGGCAGCTTTTCTGTGTGTCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109264 ACCTGCGGGAGCCTGCGCTGGGCCAGGGCAGCTTTTCTGTGTGTCGCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGCCGCCAGCGCCAGAGCGGCCAGGAGTTCGCAGTCAAGATCCTCAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109314 TGCCGCCAGCGCCAGAGCGGCCAGGAGTTCGCAGTCAAGATCCTCAGTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAG         GCTGGAGGCGAACACGCAGCGCGAAGTGGCTGCCCTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109364 CAGGTG...CAGGCTGGAGGCGAACACGCAGCGCGAAGTGGCTGCCCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCTGTGCCAGTCACACCCCAACGTGGTGAATCTGCACGAGGTGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109507 GCCTGTGCCAGTCACACCCCAACGTGGTGAATCTGCACGAGGTGCATCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GACCAG         CTGCACACGTACCTGGTCCTGGAGCTGCTGCGGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109557 GACCAGGTG...CAGCTGCACACGTACCTGGTCCTGGAGCTGCTGCGGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CGGGGAGCTGCTGGAGCACATCCGCAAGAAGCGGCACTTCAGCGAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110246 CGGGGAGCTGCTGGAGCACATCCGCAAGAAGCGGCACTTCAGCGAGTCGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAGCAAGCCAGATCCTGCGCAGCCTCGTGTCGGCCGTGAGCTTCATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110296 AAGCAAGCCAGATCCTGCGCAGCCTCGTGTCGGCCGTGAGCTTCATGCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGGAGGCGGGCGTGGTGCACCGCGACCTCAAGCCGGAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 110346 GAGGAGGCGGGCGTGGTGCACCGCGACCTCAAGCCGGAGGTG...CAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CATCCTGTACGCCGACGACACGCCCGGGGCCCCGGTGAAAATCATCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110466 CATCCTGTACGCCGACGACACGCCCGGGGCCCCGGTGAAAATCATCGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCGGGTTCGCGCGGTTGCGGCCGCAGAGTCCCGGGGTGCCCATGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110516 TCGGGTTCGCGCGGTTGCGGCCGCAGAGTCCCGGGGTGCCCATGCAGACG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CCCTGCTTCACGCTGCAGTACGCTGCCCCCGAGCTGCTGGCGCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110566 CCCTGCTTCACGCTGCAGTACGCTGCCCCCGAGCTGCTGGCGCAGCAGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CTACGACGAGTCCTGCGACCTCTGGAGCCTGGGCGTCATTCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110616 CTACGACGAGTCCTGCGACCTCTGGAGCCTGGGCGTCATTCTGGTA...T

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777   TACATGATGCTGTCGGGGCAGGTCCCCTTCCAGGGGGCCTCTGGCCAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110988 AGTACATGATGCTGTCGGGGCAGGTCCCCTTCCAGGGGGCCTCTGGCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGCGGGCAGAGCCAGGCGGCCGAGATCATGTGCAAAATCCGCGAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111038 GGCGGGCAGAGCCAGGCGGCCGAGATCATGTGCAAAATCCGCGAGGGGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CTTCTCCCTTGACGGGGAGGCCTGGCAGGGTGTATCCGAGGAAGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111088 CTTCTCCCTTGACGGGGAGGCCTGGCAGGGTGTATCCGAGGAAGCCAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AGCTGGTCCGAG         GGCTCCTGACCGTGGACCCCGCCAAGCGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111138 AGCTGGTCCGAGGTG...CAGGGCTCCTGACCGTGGACCCCGCCAAGCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTGAAGCTCGAGGGACTGCGGGGCAGCTCGTGGCTGCAGGACGGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111357 CTGAAGCTCGAGGGACTGCGGGGCAGCTCGTGGCTGCAGGACGGCAGCGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GCGCTCCTCGCCCCCGCTCCGGACGCCCGACGTGCTCGAGTCCTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111407 GCGCTCCTCGCCCCCGCTCCGGACGCCCGACGTGCTCGAGTCCTCTGGGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CCGCAGTGCGCTCGGGTCTCAACGCCACCTTCATG         GCATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111457 CCGCAGTGCGCTCGGGTCTCAACGCCACCTTCATGGTA...CAGGCATTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AACCGGGGCAAGCGGGAGGGCTTCTTCCTGAAGAGCGTGGAGAATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112054 AACCGGGGCAAGCGGGAGGGCTTCTTCCTGAAGAGCGTGGAGAATGCACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CCTGGCCAAGCGGCGGAAGCAGAAGCTGCGGAGCGCCACCGCCTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112104 CCTGGCCAAGCGGCGGAAGCAGAAGCTGCGGAGCGCCACCGCCTCCCGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GGGGCTCCCCTGCACCAGCCAACCCGGGCCGAGCCCCCGTCGCCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112154 GGGGCTCCCCTGCACCAGCCAACCCGGGCCGAGCCCCCGTCGCCTCCAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .
   2257 GGGGCCCCCCGCCGAGCCAACGGCCCCCTGCCCCCCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112204 GGGGCCCCCCGCCGAGCCAACGGCCCCCTGCCCCCCTCC